Главный спор шел об исхождении Святого Духа. Наши единоверцы греки держались учения, что Дух Святой исходит от Отца, а римляне прибавляли: и Сына. При этом они ссылались на некоторые древние рукописи, а греки утверждали, что они подложные. Пятнадцать раз сходился собор для прений об этом вопросе. Споры становились резкими. Марк Ефесский особенно горячо ратовал против латинской ереси. Император и папа старались всеми мерами сдержать раздор; говорят, были пущены в дело даже угрозы и подкупы. Наконец греки уступили — согласились признавать учение западной церкви об исхождении Святого Духа от Отца и Сына, а также и о том, что, кроме ада и рая, есть еще чистилище, где очищаются души от грехов для перехода в рай. Признали также, что опресноки и квасный хлеб одинаково могут употребляться при священнодействии, а главное, чего добивался папа, признали, что он — наместник Христа и глава всей христианской церкви и византийский патриарх должен подчиняться ему.
6 июля 1439 года папа в главном Флорентийском соборе необыкновенно торжественно служил обедню. При огромном стечении народа папа благословлял императора, епископов, сановников. Слезы радости блестели в его глазах, когда по его приказу громогласно с амвона читалась хартия (грамота) соединения.
«Да возрадуются небо и земля! — говорилось в ней. — Рушилась преграда между восточной и западной церковью. Мир возвратился на краеугольный камень Христа: два народа уже составляют единый; мрачное облако скорби и раздора исчезло; тихий свет согласия сияет снова!..
Да ликует мать наша церковь, видя чад своих, после долговременной разлуки соединенных снова любовью; да благодарит Всемогущего, который осушил ее горькие слезы о них!» и прочее.
Дальше идут упомянутые статьи, принятые восточной церковью после прений на соборе.
Как было не радоваться папе?! Великое дело совершилось бы, если б восстановлено было единство христианской церкви; но не шло на уступки западное духовенство; слишком заботился о своей власти и земном величии папа, и только скрепя сердце, не по убеждению, а по нужде, подписывали хартию соединения (унии) император и восточные епископы (а Марк Ефесский даже отказался и подписывать ее), — вот почему все дело оказалось непрочным, да и выгод оно никому не принесло. В Константинополе, когда узнали, на каких условиях состоялось соединение церквей, поднялось сильное волнение: народ видел в этом соединении измену православию, предательство…
Возвращался в свою митрополию и русский митрополит Исидор, сильно ратовавший на соборе за унию. Еще с дороги он разослал по русским землям окружное послание об унии, призывая христиан, католиков и православных посещать безразлично православные и католические храмы, приобщаться одинаково в тех и других. Наконец прибыл он в Москву. Духовенство и огромная толпа народа ждали его в Успенском соборе. Явился Исидор. Пред ним несли латинский крест. Всех удивил этот небывалый на Руси обычай. Началось торжественное богослужение. Еще больше все поражены: митрополит поминает вместо вселенских патриархов папу! По окончании службы дьякон громогласно читает грамоту Флорентийского собора. Духовенство и миряне не знают, как и быть: вводятся небывалые новшества, ясно видно отступление от старины; но все это сделано собором, который именуется вселенским, упоминается, что грамота подписана византийским императором, который всегда считался главной опорой православия; упоминаются подписи многих православных епископов… Не знают, что и подумать, что сказать. Но великий князь тут же, в церкви, обозвал Исидора латинским прелестником и приказал посадить его под стражу. Созван был в 1441 году собор русских епископов, чтобы разобрать это дело. Здесь Исидор был осужден, как отступник от православия. Ему, впрочем, удалось бежать из-под стражи в Рим. Так неудачно кончилась попытка соединить восточную православную церковь с римско-католической.