Все последующие допросы проходили в схожей манере. Судья Накамура часто интерпретировал ответы Зорге таким образом, чтобы они соответствовали основной линии обвинения. Рихард внимательно читал переведенный на немецкий язык протокол и методично отвергал все неточности, требуя внести исправления. Если судья не соглашался и продолжал настаивать на своем, вступал с ним в спор, даже стучал по столу кулаком и отказывался отвечать на вопросы. Абсурдность многих обвинений, явная ангажированность обвинения вызывали у Рихарда все большее раздражение.
Зорге так и не удалось убедить Накамуру, что его идейные убеждения и членство в Коммунистической партии Советского Союза не являются основанием для обвинения в том, что группа находилась в подчинении «штаба Коминтерна» и действовала по его заданиям. Рихард вновь повторял, что он руководил разведывательной группой, подчиненной органам военной разведки Красной армии. Несмотря на это, ему постоянно приходилось отвечать на вопросы о связях с Коминтерном Клаузена, Вукелича, Одзаки и Мияги, которые не имели никакого отношения к этой организации. Одновременно резидент всячески защищал своих соратников, подчеркивая, что они не являлись «агентами Коминтерна» и не собирались «подрывать национальный образ правления» в Японии.
Особое внимание Рихард по-прежнему уделял защите своих соратников, которые, как он постоянно говорил судье, не нарушали никаких японских законов. Журналист Вукелич не имел доступа к секретным источникам, общался только с коллегами по корреспондентскому корпусу либо официально получал сведения в японском агентстве новостей Домей Цусим. Мияги вообще не мог получать какие-либо секретные данные, а рассказывал то, что видел своими глазами, или высказывал мнение о событиях, которые уже всем были известны. Достаточно важную политическую информацию получал Одзаки, но узнавал о ней из личных бесед с высокопоставленными знакомыми, поэтому с юридической точки зрения она уже не являлась секретной, так как практически не соответствовала своему закрытому первоисточнику. Кроме того, Одзаки высказывал личное мнение о ситуации в Японии, которое также не подпадает под требования закона «О сохранении военной тайны». Судья Накамура с большим раздражением воспринимал аргументы Зорге, часто грубо прерывал его, требуя полностью сознаться в преступлениях против Великой японской империи.
Из вопросов судьи Зорге понял, что полиция арестовала многих информаторов Мияги и Одзаки (всего было задержано 35 человек, обвинения в причастности к «делу Зорге» были предъявлены 17 японцам). Рихард требовал от Накамуры, чтобы в протоколы допросов были внесены его показания, что арестованные не входили в его разведывательную организацию, а являлись просто знакомыми его соратников. Правда, добиться этого было достаточно трудно из-за того, что под воздействием «особых методов следствия» практически все эти люди дали полиции подробные признательные показания. Однако на каждом допросе Зорге продолжал борьбу с судьей Накамура, который из-за этого все чаще выходил из себя и даже срывался на крик.
Свою личную защиту Рихард строил на прежних показаниях: всю информацию он получал от высших должностных лиц германского посольства в Токио, которые делали это на добровольной основе. Нарушением каких-либо японских законов это не является. Чтобы обнаружить дополнительные «улики» против Зорге, судья потребовал дословного перевода всех его статей, опубликованных в газете «Франкфуртер цайтунг» и других немецких изданиях. В них следствие надеялось найти факты, позволяющие обвинить его в раскрытии военных тайн Японии. Несмотря на всю абсурдность такой работы, она действительно была проведена, и следствием ее стали новые обвинения против арестованного разведчика. Зорге ставили в вину, что в его статьях были вскрыты особенности военно-фашистского путча в Токио в 1936 году, нашли отражение причины японо-китайской войны, а также ряда важных событий внутренней и внешней политики Японии. Анализ всех этих событий высококлассным аналитиком Рихардом Зорге был расценен как нарушение закона «О сохранении военной тайны».
