12 февраля 2006 года телекомпания «Имеди» выпустила сюжет, где говорилось, что указанные лица могут быть причастны к преступлению. Лишь после телепередачи дело получило широкую огласку.
Версия убийства, прозвучавшая в этой передаче, заключается в следующем: Сандро Гиргвлиани вместе со своим другом подошел в кафе к своей знакомой, которая находилась там вместе с супругой Вано Мерабишвили Тако Салакаия и упомянутыми выше руководителями МВД. Гиргвлиани высказал возражения в связи с тем, что его знакомая находилась вместе с представителями МВД, которых он назвал оскорбительными словами. После выхода из бара он и его друг были похищены неизвестными лицами и жестоко избиты, однако его другу удалось сбежать. Тело же Гиргвлиани со следами пыток было обнаружено около одного из кладбищ в окрестностях Тбилиси[134].
21 февраля мать Сандро Гиргвлиани открыто обвинила МВД в убийстве своего сына. 22 февраля депутаты оппозиционных Саакашвили фракций «Новые правые» и «Демократический фронт» выступили с требованием пригласить министра внутренних дел Вано Мерабишвили в парламент и освободить от должностей подозреваемых сотрудников МВД. Однако 25 февраля Мерабишвили заявил, что не собирается никого отстранять от должностей[135].
Лишь после давления общественности 6 марта полиция задержала четырех сотрудников Департамента конституционной безопасности (бывшего Министерства госбезопасности) — Гию Алания, Автандила Апциаури, Александра Качава и Михаила Бибилури, которые признались, что 28 января похитили Сандро Гиргвлиани и увезли в лес, где начали его избивать. Затем, по их словам, Гиргвлиани удалось убежать, после чего он «заблудился и упал в ущелье с 20-метровой высоты».
16 марта в Тбилиси и городах Грузии тысячи автовладельцев на протяжении нескольких минут сигналили в знак протеста против министра внутренних дел и требовали его отставки. Но Михаил Саакашвили провел пресс-конференцию, где назвал Вано Мерабишвили «хорошим министром» и отказался освободить его от должности[136].
30 июня лица, находившиеся в день убийства в баре, в том числе жена Мерабишвили Тако Салакая, были допрошены в ходе судебного процесса. Однако они заявили, что не слышали разговора Гиргвлиани и Донадзе, в ходе которого якобы произошла ссора. 6 июля 2006 года Тбилисский городской суд приговорил Алания, Апциаури, Качава и Бибилури к различным срокам тюремного заключения.
Во время следствия семья Гиргвлиани неоднократно заявляла, что им угрожают, шантажируют и пытаются подкупить. «Мне предложили любую сумму, лишь бы я замолчала. В противном случае меня заставят замолчать силой. Мне также запретили иметь любые контакты с оппозицией. Хочу публично ответить на эти предложения авторам, что они очень ошиблись», — заявила 2 мая мать Сандро Гиргвлиани Ирина Енукидзе. Она же подтвердила, что будет бороться до конца, чтобы убийцы ее сына были наказаны[137].
По заявлению правозащитника Анны Долидзе, предложение, поступившее семье Гиргвлиани от властей, не было неожиданным, «так как лица, виновные в этом преступлении, пытались всеми средствами остановить активность госпожи Енукидзе. Для этого использовалась либо открытая угроза, либо вербовка методом, который часто применяют спецслужбы».
21 февраля мать Сандро Гиргвлиани на пресс-конференции, организованной правозащитной Ассоциацией молодых юристов Грузии, заявила, что сотрудники МВД «спланировали убийство ее сына». Она потребовала немедленно допросить тех официальных лиц МВД, которые находились в тот вечер в баре вместе с ее сыном.
28 февраля депутат из оппозиционной «Консервативной партии Грузии» Звиад Дзидзигури провел пресс-конференцию, на которой продемонстрировал журналистам взятое им интервью у друга Сандро Гиргвлиани, одного из свидетелей по делу Левана Бухаидзе.
В ходе интервью Дзидзигури показал Бухаидзе фотографию молодого человека и попросил его опознать, кто изображен на ней. Бухаидзе ответил, что изображенный на фотографии человек очень похож на одного из тех четырех лиц, которые избивали двух друзей после их похищения. На фотографии был изображен заместитель начальника Департамента конституционной безопасности МВД Грузии Олег Мельников.