"Полинезийский цикл" решили продолжить двумя художественными картинами, где Флаэрти придали режиссеров игрового кино. В "Белых тенях южных морей" (1928) он, сам написавший сценарий, пытался показать как белые пришельцы уничтожают туземцев, но не сработался с У.С. Ван-Дайком, явно стремившимся сделать коммерческую картину с использованием белых звезд. В "Табу" (1931) Фридрих Мурнау оказался столь же значительной индивидуальностью, что и Флаэрти, и последний, которому не понравился излишний мелодраматизм истории о ловцах жемчуга на Таити, предпочел уйти, (Снятые им документальные эпизоды украсили обе картины, хотя его имя значится лишь в одной из них — первой).
В перерывах между экспедициями мастер снимал короткометражные документальные ленты: "24-долларовый остров" (1927) — о Манхеттене, когда-то купленном за эту цену у его коренных обитателей — индейцев, и "Горшечник" (1925) — о производителе керамических изделий, получившие хороший прием у критики.
Репутация неуживчивого, неудобного человека, которую Флаэрти завоевал в Голливуде, привела к тому, что на родине он остался без работы ив 1931 г. уехал в Англию. Там в сотрудничестве о Джоном Грирсоном снял "Индустриальную Британию" (1933), оказавшую большое влияние на школу английского социального документального кино 30-х гг. Однако главным его успехом здесь стал "Человек из Арана" (1934), снимавшийся долгие три года. Вспо мнив о своих предках — выходцах из Ирландии, Флаэрти создал лирический рассказ о трудной жизни ирландского рыбака, его ежедневной борьбе за существование. Наряду о "Нануком с Севера" эта картина наиболее полно выразила основные принципы режиссера: борьба человека с природой и единение с ней. На Венецианском кинофестивале 1934 г. фильм получил высшую премию — Золотой кубок. (В дальнейшем это вызвало целую дискуссию среди леворадикальной критики. Она обвинила Флаэрти в том, что показывая "благородного дикаря", он шел в русле фашистских теорий, за что якобы Муссоллини, спонсировавший киносмотр, и дал ему этот приз.)
В 1937 г. режиссер принял приглашение Золтана Корды о совместной работе над игровым фильмом "Маленький погонщик слонов" — по столь любимому им с детства рассказу Р. Киплинга из "Книги джунглей". Однако опять не поладил с сорежиссером и, отсняв натуру в Индии, ушел с картины.
Пришлось возвращаться в Америку. В 1942-м он снял здесь документальную ленту "Земля" (по заказу департамента сельского хозяйства США) — об эрозии почвы и разорении фермеров. Но ее сочли излишне пессимистичной и зрителям не показали, А шесть лет спустя Флаэрти создал свой последний шедевр — "Луизианскую историю" (1948) — полудокументальный лирический рассказ, навеянный воспоминаниями собственного детства, о бедной семье, живущей на заболоченной низине американского Юга, жизнь которой меняется в связи с приездом сюда нефтедобытчиков. (Картина была снята по заказу "Стандард ойл"). Столкновение природы и цивилизации, показанное глазами мальчика, передано в картине тонко и ненавязчиво. Прекрасные натурные кадры, снятые Ричардом Ликоком (в будущем — знаменитым документалистом), колорит местной жизни, образы людей, населяющих этот необычный край, — все это сделало картину одной из лучших в творчестве режиссера. Смерть помешала ему осуществить еще два проекта: "Зеленая граница" — о разделе Германии и "Восток есть Запад" — о Гавайских островах, заказанные ему Государственным департаментом США.
Жена — Фрэнсис — работала вместе с ним на нескольких фильмах ("Человек из Арала", "Луизианская история"), потом читала лекции о его творчестве в университетах и киноклубах. В 1967 г. при ее содействии был выпущен в свет документальный фильм "Этюды к "Луизианской истории" куда вошли материалы, оставшиеся за пределами картины.
Флаэрти недаром называли Жаном-Жаком Руссо кинематографа. Главной темой у него также были человек и природа. Когда же их единение нарушалось, последствия бывали губительными. Тяга к экзотике, показу на экране людей, неиспорченных цивилизацией, любовь и сочувствие к ним сделали его творчество не только глубоко гуманным, но и романтическим. Флаэрти стал отцом-основателем той ветви документального кино, которая была не просто точным отражением реальности, а произведением искусства, близким по мизансценировке игровому кино. Ради создания драматического напряжения, нужного настроения, красивого зрелища им допускались инсценировки, репетиции происходящего, использовались многочисленные выразительные средства. Он внес в документальный кинематограф принципы режиссуры художественных фильмов и специфику их языка. Именно поэтому творчество этого мастера оказало большое влияние на становление и развитие киноискусства не только в США, но и во всем мире.