Однако и того срока, который был установлен, Петр I дожидаться не стал — слишком большие надежды он возлагал на должность генерал-прокурора. 18 января 1722 года первым генерал-прокурором Сената государь назначил Павла Ивановича Ягужинского. Представляя его сенаторам, Петр I сказал: «Вот око мое, коим я буду все видеть». Эта же мысль нашла отражение и в указе от 27 апреля 1722 года «О должности генерал-прокурора»: «Понеже сей чин — яко око наше и стряпчий о делах государственных».
По отзывам современников, Ягужинский был видный мужчина, с лицом неправильным, но выразительным и живым, со свободным обхождением, капризный и самолюбивый, но очень умный и деятельный. За один день Ягужинский делал столько, сколько другой не успевал за неделю. Мысли свои выражал без лести перед самыми высокими сановниками и вельможами, порицал их смело и свободно. Талантливый и ловкий, он не робел ни перед кем. Не случайно светлейший князь Меншиков «от души ненавидел его».
Ближайшим помощником Ягужинского, обер-прокурором Сената, стал Григорий Григорьевич Скорняков-Писарев, выдвинувшийся из среды гвардейских офицеров.
Генерал-прокурору были подчинены все прокуроры в коллегиях и надворных судах. В соответствии с «Должностью», он обязан был «смотреть над всеми прокурорами, дабы в своем звании истинно и ревностно поступали». Все прокурорские донесения, касающиеся важных дел, он «предлагал» Сенату и требовал по ним исполнения.
П. И. Ягужинский довольно быстро занял ключевые позиции в государственных делах — по существу, он играл роль второго лица в империи после Петра I. Императора вполне устраивала активная деятельность Ягужинского, и он во всем поддерживал его. Петр I не раз говорил своим приближенным: «Что осмотрит Павел, так верно, как будто я сам видел».
Положение первого генерал-прокурора Сената было довольно сложным. Император, человек исключительно деятельный и энергичный, нередко сам выполнял прокурорские обязанности: он постоянно ездил в Сенат и строго следил за тем, как принимаются решения.
Первое время Ягужинский тратил немало сил, чтобы навести в Сенате хоть элементарный порядок. Основное внимание он сосредоточил на контроле за повседневной работой, за правильностью и законностью разрешения дел, их своевременным прохождением, порядком заседаний и прочими дисциплинарными моментами. Стремясь к возвышению над Сенатом, он все свои предложения к сенаторам обычно прикрывал авторитетом Петра, с которым оставался очень близок. Коллегиальные решения еще были чужды сознанию самолюбивых сановников, сенаторы не привыкли считаться с чужим мнением и уважать его, поэтому в заседаниях зачастую возникали споры, крики и брань, а иногда даже потасовки. В связи с этим 16 октября 1722 года Ягужинский даже написал особое «предложение» Сенату, в котором просил сенаторов воздерживаться от ссор и споров, «ибо прежде всего это неприлично для такого учреждения».
Постепенно генерал-прокурор занимает ключевое положение в государственном управлении. Русский историк В. О. Ключевский писал по этому поводу: «Генерал-прокурор, а не Сенат, становился маховым колесом всего управления; не входя в его состав, не имея сенаторского голоса, был, однако, настоящим его президентом, смотрел за порядком его заседаний, возбуждал в нем законодательные вопросы, судил, когда Сенат поступает право или неправо, посредством своих песочных часов руководил его рассуждениями и превращал его в политическое сооружение на песке».
В. О. Ключевский не случайно упомянул о песочных часах. Дело в том, что в то время в Сенате существовал такой распорядок — сенаторы, выслушав доклад по какому-либо вопросу, имели право переговорить меж собой о том или ином деле, и для этого им давался срок от получаса до трех часов. Для определения точного времени генерал-прокурор имел под рукой песочные часы. Как только доклад заканчивался, он тотчас ставил часы на стол. Когда весь песок высыпался, сенаторы обязаны были немедленно садиться на свои места и «подавать голоса», начиная с младших.
