Хотя Софья и Василий были в опале и, по-видимому, находились под строгим надзором, их невозможно было изолировать полностью. Следующий по старшинству брат Василия, Юрий (родился в 1480 г.), опалы избежал (как и младшие дети Софьи). Юрий даже принимал участие в церемонии коронации Дмитрия. Сестра Василия Елена являлась великой княгиней литовской, и любое открытое насилие над ее матерью могло привести к дипломатическому инциденту. До раскрытия заговора 1497 г. и Иван и Софья вели с Еленой регулярную переписку. После опалы Софья перестала писать дочери. Иван III, однако, продолжал писать Елене и передавать наилучшие пожелания и ей и ее супругу, великому князю Александру. 29 марта 1498 г. послу Ивана в Литве, князю Василию Ромодановскому, были даны указания передать приветствия Александру в следующем порядке: от самого Ивана III, от Дмитрия, от Софьи и от матери Дмитрия Елены Молдавской. Приветствия Елене Литовской должны были быть переданы в том же порядке.244
После того, как первый шок от опалы прошел, Софья и Василий, судя по всему, начали попытки возвратить себе милость Ивана III через своих друзей среди придворных и духовенства. Для этого было необходимо возбудить его подозрения в отношении бояр, проводивших расследование заговора 1497 г. и посадивших на трон Дмитрия, а прежде всего в отношении князя Ивана Патрикеева. Наиболее убедительным было бы представить Василия жертвой клеветы. Именно такому плану следуют летописные своды XVI века. В Никоновской летописи мы читаем, что Иван III наложил опалу на Василия и Софью под воздействием «дьявольских чар и советов дурных людей».245 Можно быть уверенным, что князя Ивана Патрикеева сочли одним из таких людей.
Византийцы являлись непревзойденными мастерами дворцовых интриг, и, судя по всему, это искусство было у Софьи в крови. Можно предположить, что сначала она не пыталась сама доказывать что-либо Ивану III, а подослала какое-то третье лицо, скорее всего не участвовавшее в конфликте, постепенно подрывать доверие Ивана III к князю Патрикееву. Так случилось, что именно в это время между Иваном III и князем Патрикеевым возникли разногласия по поводу русской внешней политики. Как мы знаем, после подчинения Казанского ханства в 1487 г., Иван III поставил своей следующей целью присоединение Западнорусских земель. Это предполагало конфликт с Великим княжеством Литовским. Брак дочери Ивана Елены с Александром Литовским (в 1495 году) со стороны Ивана был дипломатическим шагом, направленным исключительно на укрепление в Литве Русской православной партии. Напротив, князь Иван Патрикеев и некоторые другие знатные бояре, такие как князь Семен Иванович Ряполовский и князь Василий Васильевич Ромодановский, выступали за сближение с Великим княжеством Литовским. Они надеялись, что брак Елены с Александром сможет укрепить дружбу двух стран, которым вместе будет легче сражаться с татарами и турками.246
По-видимому, Патрикеев и Ряполовский, которым часто доверялись переговоры с Литвой, чтобы избежать войны, не всегда точно следовали наставлениям Ивана III и придерживались собственной линии. Когда Иван III обнаружил это, то счел их поведение «предательством» (выражение использовано в Устюжской летописи).247 Развязка наступила, когда в январе 1499 г. Иван III приказал взять под стражу князя Ивана Патрикеева, его сына Василия и князя Семена Ряполовского. 5 февраля Ряполовского казнили. Обоих Патрикеевых постригли в монахи. В апреле был схвачен князь Василий Ромодановский.248
Все приказы по этому делу Иван III отдавал лично, без всякого согласования с боярской думой (главой которой являлся князь Патрикеев). Таким образом, в отличие от казней 1497 г. убийство князя Ряполовского являлось властным актом, противоречившим духу Судебника. Вскоре назначили нового главу думы – князя Василия Даниловича Холмского (из тверской ветви Рюриковичей). Год спустя (13 февраля 1500 г.) Иван III отдал Холмскому в жены свою дочь Феодосию (родилась в 1485 г.). Следует отметить, что отец Василия Холмского, князь Данила Дмитриевич Холмский, прославил себя как полководец в войнах с казанскими татарами и ливонцами, но несмотря на это в 1474 г. попал в опалу. Иван III вернул князю Даниле свое расположение только после того, как тот подписал специальное обязательство никогда не покидать московской службы. Князь Данила скончался в 1493 г. Его сын Василий (новый глава думы) тоже был выдающимся военачальником.
