Употребление в России двойных фамилий во второй половине XVI столетня становилось все реже и реже, так как постепенно устранялась вызывавшая их прежде причина, т. е. неокончательное установление родовых прозваний, когда каждое семейство выделялось обыкновенно особняком из общего рода и усвоивало себе отдельное прозвание или по какой-либо кличке, или по отчеству, сохраняя, однако, иногда для поддержания связи со своими однородцами и общее родовое прозвание. Очень часто такое прозвание заменялось каким-нибудь искаженным именем, несмотря на то, что употреблявший его имел уже прозвание. Так, в конце XV века один из Челядиных постоянно писался «Яковля». Иногда для определения происхождения делались особые пояснения, например: «Ляцкой из рода Кошкиных». Чтобы познакомить наших читателей с разветвлениями по особым фамильным прозваниям одного и того же рода, мы приведем здесь следующий пример.
По московским родословным книгам, выехавший в начале ХIII века в Новгород некто Михайло имел прозвание Прушанин или Прушанич, что, конечно, указывает на его происхождение из Пруссии или же из так называвшегося в то время в Великом Новгороде «прусского конца». Его единственные сын, внук и правнук означены в родословных без всякого прозвания, которое, по всей вероятности, оставалось то же самое, какое носил Михайло. Когда же у него оказалось двое, хотя и разноименных сыновей, то каждый из них получил особое прозвание: старший сын назывался Мороз, а младший — Туша. От Мороза уже в Москве пошли Морозовы, из которых один, по имени Борис, имел сына Василия, по прозвищу Тучко, а другого — по прозвищу Брюхо. Сыновья этих Морозовых стали писаться различно: одни Тучко-Морозовыми, а другие — Брюхо-Морозовыми. Но впоследствии Тучко-Морозовы откинули свое прежнее родовое прозвание и стали писаться только Тучковыми. Одновременно с этим и в потомстве Туши стали изменяться родовые прозвища. Одни из представителей этого потомства, оставив фамилию Морозовых, стали писаться по последующим прозваниям членов рода Морозовых: — Шестовыми, а другие Шестовыми-Русалкиными. Дальнейшие потомки упомянутого Мороза или удерживали одну только эту общую фамилию, или же по прозвищам ее членов принимали иные дополнительные прозвания, как, например, Салтык от Салтыковых, а затем в дальнейшем потомстве Салтыка-Морозова удержалось только одно новое родовое прозвание.
Древний боярский род Романовых также менял свои фамильные прозвания, и еще дед партиарха Филарета именовался Захарьиным-Юрьевым, по именам своего отца Юрия и своего деда Захария.
Кроме изменений родовых прозваний по отчествам или по личным прозваниям того или другого члена одного и того же рода, встречается еще и особый случай перемены такого прозвания. Так, фамилия одного литовца, участвовавшего в Куликовской битве, Нелидовского, обрусела в московской форме, обратившись в Нелидова, затем потомки этого Нелидова стали прозываться Фарисеевыми, а в следующих поколениях — Отрепьевыми. Когда же утвердилась молва, что нареченный царь Дмитрий Иванович — по своему полуимени Гришка — был из рода Отрепьевых, и когда его стали предавать в праздник православия анафеме, с упоминанием и его родового прозвания, то однофамильцам его царь Алексей Михайлович дозволил именоваться их старинною фамилиею — Нелидовыми.
Вообще же можно сказать, что фамильные прозвания даже в самых знаменитых московских боярских родах установились окончательно только во второй половине XV столетия, и тогда исчезли почти все двойные фамилии. Так, из внесенных в «Бархатную книгу» и существующих доныне дворянских родов — общим числом до семидесяти — двойные фамилии удержали только Бобрищевы-Пушкины, Вельяминовы-Зерновы, Воронцовы-Вельяминовы, Голенищевы-Кутузовы, Квашнины-Самарины, Мусины-Пушкины и Сухово-Кобылины. Двойных древних, хотя и не внесенных в «Бархатную книгу», фамилий тоже очень немного. Вот их очень недлинный перечень: Долгово-Сабуровы, Иванчины-Писаревы, Кузьмины-Короваевы, Петрово-Соловово, Римские-Корсаковы и Скорняково-Писаревы. Представителям двух других, тоже древних дворянских родов, — Неледенских и Бестужевых дозволено было прибавить: первым, в 1699 году, фамилию Мелецкий, которую предки их носили некогда в Польше, а вторым, в 1701 году, по прозвищу одного из их предков Рюма, — Рюмиными, в отличие, от прочих их единородцев.