Зорге своими показаниями пытался убедить следствие, что его группа действительно занималась разведывательной деятельностью, но интересовали ее в основном вопросы международной политики, ситуация на Дальнем Востоке, основные направления деятельности Японии в отношении СССР, что он и его помощники стремились предотвратить войну между японским государством и Советским Союзом, которая могла принести неисчислимые бедствия и потери всем странам региона. Рихард не мог отрицать, что получал конкретную военную информацию, — это японцам стало известно из показаний Мияги и его источников и подтверждено захваченными у Клаузена текстами радиограмм. Зорге признал, что такой факт действительно имел место, но ни в коем случае не был связан с получением сведений из секретных японских источников. Сложно было защищать Анну Клаузен, подробно рассказавшую следствию о своей работе в резидентуре в качестве курьера, но и здесь Рихард боролся за свою сотрудницу, отказываясь подтверждать эти сведения. Он говорил судье, что не помнит многих эпизодов, о которых рассказывала следователям Анна. И по-прежнему отрицал встречи с представителями советского посольства в Токио, хотя ему вновь были предъявлены фотографии сотрудников, с которыми у него действительно происходили оперативные контакты.
Несмотря на то что следствие располагало фактами деятельности Зорге и его соратников в качестве военных разведчиков Красной армии, подтвержденными судебным расследованием, судья Накамура в своем заключительном решении инкриминировал Зорге и другим обвиняемым деятельность в интересах осуществления «целей Коминтерна». Это позволяло подвести всех арестованных под действие закона «О поддержании общественного порядка».
Этим решением 15 декабря 1942 года завершилось предварительное судебное расследование ёсин, и судья Накамура направил «дело Зорге» на вторую стадию судебного разбирательства — процедуру кохан. В этом случае проводилось как бы открытое слушание дела с участием адвокатов и формально обеспечивалось равенство обвинения и защиты. Судебная система Японии действовала неторопливо, к весне 1943 года процедура выбора судей и адвокатов для этого необычного процесса еще не завершилась, их состав менялся несколько раз. Только в конце мая председателем коллегии суда был назначен судья Такада, которому поручили проведение всей процедуры кохан. Защитником Зорге стал адвокат Асанума, но его функции в этом «шпионском деле» были ограничены.
Зорге вызвали на заседание суда кохан 31 мая 1943 года. В большом зале Токийского окружного уголовного суда, куда его вновь с соблюдением усиленных мер безопасности привезли на тюремной автомашине, Рихард увидел за столом председателя и двух членов суда, а также двух представителей прокуратуры в черных мантиях, отороченных пурпурной каймой. В зале также присутствовали около десяти приглашенных на слушание дела, видимо, как решил разведчик, из особо доверенных лиц полиции. Перевод осуществлял все тот же Икома, с которым Рихард даже подружился за полтора года следствия.
Процедура кохан проходила в еще более тяжелой обстановке, чем предыдущие этапы расследования. Вопросы председательствующего, произносимые быстрой судебной скороговоркой, едва поспевавший за ним переводчик, из-за чего Рихард не всегда понимал, о чем говорил судья, — все это должно было сломить сопротивление Зорге и принудить его к признанию в «преступлениях перед Японией». Однако Рихард продолжал бороться.
Он защищал свои коммунистические убеждения, отрицал роль Коминтерна в разведывательной деятельности группы, стремлении изменить государственный строй Японии. В присутствии адвоката ему пришлось вновь решительно заявить судье, что именно он несет всю тяжесть ответственности, а не обвиняемые японцы. Это произошло после того, как Асанума решил помочь Зорге, заявив, что он как иностранец не мог понимать незаконность своих действий. Услышав перевод выступления адвоката, Рихард немедленно попросил слово и жестко опроверг своего защитника: «То, что только что сказал мой адвокат, ошибочно. Ответственным за создание этой организации и за ее деятельность являюсь только я один. Другие участники были лишь моими помощниками…»