В 1942 году Рузвельт и Черчилль решили сосредоточить в США всю работу английских и американских ученых-атомников по производству ядерного оружия. Руководство было поручено комитету, в состав которого вошли два генерала, адмирал и только два ученых. С августа, когда начали претворять в жизнь Манхэттенский проект, контроль окончательно перешел к армии, а ученые-атомники были вынуждены подчиняться режиму военной секретности.
Большинство ученых признало необходимость этого, ведь некоторые из них сами призывали к соблюдению секретности. Менее понятно было другое: почему военная администрация воздвигла стены молчания внутри лаборатории, среди научного персонала, работавшего в Манхэттенском проекте. Каждый отдел исследовательского коллектива должен был работать, не ведая, что делают другие, а значительная часть инженеров, занятых в Лос-Аламосе, сперва даже не знала, что участвует в создании атомной бомбы. Координация осуществлялась исключительно сверху, согласно испытанным правилам военной иерархии. Эти методы можно оправдывать с точки зрения безопасности, но они, конечно, не способствовали научной работе, и поэтому правила эти часто нарушались, что вызывало немало конфликтов между учеными-атомниками и их надзирателями в погонах…
Служба безопасности при Манхэттенском проекте собирала подробнейшую информацию обо всей деятельности сотрудников лаборатории в прошлом и настоящем, об их личной жизни и политических взглядах. Они не могли пройти по улице, зайти в магазин или к приятелю без того/ чтобы за ними не шпионили и не регистрировали каждый шаг. Их письма вскрывались и контролировались, телефонные разговоры подслушивались. За самыми видными работниками, а также за теми, кого по той или иной причине считали неблагонадежными, была организована специальная слежка. В служебных помещениях и квартирах имелись замаскированные микрофоны. В своем инквизиторском рвении военные заходили дальше, чем требовала правительственная инструкция, и часто проводили собственную политику, не отчитываясь перед Вашингтоном. Генерал Гровс даже похвалялся впоследствии тем, что саботировал, сколько мог, сотрудничество с англичанами.
Участие Оппенгеймера в подготовке ядерного оружия официально началось в 1942 году в «Металлургической лаборатории» (Чикаго); она в то время была центром исследований по расщеплению урана. Оппенгеймеру пришлось тогда заполнить анкету и указать в ней, что в прошлом он состоял членом левых политических организаций. Он знал, что служба безопасности считает принадлежность к подобным организациям веским мотивом для устранения от всякой ответственной государственной работы. Несмотря на официальную политику Белого дома, многие руководители службы безопасности вовсе не скрывали, что рассматривают вступление США в войну против держав оси лишь как первый тактический этап длительной борьбы, в которой главным врагом в конечном счете явится Советский Союз. Каждый, кто осмелится ему симпатизировать или просто не одобрит нападение Америки на своего временного «союзника» в назначенный день, должен быть заранее снят со всех руководящих постов, имеющих значение для ведения войны. Эта предосторожность считалась необходимой в отношении ученых, которые по роду своей работы были посвящены в важные государственные тайны и могли бы, по мысли службы безопасности, поддаться соблазну сообщить их советским коллегам.
Между тем Оппенгеймер заполнял анкету без особых опасений. Прошло уже три года, как он порвал со своими прежними политическими друзьями, да и его жена тоже (когда-то и она была связана с этими кругами).
Но в июне 1943 года Оппенгеймер, которого срочно вызвала его бывшая невеста, коммунистка, поехал к ней в Сан-Франциско и остался у нее до следующего дня. Это была не первая их встреча такого рода после женитьбы Оппенгеймера. Но на этот раз Оппенгеймер предупредил ее, что расстается с ней надолго, быть может, на несколько лет; он получил назначение, о котором не имеет права рассказывать и из-за которого покидает Беркли и даже не может сказать ей свой новый адрес.
Оппенгеймер не сомневался, что шпики службы безопасности следуют за ним неотступно и что в военное министерство в Вашингтоне послан пространный рапорт о его поездке в Сан-Франциско и связи с политической деятельницей из крайне левых кругов. В середине июля генерал Гровс получил удар рикошетом: ему передали служебную записку, в которой сообщалось, что по соображениям безопасности Ю. Роберта Оппенгеймера нельзя утвердить в должности директора Лос-Аламосской лаборатории. Генерал немедленно вызвал к себе Оппенгеймера и, получив от него устное заверение, что тот давно уже порвал с коммунистами, решил пренебречь запрещением службы безопасности.