Религия Бон в течение своей длинной истории подверглась двум преследованиям в Тибете. Первое происходило во времена правления царя Дригума Цэнпо (Gri-gum btsan-po ) в VII веке до н.э. Всё, кроме «Бон Причины» (rgyu'i bon: первые четыре из Девяти Путей), было упразднено, а большинство его практиков – изгнано. Они, однако, смогли скрыть многие тексты как тэрма (gTer-ma, «сокровище»), которые были вновь открыты позднее тэртонами (gTer-ston, «открыватель сокровищ»).
С возрастающим интересом к Буддизму, его учреждением в качестве государственной религии и основанием монастыря Самье (bSam-yas) в 779-ом году н.э., Бон был вообще запрещён, и была предпринята следующая серьёзная попытка его уничтожить. Это было вторым гонением на Бон – царём Трисонг Дэцэном (Khri-srong IDe-btsan). Однако, приверженцы Бон среди знатных, и в особенности среди простых людей, следовавшие бонским верованиям на протяжении нескольких поколений, сохранили свои религиозные воззрения, и Бон выжил. В этот период снова многие священнослужители Бон были изгнаны или вынуждены были бежать из Центрального Тибета, прежде сокрыв свои священные писания, опасаясь их уничтожения, и дабы сохранить их для грядущих поколений.
Один из передовых бонпо той поры – Дрэнпа Намкха (Dran-pa Nam-mkha) – играл важную роль во время второго преследования Бон. Он возглавлял сторону бонпо в состязании с буддистами, организованном царём, дабы выяснить, какая сторона обладала наибольшей сверхъестественной силой.
С 8-го по 11-е столетия практика Бон проходила главным образом подпольно. 1017 год н.э. отмечает возрождение Бон, которое началось с открытия Шенчен Лугой (gShen-chen kLu-dga', 996-1035) многих важных сокрытых текстов. С его открытиями Бон возник заново – как полностью систематизированная религия. Шенчен Луга родился в роду Шен, нисходящем от Конгцы Вангдэна (Kong-tsha dBang-ldan) одного из сыновей Тонпы Шенраба. Потомки этого важного семейства всё ещё живут в Тибете.
Шенчен Луга имел многочисленных последователей. Троим из своих учеников он поручил задачу продолжения трёх различных традиций.
Первому – Дручен Намкха Юнгдрунгу (Bru-chen Nam-mkha' g.Yung-drung), родившемуся в роду Дру, который иммигрировал в Тибет из Друша ('Bru-zha, то есть Гилгита), он поручил учения космологии и метафизики (mDzod-phug и Gab-pa). Это привело к тому, что один из его учеников и родственников лама Друдже Юнгдрунг (Bru-rje g.Yung-drung bla-ma) – основал монастырь Еру Вэнсакха (gYas-ru dBen-sa-kha) в области Цанг в 1072 году.
Этот монастырь оставался крупным образовательным центром до 1386-го, когда он был серьёзнейшим образом повреждён наводнением. Несмотря на упадок Еру Вэнсакха семья Дру продолжала поддерживать религию Бон, но семейство угасло в XIX веке, когда, во второй раз, в нём было найдено перевоплощение Пэнчен-Ламы.
Второму ученику – Шуе Лэгпо (Zhu-yas Legs-po) – было поручено держать учения и практики Дзогчен. Он основал монастырь Кьикхар Ришинг (sKyid-mkhar Ri-zhing). Потомки семейства Шу сейчас живут в Индии.
Третий ученик – Патон Пэлчог (sPa-ston dPal-mchog) – принял обязательство держать тантрические учения. Семейство Па тоже всё ещё существует.
Другим важным мастером того времени был Мэукэпа Цултрим Пэлчен (rMe'u-mkhas-pa Tsul-khrims dPal-chen, род. 1052) из рода Мэу, который основал монастырь Сангри (sNye-mo bZang-ri), также ставший центром философских исследований. Таким образом, в этот период бонпо основали четыре значительных монастыря и учебных центра – все в области Цанг (Центральный Тибет).
В 1405 году великий учитель Бонпо Ньяммэ Шераб Гьелцэн (mNyam-med Shes-rab rGyal-mtshan, 1356-1415 г.) основал монастырь Мэнри (sMan-ri) вблизи от места расположения Еру Вэнсакха, разрушенного наводнением. Монастырь Юнгдрунг Линг (g.Yung-drung gling) был основан в 1834 г., и вскоре после этого – монастырь Кхар-на (mKhar-sna). Оба в окрестностях Мэнри.
Они оставались важнейшими монастырями Бон до китайского захвата Тибета в 1959 г., и под их влиянием множество монастырей были основаны повсюду в Тибете, особенно в Кхюнгпо, Кхаме, Амдо, Гьелронге и Хоре, так что на начало XX века в Тибете было 330 монастырей Бонпо.
Ньяммэ Шераб Гьелцэн был особенно уважаем за свои огромные достижения и реализацию. Он был известен как великий реформатор и дал новый импульс традиции Бонпо, послуживший причиной процветания многих монастырей. Ньяммэ Шераб Гьелцэн также был первым мастером который собрал и держал все передачи и полномочия всех линий Бон. Все эти передачи продолжали удерживаться каждым из последующих настоятелей Мэнри, и со временем настоятель Мэнри стал рассматриваться в качестве главы религии Бон. Эта традиция была официально признана Тибетским правительством в изгнании в 1977 году.