В январе 1790 года Александр Николаевич оборудовал собственную типографию и отпечатал тираж — 650 экземпляров, из которых разошлось около ста, часть из которых он просто роздал своим знакомым. Имя на обложке указано не было, поэтому полиция не сразу вычислила автора. Розыском занимался петербургский обер-полицмейстер Н. И. Рылеев, виновный в том, что неосторожно и необдуманно написал резолюцию: „Печатать дозволено“. В поле зрения полицейских сразу же попал купец Зотов, а через него вышли на И. К. Шнора, который продал Радищеву печатный станок. 23 июня 1790 года Шнор дает Рылееву краткие показания и указывает на Радищева как автора книги.
30 июня 1790 года в дом Радищева явился дежурный полицейский офицер Горемыкин. Он арестовал Александра Николаевича и доставил его к санкт-петербургскому главнокомандующему графу Брюсу, у которого Радищев некогда служил. Вскоре здесь же появился человек, посланный начальником Тайной экспедиции С. И. Шешковским. О деятельности тайной полиции Радищев был хорошо наслышан и сразу понял, с кем ему придется иметь дело. От графа Брюса Радищев был препровожден в Петропавловскую крепость. В ордере на имя коменданта крепости генерал-майора Чернышева предписывалось содержать писателя в „обыкновенном месте“, никого к нему не допуская. Предлагалось также строго выполнять все наставления „господина действительного статского советника и кавалера Шешковского“.
Свои первые показания Александр Николаевич Радищев дал Шешковскому 1 июля 1790 года. Вначале вопросы были самые безобидные: где жил, кто у него духовный отец, когда был на исповеди и у Святого причастия.
Мог ли предполагать Радищев, что попадет в руки беспощадного царского „кнутобойца“ Шешковского? Ведь „Путешествие из Петербурга в Москву“ беспрепятственно прошла цензуру. Конечно, Рылеев сам книгу не читал, но его подчиненные наверняка знали ее содержание. Возможно, Радищев полагал, что книга может попасть в разряд запрещенных, что ее могут даже изъять из продажи — но то, что произошло с ним, он вряд ли мог предвидеть. Разразившаяся над ним гроза была столь яростной, что он предпринял отчаянный шаг — накануне ареста сжег все оставшиеся у него экземпляры книги. Сжег собственными руками выстраданную и только что отпечатанную книгу!
Материалы судебного дела писателя, опубликованные Д. С. Бабкиным в книге „Процесс А. Н. Радищева“, подтверждают, что Александр Николаевич держался во время следствия и суда исключительно мужественно. Он оказался лицом к лицу с одним из самых верных царских сыщиков — Шешковским, человеком хитрым и коварным, когда нужно — льстивым и покладистым, наделенным огромной властью, в том числе правом применения пыток, через руки которого прошли сотни важных „государственных преступников“. И поэтому вынужден был выработать свою тактику поведения на следствии — отсюда все те подобострастные выражения в адрес императрицы, названной „мудрой“ и „добродетельной“. Можно ли считать это слабостью, если после смерти жены на нем лежала ответственность за четверых малолетних детей, старшему из которых было всего двенадцать лет? Сын Радищева, Павел Александрович, вспоминал, что, когда дело о книге приняло дурной оборот, писатель имел возможность избежать ареста, скрывшись за границу, но отказался, боясь подвергнуть свое семейство полицейскому произволу, и „лучше решился пожертвовать собою для их безопасности“.
С 1 по 7 июля 1790 года Шешковский три раза допрашивал Радищева. Писатель признал свою вину и все же, называя свою книгу „пагубной“, а выражения в ней „дерзновенными“ и „неприличной смелости“, тем не менее не отказался ни от одной своей строчки. На допросах он твердо повторял, что все написанное — истинная правда.
Императрица Екатерина II, напуганная вольнодумством, пошла на беспрецедентный шаг — лично написала замечания на книгу Радищева, превратив их в своеобразный обвинительный акт. Шешковскому пришлось немало потрудиться и составить из ее замечаний 29 вопросов, которые можно разделить на три группы. Пять первых касаются написания, печатания и продажи книги. Во вторую группу, самую обширную, вошли 18 вопросов по содержанию книги. И наконец, третья группа — вопросы относительно личности самого автора.
