Официальную церковь, одержимую духом инквизиции, смущают усилия Роджера Бэкона, Фомы Аквината и Сигера Брабантского примирить разум и веру. Она изменяет средневековому идеалу единства религии и культуры. В 1277 году парижский епископ Этьен Темпье обвиняет студентов Сорбонны в 217-ти гнусных заблуждениях. Они подпали, де, под влияние греческой и арабской философии. Самого Фому Аквината подозревают в аввероизме. Сигер Брабантский объявлен еретиком. Ученик францисканцев-спиритуалов Данте Алигьери вспомнит о нём в десятой песне Рая:
То же в Англии. Доминиканец архиепископ Кентерберийский осуждает рационализм в богословии и зачатки опытной науки. В 1278 году труды величайшего ученого Средних веков Роджера Бэкона и других английских францисканцев запрещены. Самого Бэкона посадили в тюрьму, где «дивный доктор» томился почти до самой смерти.
Три предыдущих века папская власть сосуществовала в жизни церкви с партией постоянного обновления. К концу XIII века союз распадается. Полная папская победа: все ереси подавлены, но подавлена и духовная творческая свобода. Средневековая культура начинает клониться к упадку.
Подавление интеллектуальной свободы сопровождалось и замедлением развития техники. Французский историк Жан Гимпель считает, что в XI, XII и XIII веках в латинской Европе технический прогресс шел так же быстро, как в Соединенных Штатах в XIX–XX веках, но к концу XIII века это развитие начинает замедляться.
Конечно, и прежде в Европе, как всегда и всюду, не было недостатка в ненависти ко всем, кто веровал по-другому. Уже в XI веке жгли еретиков и устраивались кровавые еврейские погромы. А в 1155 году в Риме удавили и сожгли аскета-священника Арнольда из Брешии. Он не проповедовал никакой ереси, а только объявил подделкой апокрифическую дарственную запись, по которой император Константин Великий будто бы отдал во владение папе Сильвестру Рим и всю Италию. И все-таки в XII веке монахи в аббатстве Клуни переводят Талмуд и Коран; катары не таясь исповедуют свою манихейскую веру и без боязни спорят с проповедниками, которые уговаривали их вернуться в лоно католической церкви. В Англии, в Испании, во Франции христианские, еврейские и мусульманские богословы беседуют друг с другом о вере и философии. В XIII веке такие беседы больше не разрешаются. Правда, в 1240 году в Париже перед Людовиком Святым и в 1262 году в Барселоне перед Яковом Первым Арагонским прения между христианами и евреями все-таки имели место. Но это уже не «куртуазное» обсуждение, как в XI веке. Теперь евреев поносят как народ богоубийцу, испорченный и лукавый. Жуанвиль рассказывает: Людовик Святой разрешил спорить с евреями только ученым богословам, простым же мирянам он заповедовал: «если еврей клевещет на христианскую веру, пусть христианин с ним не спорит словами, а извлечет свой меч и как можно глубже воткнет ему в живот».
Евреев, которые так много сделали для расцвета «открытой» цивилизации Европы XII века, начинают все больше притеснять, из многих стран их выселяют.
Перед отплытием на поиски «западного пути» в Индию, генуэзец еврейского происхождения Христофор Колумб в обращении к Изабелле Кастильской и Фердинанду Арагонскому говорит: «Я утверждаю, Святой Дух может одинаково проявляться среди христиан, среди евреев, среди мавров и среди всякого рода людей, не только мудрецов, но и самых простых».
Но королева Изабелла больше слушала другого человека — кардинала Сиснероса, главу инквизиции Кастилии и Арагона. При нем инквизиция особенно свирепствовала. На указания, что инквизиционное судопроизводство нужно преобразовать, он отвечал: «Инквизиция так совершенна, что никогда не будет нужды ее реформировать. Что-либо менять в ней — грех».
3 августа 1492 года три корабля Колумба уходят в Атлантический океан. А накануне, по настоянию кардинала Сиснероса, королева Изабелла издает указ, что все евреи в ее королевстве должны креститься или уехать. Для продажи имущества им давали четыре месяца, но они не имели права брать с собой ни золота, ни серебра. По словам хрониста, «они отдавали дом за осла, виноградник за отрез сукна или полотна».
Любопытно, что позднее кардинал Сиснерос собирает по всей Европе евреев, знатоков еврейского языка, для учрежденной им школы языков. Они преподавали под его защитой.