Der ausgedehnte Aufenthalt Caesars in Ägypten hatte den Pompejanern wieder Luft verschafft. Zwar waren Illyrien und Griechenland ihnen verlorengegangen, aber anstatt dessen hatte sich die Provinz Africa in eine Hochburg der Pompejaner verwandelt. Sie beherrschten damit ein Gebiet, von dem aus sie die Verbindungen Caesars mit Italien und Spanien empfindlich stören konnten. Trotzdem hat sich Caesar zunächst nach dem Osten, nach Kleinasien gewandt. Hier hatte sich der Sohn des großen Mithradates, Pharnakes, ein ausgedehntes Reich geschaffen. Außer dem bosporanischen Reich auf der Krim herrschte er über die Landschaften Pontos und Kleinarmenien, auch auf Bithynien und Kappadokien hatte er übergegriffen. Die Römer unter Cn. Domitius Calvinus hatten in Kleinarmenien, bei Nikopolis, von Pharnakes eine Niederlage hinnehmen müssen. In Palästina fand Caesar noch Zeit, die Verhältnisse des jüdischen Staates zu ordnen, und zwar bestätigte er Hyrkanos als
Ethnarchen und Hohenpriester, die eigentliche Regierung aber legte er in die Hände des Idumäers Antipatros, des Vaters des Herodes I. Gegen Pharnakes hatte Caesar ein leichtes Spiel, er siegte bei Zela im Pontos (am 2. August 47 = 21. Mai jul.), Pharnakes rettete sich zunächst nach Sinope, dann zu Schiff ins Bosporanische Reich, wo er durch seinen Rivalen Asandros den Untergang fand.
Für Rom und Italien war Caesars lange Abwesenheit ein Unglück. Infolge des Bürgerkrieges standen Handel und Wandel still, die Wirtschaft litt unter einer schweren Depression, zahlreiche Bürger waren tief verschuldet und erwarteten von Caesar durchgreifende Maßnahmen. Gegenüber den Unruhen waren die Magistrate in Rom machtlos, der Consul P. Servilius Isauricus, ein erprobter Freund Caesars, hatte einen harten Stand. Im Herbst des Jahres 48 wurde Caesar übrigens zum zweiten Mal Diktator, es war dies eine Jahresdiktatur, die bis zum Herbst 47 gedauert hat. Die Ernennung hatte P. Servilius Isauricus als Consul ausgesprochen. Im Jahre 47 hatte es in Rom keine Wahlen gegeben. Als einziger Obermagistrat fungierte M. Antonius in seiner Eigenschaft als magister equitum Caesars. In Rom herrschte die Straße, es gab erbitterte Kämpfe zwischen den Banden, die in P. Cornelius Dolabella, dem Schwiegersohn Ciceros, und in L. Trebellius, einem anderen Volkstribunen, ihre Anführer hatten. Erst im Oktober 47 traf Caesar auf dem Wege über Mytilene, Athen und Korinth wieder in der Hauptstadt ein. In der Nähe Brundisiums war er mit Cicero zusammengetroffen, der von Caesars Liebenswürdigkeit des Lobes voll war. M. Antonius wurde wegen Unfähigkeit auf zwei Jahre kaltgestellt, das Consulat übernahmen Fufius Calenus und P. Vatinius, während für das folgende Jahr (46) Caesar selbst, zusammen mit M. Aemilius Lepidus, zu Consuln gewählt wurden. Die Zahl der Prätoren erhöhte Caesar von acht auf zehn, den stark dezimierten Senat füllte er durch Angehörige des Ritterstandes wieder auf.
