Некоторым из знатных бояр невыносимо было, что Годунов, человек не особенно знатный, незаслуженный, татарского происхождения, притом еще юный, тридцатидвухлетний, орудует всеми делами в государстве. Против него составился заговор. Князья Шуйские, Воротынские, Голицыны и др. порешили извести его: уговорили князя Мстиславского, с которым он был близок, зазвать его к себе на пир и тут думали его убить. Заговор этот был открыт. Князь Иван Мстиславский был схвачен и пострижен в монахи, многих разослали по разным городам, некоторых заключили в темницы. Казней не было. Шуйские вывернулись из беды — их не тронули. Годунов сильно злобился на них, но, зная, как их любят в Москве, особенно торговый люд, он попытался даже сблизиться с ними. Митрополит хотел быть примирителем: призвал к себе Годунова и Шуйских и умолял их оставить вражду. Враги примирились, но ненадолго. Когда Иван Петрович Шуйский, вышедши от митрополита, объявил своим сторонникам, толпою стоявшим у Грановитой палаты и ждавшим его, что они, Шуйские, помирились с Борисом Федоровичем, то из толпы выступили два купца и сказали:
— Помирились вы головами нашими: и вам пропасть от Бориса, и нам!
В ту же ночь оба эти купца пропали без вести: были схвачены и сосланы неведомо куда. Это, конечно, снова возбудило у Шуйских вражду к Годунову. Повели на этот раз дело более тонко: составили челобитную государю, в которой просили его развестись с бездетной Ириной и вступить в новый брак, так как для блага государства нужен наследник царю. Уговорили и митрополита Дионисия подписаться и умолять царя о новом браке. Челобитную подписали, кроме бояр, именитые московские купцы. Годунову грозила опасность. Как ни любил Федор Ирину, но мог уважить и просьбу москвичей, а особенно митрополита. Но Годунов вовремя узнал о враждебном замысле и постарался всеми силами уговорить Дионисия отстать от этой затеи: он выставил ему на вид, что дети еще могут быть у Ирины, а если их не будет, то законный наследник уже есть — брат царя, Дмитрий Углицкий. Дионисий согласился не начинать этого дела, и замысел Шуйских, таким образом, расстроился.
После этого случая Годунов убедился, что для него опасно оставлять Шуйских в Москве: они могли еще новое что-нибудь предпринять против него. По словам летописи, по наущению Бориса подкупленные слуги Шуйских донесли на своих господ, что они задумали измену. Этого доноса было достаточно Годунову. Шуйских перехватали; людей их пытали, добивались от них новых улик против господ, но ничего не добились. Несмотря на это, Иван Петрович Шуйский был отправлен в Белоозеро и там, говорят, по приказу Годунова, удавлен. Такая же участь постигла другого Шуйского. Пострадали и многие сторонники их: одни были казнены, другие — заключены в тюрьмы, третьих заслали в далекие города…
Дионисий, видя эту жестокую расправу Годунова со своими недругами, задумал было, по старому обычаю святителей, печаловаться у царя за опальных бояр и жаловаться на насилия и неправды Годунова, но последствия были плачевны для митрополита. Годунов уверил Федора, что Дионисий не пастырь, а волк в овечьей коже. Дионисий был свергнут и заточен в монастырь, а в митрополиты возведен Иов, ростовский архиепископ, человек вполне преданный Годунову.
Теперь у Годунова не было соперников и сильных врагов; никто не стоял ему поперек дороги, и он стал всемогущим правителем.