Вскоре после ареста Ряполовского и Патрикеевых Иван III вернул ко двору Софью и Василия, а 21 марта. Василия объявили великим князем новгородским и псковским.
Некоторое время спустя Софья снова начала писать дочери, Елене Литовской. Однако дух ее писем сильно изменился. Раньше это были интимные письма матери к дочери; теперь послания Софьи имели религиозный и политический тон. Она призывает Елену твердо держаться своей православной веры. «Не принимай римской веры, даже если они будут запугивать тебя болью и смертью, иначе погибнет душа твоя» (30 мая 1499 г.).249 Очевидно, что в своих письмах к Елене того периода Софья следовала официальной линии внешней политики Ивана III.
При своей коронации в 1498 г. Дмитрий получил титул Великого князя Всея Руси. Точнее, Иван III «благословил внука Великим княжением Владимирским, Московским и Новгородским». Теперь, когда после коронации прошло чуть больше года, Иван III объявил Василия Великим князем Новгородским (и Псковским), таким образом нарушая единство «Всея Руси» и лишая Дмитрия одного из великих княжеств. По всей видимости, этот поступок Ивана III одобрила боярская дума во главе со своим новым председателем. В любом случае свидетельств о противодействиях нет. С другой стороны, яростный протест против нового титула Василия пришел от тех, кого он непосредственно касался. Новгород теперь являлся провинцией Московии и политического голоса не имел. Однако Псков еще оставался свободным городом, хотя и под сюзеренитетом Ивана III. Иван отправил в Псков посла со следующим извещением: «Я, Великий князь Иван, благоволю моему сыну Василию и жалую ему Новгород и Псков». Псковское вече отказалось признать Василия и послало в Москву делегацию из трех руководителей города и трех бояр с просьбой к великим князьям Ивану и Дмитрию не нарушать древней традиции, по которой сюзереном Пскова является великий князь московский (и Иван III и Дмитрий были великими князьями московскими, а Василий нет).
Когда псковская делегация вручила Ивану III петицию, он рассердился и ответствовал: «Не свободен ли я заботиться о своем внуке и моих сыновьях? Я дарую княжескую власть, кому желаю; и я желаю даровать Новгород и Псков Василию». Он взял под стражу двух членов псковской делегации, хотя другим позволил вернуться в Псков. Псковичи тогда послали другую делегацию с новой петицией, адресованной «Ивану, Великому князю Новгородскому и Псковскому». Иван III повелел делегации возвращаться обратно и пообещал прислать в Псков специального посла со своим ответом. Этот посол, боярин Иван Хоботов, прибыл в Псков и объявил на вече, что великий князь будет соблюдать древнюю традицию относительно Пскова. Текст послания, привезенного Хоботовым, в Псковской летописи не приводится. По всей вероятности, Иван объяснил псковичам, что он остается их сюзереном, а титул Василия только номинальный. Следующая псковская делегация в Москву просила великих князей Ивана и Василия освободить из тюрьмы двух членов первой делегации (до тех пор удерживаемых в Москве). Это было сделано немедленно,250 и конфликт между Псковом и Москвой, таким образом, разрешился. Василия, однако, глубоко оскорбило столь откровенное нежелание псковичей признать его своим великим князем; чувства Василия повлияли на его собственную политику в отношении Пскова, когда он стал единственным правителем Великой Руси.