Но все же основным аппаратом Реввоенсовета Республики, через который он осуществлял руководство вооруженными силами, был Полевой штаб. Он был образован 6 сентября 1918 года вместо расформированного штаба Высшего военного совета. Первоначально назывался Штабом РВСР, а затем 8 ноября 1918 года был переименован в Полевой штаб.
Полевой штаб осуществлял сбор и обработку сведений, необходимых для проведения военных операций, передачу в войска распоряжений Главного командования, руководство военными действиями, а также эксплуатацию железнодорожной сети театра военных действий.
Полевой штаб состоял из нескольких управлений: оперативного, административно-учетного, регистрационного, центрального управления военных сообщений, полевого управления авиации, управлений инспекторов: пехоты, кавалерии (с 1919 г.), артиллерии, инженеров и бронечастей (с 1920 г.). Кроме того, в состав Полевого штаба входили военно-хозяйственное и военно-санитарное управления. Начальниками Полевого штаба РВСР в разное время были Н. И. Раттель, Ф. В. Костяев, М. Д. Бонч-Бруевич, П. П. Лебедев.
10 февраля 1921 года Полевой штаб сливается с Всероссийским главным штабом (Всероглавштаб) в единый Штаб Рабоче-Крестьянской Красной Армии.
В помощь военным комиссарам полков в октябре 1919 года был введен институт политических руководителей рот, эскадронов, батарей. Это решение диктовалось необходимостью усиления партийного влияния, возросшими политическими запросами красноармейцев.
В декабре 1919 года по инициативе ЦК партии и Реввоенсовета Республики был созван Всероссийский съезд политработников, который принял положение о политотделах фронтов, армий, дивизий.
В целом многогранная деятельность Политуправления, политорганов армии и флота имела большое значение для достижения победы над интервентами и белогвардейцами. О ее масштабах и характере можно судить по таким данным: с июня 1919 года по июнь 1920 года ПУР направил в войска 14 808 политработников, издал и распространил среди личного состава войск и населения книг и брошюр — 1 667 500 экземпляров, листовок, воззваний, обращений — 1 286 000, журнала «Красноармеец» — 1 800 000 экземпляров.
Параллельно с организацией политической работы Реввоенсовет большое внимание уделял формированию Центрального управления военных сообщений с его филиалами на фронтах и в округах. Трудно переоценить его значение для побед Красной Армии. На него возлагалось руководство перевозками пополнения, оружия и боеприпасов, продовольствия для нужд армии.
В первые же месяцы функционирования РВСР были созданы его управление делами, финансовый отдел, аппарат военной цензуры, связи и т. д. Вопросами снабжения частей Красной Армии ведало Центральное управление снабжений, существовавшее до 1921 года.
Подготовкой командного состава для Красной Армии занималось Главное управление военно-учебных заведений. Были созданы и другие управления: Главное управление всеобщего военного обучения, Главное управление военно-воздушного флота.
Создание Реввоенсовета Республики, его управлений да и других центральных аппаратов проходило не гладко. Жизнь вносила свои коррективы, какие-то отделы упразднялись, появлялись новые. Уже в самом начале руководители военного ведомства столкнулись с последовательным интенсивным раздуванием штатов. Когда изучаешь подлинные документы штатной численности, возникает сомнение вообще в работоспособности такого громоздкого аппарата. Впервые эта угроза была замечена руководством РВСР уже в середине 1919 года. И оно отреагировало директивой от 23 мая 1919 года о сокращении штатной численности аппарата и решением создать военную инспекцию при РВСР, которая сыграла немалую роль в устранении недостатков работы центральных и подведомственных им военных учреждений. Но главная заслуга инспекции заключалась в том, что она проводила обследование состояния и боевой готовности войск, выясняла их потребности и оказывала командирам частей Красной Армии практическую помощь.
Однако меры, принятые Реввоенсоветом по созданию наиболее оптимальной штатной структуры управлений, не всегда осуществлялись. Через два года численность занятых в центральных военных учреждениях достигла 20 тысяч человек (из них 9 тысяч составляли красноармейцы и рабочие, приданные для обслуживания). Снова принимаются решения о сокращении штатов: в 1922 году — наполовину, в 1923 году — еще на 15 процентов, а в 1924 году была произведена коренная реорганизация центрального аппарата Реввоенсовета Республики.