По поводу пронзительной главы „Зайцово“ Шешковский задал Радищеву пять вопросов. Эти потрясающие страницы „Путешествия“, обнажившие самые дикие издевательства помещиков над своими крепостными, Екатерина II в своих замечаниях назвала всего лишь „выдуманной сказкой“. Она писала: „Ежели кто учинит зло, дает ли то право другому творить наивящее зло?“ Поэтому Шешковский спрашивает Радищева: „Начиная со стр. 131 по 139-ю какая нужда была вводить вам происшествие в рассуждение учиненного господскими детьми над их девкою насилия, зная, что один пример на всех относиться не может?“ Радищев ответил: „Описывая сей дурной поступок, думал я, что он может воздержать иногда такого человека, который бы захотел поступать так дурно; однако ж кто б это делал, того он доказать не может, а писал сие по сродной человеку слабости, чая от таких дурных поступков воздержать“.
Особенно возмутила императрицу ода „Вольность“, вошедшая в главу „Тверь“. Она интересуется: „Сии страницы суть криминального намерения, совершенно бунтовские, о сей оды спросить сочинителя, в каком смысле и кем сложена“. Шешковский именно так и поступил, Радищев же на это ответил: „Ода сия почерпнута из разных книг, и изъявленные в ней картины взяты с худых царей, каковых история описует… Признаюсь, однако ж, от искреннейшего сердца и в душевном сокрушении, что ода сия наидерзновеннейшая… Намерения при составлении оды не имел иного, как прослыть смелым сочинителем; теперь вижу ясно, сколь много в ней безумного, пагубного и гнусного и, словом, такого, чего бы мне никогда писать не надлежало“.
Сильнее всего волновал императрицу вопрос о сообщниках. В своих замечаниях она опасается, что Радищев „себя определил быть начальником, книгою ли или инако исторгнуть скиптра из рук царей, но как сие исполнить един не мог, показываются уже следы, что несколько сообщников имел; то надлежит его допросить, как о сем, так и о подлинном намерении, и сказать ему, чтоб он написал сам, как он говорит, что правду любит, как дело было; ежели же не напишет правду, тогда принудит меня сыскать доказательство и дело его сделается дурнее прежнего“. Шешковский, конечно, не преминул спросить Радищева и об этом, но тот решительно отверг все подозрения.
После того как Радищев ответил на „вопросные пункты“, его еще несколько раз допрашивали в Тайной экспедиции. Там ему пришлось более подробно рассказать о своей жизни, семье, родственниках, имущественном положении. Екатерина II внимательно следила за ходом следствия и не намерена была его затягивать. 13 июля 1790 года она направила указ графу Брюсу о передаче дела Радищева Палате уголовного суда в Петербурге.
Одновременно распорядилась, чтобы книга Радищева „нигде в продаже и напечатании здесь не была“, грозя в противном случае наказанием.
По поручению императрицы статс-секретарь Безбородко дополнительно сообщил Брюсу, в каком порядке дело должно слушаться в Палате уголовного суда. Палате предлагалось выяснить у Радищева лишь четыре вопроса: 1) он ли сочинитель книги; 2) в каком намерении сочинил ее; 3) кто его сообщники; 4) чувствует ли важность своего преступления. Делу опасались дать широкую огласку, поэтому подробности, относящиеся к содержанию книги, Палате уголовного суда обсуждать не полагалось, а материалы следствия, произведенного в Тайной экспедиции, в суд не направлялись. Вместе с указом в палату был передан только один экземпляр книги. От себя Брюс добавил, чтобы при чтении указа в суде даже не присутствовали канцелярские служащие.
Для вынесения Радищеву смертного приговора Палате уголовного суда хватило десяти дней — это произошло 24 июня 1790 года. Приговор составлен пространно, но даже для того времени довольно примитивно. Вначале в нем дословно воспроизводится указ императрицы, определение о порядке ведения суда, вопросные пункты и ответы на них писателя, показания некоторых свидетелей, сведения о службе Радищева, ссылки на статьи законов и тому подобное. Приговор заканчивался так: „За сие его преступление Палата мнением и полагает, лишив чинов и дворянства, отобрав у него знак ордена Святого Владимира IV степени… казнить смертию, а показанные сочинения его книги, сколько оных отобрано будет, истребить“.