Следствие ведено было крайне недобросовестно; оно направлено было, казалось, к тому, чтобы скрыть преступление: внимательного осмотра тела не было сделано; показаний с людей, убивших Битяговского и его соумышленников, снято не было; царицу тоже не спрашивали. Больше всего значения было придано показаниям нескольких сомнительных лиц, утверждавших, будто царевич зарезался сам в припадке падучей болезни.
Следственное дело было дано на обсуждение патриарха и духовенства. Патриарх признал следствие верным, и решено было на том, что царевичу Дмитрию смерть учинилась Божиим судом, а Михаил Нагой государевых приказных людей: Битяговских, Качалова и других — велел побить напрасно…
Годунов сослал всех Нагих в отдаленные города в заключение; царица Мария была насильно пострижена под именем Марфы и заключена в монастырь. Угличане подверглись опале. Обвиненных в убийстве Битяговского и товарищей его предали смертной казни. Некоторым за «неподобные речи» отрезали языки; множество народа было сослано в Сибирь; им населили вновь основанный город Пелым. Сложилось в народе предание, что Годунов из Углича сослал в Сибирь даже и тот колокол, в который били в набат в час смерти царевича. В Тобольске до сих пор показывают этот колокол.
Нагие пострадали, но всенародная молва произнесла свой приговор над Годуновым. Убеждение, что он сгубил царевича, окрепло в народе — и тот самый народ, который не озлобился на Грозного за его лютые бесчисленные казни, никогда уже не мог, несмотря на все благодеяния и милости, простить честолюбцу гибели последней отрасли царского дома, мученической смерти невинного ребенка.
Виновен ли Годунов в убийстве Дмитрия, как гласила народная молва, или нет — это дело темное. Ходили слухи, будто убийцы, терзаемые народом, перед смертью повинились, что они подосланы Годуновым; но едва ли он, при его уме и осторожности, мог решиться на такое грубое и опасное преступление. Вернее предположить, что доброхоты Годунова, понимая, какая беда грозит и ему и им при воцарении Дмитрия, сами додумались до преступления.
Смертью царевича положение Годунова упрочивалось. Едва ли уже тогда он мечтал о царском троне: для него важно было уж и то, что он избавился от страшных для него Нагих. Теперь, со смертью бездетного царя, он мог надеяться, что власть перейдет к царице, а он при ней останется по-прежнему всемогущим правителем.
Вскоре после смерти царевича в Москве вспыхнул сильный пожар, испепеливший значительную часть города. Годунов стал немедля раздавать пособия погорельцам, целые улицы отстраивал на свой счет. Небывалая щедрость, однако, не привлекла к нему народа; ходили даже недобрые слухи, будто Годунов тайно приказал своим людям поджечь Москву, чтобы отвлечь внимание москвичей от убийства царевича и выказать себя народным благодетелем.
В 1592 году у царя Федора родилась дочь Феодосия. Велика была радость царя и царицы; радовался или, по крайней мере, показывал вид радости и Годунов. Именем царя он освобождал узников, раздавал щедрую милостыню, но народ не верил искренности его, и когда, несколько месяцев спустя, ребенок скончался, в народе пошли ходить нелепые толки, что Годунов извел маленькую царевну.
Он очевидно становился жертвой беспощадной людской молвы.
Прикрепление крестьян к земле
Самым важным делом Годунова в царствование Федора было прикрепление крестьян к земле. Оно привело к очень печальным последствиям.
Огромная Русская земля с ее полями, лугами, лесами, реками и озерами была открыта в древности, при начале государства, для всех: селись где любо и промышляй чем хочешь. Селились особняком, одним двором, селились и обществом, селом или городом. Сельчане и горожане в старину не различались меж собой — одинаково занимались земледелием и другими промыслами. Земли было вдоволь. Если она оскудевала где-либо, то поселенцы приглядывали себе другое удобное место и выселялись туда. При огромных пространствах гулящей, свободной земли прочной оседлости не было. Каждый по мере сил и способностей мог занять себе участок, возделать его и обратить в свою собственность; владение землей долго называлось посильем. По старинному выражению, все то пространство земли становилось собственностью человека, «куда его топор, коса и соха ходили».