Der afrikanische Feldzug des Jahres 47/46 zeigt Caesar noch einmal auf der vollen Höhe seiner Feldherrnkunst. In Africa verfügten die Pompejaner über nicht weniger als zehn Legionen, in Utica hatte sich eine Art von Gegensenat gebildet. Fast alle namhaften Gegner Caesars hatten sich hier zusammengefunden: Metellus Scipio, der Oberbefehlshaber, M. Petrejus, T. Labienus, Cn. und Sex. Pompejus, die Söhne des Pompejus Magnus, auch M. Porcius Cato, der die Provinz Africa auf dem beschwerlichen Landwege über Kyrene erreicht hatte. Mit ihnen im Bunde war der König Juba von Numidien, während die Herrscher von Mauretanien, Bogud und Bocchus, es mit Caesar hielten, ebenso wie der römische Freibeuter P. Sittius, ein ehemaliger Catilinarier, der sich eine unabhängige
Stellung in Mauretanien errichtet hatte. Caesar landete am 28. Dezember 47 (= 12. Oktober 47 jul.), zunächst mit nur 3000 Mann, in Hadrumetum, er bemächtigte sich der Stadt Leptis Minor und wandte sich vom Plateau von Ruspina gegen die Seefestung Thapsus. Wenn er zunächst auch eine Niederlage von seinem ehemaligen Legaten T. Labienus hinnehmen mußte, so verfehlte doch seine Propaganda bei den Pompejanern ihre Wirkung nicht: zu Hunderten wechselten die Pompejaner auf seine Seite über. In der Entscheidungsschlacht bei Thapsus (6. April 46 = 7. Februar jul.) wurde auf beiden Seiten mit großer Erbitterung gekämpft, die Pompejaner wurden vernichtend geschlagen. Übrigens hatte sich der Zorn der cäsarischen Soldaten teilweise gegen die Offiziere in den eigenen Reihen gerichtet. Als Caesar vor Utica erschien, gab sich Cato in der Stadt selbst den Tod; er wollte, wie er sagte, nicht dem Tyrannen verpflichtet sein, der Menschen begnadige, über die ihm kein Recht zustehe. Mit seinem Tod hatte Cato vor aller Welt gezeigt, daß die Ideale der res publica libera nicht erloschen waren. Mag auch das Leben Catos manche weniger sympathischen Züge aufweisen - so haben schon die Zeitgenossen seinen mit Selbstgefälligkeit zur Schau getragenen
Doktrinarismus vielfach getadelt -, sein Tod versöhnt mit seinen Schwächen: er hat für seine Überzeugung sein Leben eingesetzt, und die Erinnerung an seinen Tod in Utica hat sein Erdenleben um viele Generationen überdauert. Auch die meisten führenden Pompejaner sind damals umgekommen, nur die beiden Söhne des Pompejus Magnus retteten sich nach Spanien, und mit ihnen T. Labienus und Attius Varus. Das Königreich Numidien, dessen Herrscher Juba gleichfalls unter den Toten war, wurde als eine neue Provinz unter dem Namen Africa Nova konstituiert, der erste Statthalter war C. Sallustius Crispus, er hat die Einwohner in einer geradezu schamlosen Weise ausgebeutet, so daß er sich in einem Repetundenprozeß dafür verantworten mußte. Die westlichen Bezirke Numidiens fielen an P. Sittius, ihr Mittelpunkt war Cirta, das als colonia Sittianorum neu begründet wurde.
In Rom feierte Caesar einen vierfachen Triumph, über Gallien, Ägypten, Pharnakes und Juba. Sein großer keltischer Gegner, Vercingetorix, wurde danach im Tullianum umgebracht, eine ganz unnötige Grausamkeit. Aus Ägypten kommend erschien Kleopatra mit ihrem Bruder Ptolemaios XIV. und mit ihrem Sohn von Caesar, Kaisarion, in Rom, sie bezog eine Villa jenseits des Tiber; ihre Anwesenheit in der Hauptstadt erregte viel böses Blut, und Cicero ließ so manche bissige Bemerkung in seine Korrespondenz über sie einfließen. Im übrigen gab sich der große Redner jetzt nach außen hin ganz als Caesarianer, wie dies etwa seine Dankrede für die Begnadigung des M. Marcellus (Pro Marcello) erkennen läßt. In ihr beschwor er den großen Mann, sich mehr um seine eigene Sicherheit zu kümmern, dazu bat er ihn in aller Form, dem Staat eine neue Verfassung zu verleihen, erst dann werde sein Werk vollendet sein und sein irdisches Leben überdauern. Auch sonst fand Caesar so manche Ratgeber; auch die unter dem Namen des Sallust überlieferten Briefe an Caesar (Epistulae ad Caesarem senem), für deren Echtheit vieles spricht, gehören in diese