Император Петр I, всегда строго преследовавший сановников за взяточничество и воровство, часто поручал генерал-прокурору Ягужинскому ведение «розыска», хотя расследование преступлений и не входило тогда в прямую обязанность генерал-прокурора. В 1722 году Петр I получил прошение посадского человека Сутягина, в котором тот доносил о злоупотреблениях ярославского провинциал-фискала Попцова. В доносе сообщалось, что Попцов содержит беглых крестьян, за взятки освобождает людей от рекрутского набора и разворовывает казенные деньги. Такую же жалобу Сутягин подавал еще несколько лет назад, но она затерялась где-то в чиновничьих канцеляриях. На этот раз она все же дошла до императора, и Петр I приказал своему кабинет-министру Макарову отослать полученную челобитную Ягужинскому для расследования. Генерал-прокурор быстро выяснил суть дела. Попцов признал свою вину и, более того, стал изобличать во взяточничестве также и своего начальника, обер-фискала Нестерова. Ягужинский донес о результатах следствия императору, который находился тогда в Астрахани. 15 октября 1722 года Петр I писал генерал-прокурору: «Г. Ягужинский, письмо твое октября 5-го числа до нас дошло, в котором пишешь, что фискал Попцов с розыску показал во взятках и в других преступлениях на обер-фискала Нестерова и в своих показаниях винился, и оное дело велите, по отлучении своем, следовать и разыскивать прокурору Егору Пашкову и для того придайте ему в помощь из прокуроров, кого он будет требовать, и ежели обер-фискал дойдет до розысков, также и другие, то велите разыскивать».
Вскоре после этого обер-фискал Нестеров был изобличен во взяточничестве и казнен.
Когда дело касалось интересов закона, Ягужинский не боялся противостоять даже членам царской фамилии. Об этом свидетельствует такой случай. Подьячий Василий Деревнин, служивший у царицы Прасковьи Федоровны, вдовы царя Ивана Алексеевича, брата Петра I, нашел оброненное фаворитом царицы и ее главноуправляющим Юшковым письмо. Разобрать в нем он ничего не мог, так как оно было писано специальным цифровым шифром. Но то, что писала его царица, — знал доподлинно. Будучи человеком нечистым на руку, он решил выторговать себе из этого случая максимум выгоды (ведь можно написать донос государю!), поэтому письмо припрятал. Пропажа письма весьма обеспокоила царицу, и Юшков получил от нее хороший нагоняй. Удрученный разносом фаворит в исчезновении письма заподозрил Деревнина, за которым и раньше замечал воровство. Он схватил его и посадил в свою домашнюю тюрьму, но когда подьячего хватились — выпустил, так и не дознавшись о письме. Чтобы не искушать судьбу, Деревнин решил скрыться, но его быстро отыскали и отправили в Тайную канцелярию. Там ему учинили допрос с пристрастием, но безрезультатно, подьячий оказался крепким орешком. Тогда царица Прасковья Федоровна решила самолично допросить арестанта. Поздно вечером, под видом раздачи милостыни колодникам, она вместе со своими слугами прибыла в московскую контору Тайной канцелярии в конце Мясницкой улицы. Зловещие, пугающие жителей Москвы железные ворота Тайной выходили прямо на Лубянскую площадь.
По требованию царицы немедленно доставили Деревнина. Он по-прежнему юлил и выкручивался. Прасковья Федоровна стала нещадно лупить подьячего тяжелой тростью. Затем ее слуги, числом около дюжины, схватили Деревнина и принялись жечь свечами ему нос, уши, глаза, бороду. После этого, связав и положив на козлы, всего исполосовали. Деревнин хоть и орал, но ничего не говорил. Тогда по приказу царицы слуги облили ему голову «крепкой водкой» и подожгли. Подьячий завопил благим матом, караульщики едва сумели сбить с него пламя, однако царица на этом не успокоилась.
Дежуривший в Тайной канцелярии каптенармус Бобровский, видя, что дело приобретает плохой оборот, и понимая, что ответственность за содеянное царицей ляжет на него, срочно направил своего человека с письмом к генерал-прокурору Ягужинскому. Тот немедленно прибыл, отобрал у царицы едва живого колодника и под караулом отправил в свой дом. И когда Прасковья Федоровна потребовала от Ягужинского, чтобы он отдал ей провинившегося подьячего, генерал-прокурор как можно спокойнее произнес: «Что хорошего, государыня, что изволишь ездить ночью по приказам. Без именного указа отдать невозможно». Царица, бросая гневные взгляды на Ягужинского, вынуждена была покинуть Тайную канцелярию. На следующий день Ягужинский вернул изувеченного подьячего в Тайную канцелярию, ведь дело его не было закончено. О происшествии было доложено императору. Слуги царицы, которые по ее указанию истязали Деревнина, были отданы под суд и биты батогами. Главноуправляющего Юшкова сослали на жительство в Новгород.