В начале XIII в. разделение и новая римская экклезиология оказались запечатленными в трагических событиях: разграбление Константинополя, расчленение Византийской империи, назначение туда папой Иннокнтием III латинского патриарха, венецианца Фомы Морозини, латинизация, им осуществлявшаяся. Именно тогда зарождается и усиливается на Востоке жесткая антиримская полемика. Полемика, которая будет обостряться по мере ощущения на Востоке экономической, политической, культурной и религиозной экспансии Запада. Итальянские торговые республики и отдельные франкские бароны эксплуатировали и колонизировали византийский мир. Ферраро–Флорентийский собор 1438—1439 гг., когда турецкая угроза нависла над Византией и император был готов на любые уступки, обернулся для Востока, несмотря ни на какие словесные ухищрения, самой настоящей капитуляцией, впрочем быстро дезавуированной монахами и народом. В итоге можно констатировать, что в XVI в. христианский Запад и христианский Восток становятся двумя различными конфессиями, объединительный собор между которыми оказывается немыслим. Отсюда аннексия Римом обширных православных территорий и возникновение униатства. В Оттоманской империи при поддержке посольств католических стран активно начинают действовать латинские миссионеры, которые с начала XVIII в. прибегают к практике перекрещивания после столетий спорадического communicatio in sacri. Латинизация исконно православных греческих островов, находившихся под контролем итальянцев, проводилась вплоть до окончания Второй мировой войны. А во время этой войны десятки, а, возможно, и сотни тысяч сербов были уничтожены хорватскими националистами, что воспринималось как своего рода крестовый поход. Все перечисленные события, список которых можно было бы продолжать, объясняют страх и недоверие православных по отношению к католикам.
Необходимо напомнить аргументы анти–римской полемики: отрицание всякого первенства Петра и утверждение, что Церковь основана исключительно на его исповедании веры; отказ признавать какую бы то ни было петрову харизму римской кафедры, низводя ее первенство в древней Церкви до канонической договоренности; минималистское толкование понятия primus inter pares, согласно которому епископ Рима имел лишь первенство чести среди равных… Все эти утверждения были восприняты и усилены в XVI и XVII вв. протестантами, которые в какой–то момент в пылу полемики, дошли до того, что объявили папу антихристом. Православные и протестанты сотрудничали на территории Польши и Литвы, чтобы противостоять экспансии католической Контр–реформы. В начале XVII в. великий константинопольский патриарх Кирилл Лукарис смело пользовался кальвинистскими формулировками, чтобы пробудить православную мысль, впавшую в суеверный сон под исламским владычеством… В XIX в., когда среди русской христианской интеллигенции вновь пробуждается интерес к теме «Москва — Третий Рим», великие славянофилы и Достоевский подозревали, что папы поддались на искушения, которые в пустыне отверг Христос.
В виду подготовки и последовавшего обнародования догмата I Ватиканского собора появились такие документы, как послание восточных патриархов 1848 г. и послание Константинопольского патриарха и синода 1895 г., утверждающие, что «папизм», как «претензия на превосходство» есть ересь, и что лишь Церковь в своей полноте обладает непогрешимостью: «Защитником веры является все тело Церкви, то есть сам церковный народ, который хранит свою веру неповрежденной». Епископы являются «судьями», а народ — «щитом» Истины. Послание призывает «Петра» к новому раскаянию и «слезам».
Таким образом, тяжелая подозрительность, вызванная наступательными действиями Рима, и последовавшая затем полемика, может быть, также определенный комплекс превосходства — неполноценности по отношению к Западу, привели к некоторому затемнению в православном сознании той части Предания отцов Церкви, в которой признается присутствие Петра в Риме, а также возможность служения единства и вселенскости епископа этой кафедры.
До конца XIX в. патриархат Константинополя, Altera Roma, в некотором смысле замещал в православном мире место римской кафедры, прежняя роль которой получала тем самым признание. На соборе 1592 г., когда был учрежден Московский патриархат, подчеркивалось, что «Апостольский престол» Константинополя есть «глава и примас всех патриархатов». В патриаршем и синодальном томосе 1663 г. можно найти следующий вопросоответ: «Может ли Константинопольский престол быть высшей инстанцией для всех других церквей, и может ли он разрешать все церковные вопросы? Ответ: Это была привилегия пап до того, как Церковь оказалась разделенной в результате самомнения и враждебности. После разделения все церковные дела представляют на суд престола Константинополя, который выносит окончательное суждение, так как по канонам, он имеет равные преимущества с древним Римом». (Нельзя не отметить здесь осторожность по отношению к квалификации схизмы и открытость к возможности диалога…).