Это было начало процесса формирования в Западной церкви абсолютной и централизованной монархии. Папа становится единственным законодателем, противопоставляя себя соборам, прерогативы которых он усваивает себе. Происходит переход от первенства (primates) к папизму (papatus). Иннокентий III в начале XIII в. формулирует учение о том, что папы являются викариями уже не Петра, но Самого Христа. «Пребывая преемниками Петра, мы, тем не менее, не являемся викариями Петра или кого–либо из апостолов, как и вообще кого бы то ни было из людей, но викариями Самого Иисуса Христа». «Верховного понтифика не называют викарием простого человека, но поистине викарием истинного Бога». Одновременно с процессом абсолютизации папства глухо начинает нарастать сопротивление зарождающихся наций и движение за возвращение к истокам Евангелия. В тот момент, когда Бонифаций VIII в своей булле «Unam Sanctam» в ноябре 1302 г. провозгласил: «Я папа и император» (в этом заявлении странным образом отразились слова императора иконоборца Льва III «я император и священник»), над ним уже была занесена рука Гийома де Ногаре, посланца короля Франции Филиппа Красивого, по некоторым данным тайного катара.
«Великая западная схизма», во время которой на римскую кафедру одновременно претендовали сначала два, а потом и три папы, породила в порядке реакции мощное «соборное», т. н. консилиариское движение. Собор в Констанце 6 апреля 1415 г. принял постановление Haec Sancta Synodus. Собор «имеет непосредственно от Христа власть, которой все обязаны подчиняться, в каком бы сане или достоинстве они ни состояли, даже папском, это касается вопросов веры, вопросов искоренения схизмы и общей реформы Церкви, ее главы и ее членов».
Подобный «умеренный консилиаризм» быстро сменился радикальным на соборе в Базеле (1431—1449 гг.), в определениях которого папе отводилась роль простого исполнителя соборных постановлений. Этот эксцесс скомпрометировал и на несколько десятков лет приостановил развитие «соборного» движения. Во взаимоотношениях папы и соборов в очередной раз оказалась проигнорирована всякая творческая напряженность: каждая из инстанций хотела доминировать, если этого не мог сделать папа, то на первое место выдвигался собор. Проблематика, по сути юридическая, остается неизменной.
Именно в это время проходит объединительный собор во Флоренции (1438—1439 гг.), неудача которого во многом объясняется двойным заблуждением, в котором пребывали как византийский император, считавший, что папа продолжает быть теократическим сувереном Запада, так и папа, считавший, что император является полным хозяином Восточной церкви.
На Западе о подлинном Предании Церкви, к сожалению, безрезультатно, напоминает в ту эпоху великий философ, друг византийских гуманистов, Николай Кузанский. Он считает неверной саму постановку вопроса: кто выше, собор или папа. Необходимо стремиться к их согласию. В спорных ситуациях главное — понять «на чьей стороне поддержка Вселенской Церкви». «Никоим образом отношения, предполагающие подчинение, как одной, так и другой стороны, не могут считаться безусловными при любых обстоятельствах». Только Церковь может свидетельствовать правоту одной из сторон.
Ничто, в конечном итоге, не смогло воспрепятствовать кризису Реформации с ее радикальной критикой папской непогрешимости, со временем ставшей общим местом, и, в итоге, расколу в западной части христианского мира, продолжающемуся и по сей день. Павел отделился от Петра. Полнота власти (Plenitudo potestatis) пап оказалась неспособной сохранить единство Церкви, скорее наоборот, поставило его под вопрос.
После этой ампутации, которая осуществлялась нередко огнем и мечом, Контр–реформация позволила папству вновь укрепить свои позиции. В духе Тридентского собора Роберт Беллармин утверждал: «Понтифик является викарием Христа, он представляет Христа таким, каким Он был, когда жил среди людей». И далее: «Церковь есть сообщество всех верных, объединенных исповеданием той же веры, участием в тех же таинствах, под руководством законных пастырей и, прежде всего, единственного викария Христа на земле, римского понтифика». Церковь принимает обличье вселенского государства, во главе с папой, который назначает епископов, заключает конкордаты с суверенами, используя уже не легатов (посланников), но постоянных нунциев, дипломатов, являющихся сотрудниками централизованного административного аппарата. В то же время, мифологическое представление о центре мира, присущее большинству религий, и которое восточное христианство преодолевает в исповедании всеприсутствия Слова и Евхаристии, для Запада изначально ассоциировавшееся с Иерусалимом, начинает связываться с Римом (о чем свидетельствует судьба Игнатия Лойолы).