Фронтовая авиация предназначалась для оперативного взаимодействия с войсками фронта. Накануне войны она состояла из отдельных смешанных, бомбардировочных и истребительных авиационных дивизий и авиаполков.
Армейская авиация предназначалась для тактического взаимодействия с войсками фронта и состояла из смешанных авиационных дивизий.
Войсковая авиация предназначалась для тактической воздушной разведки, корректировки огня и связи. Накануне войны она была представлена отдельными корпусными авиационными эскадрильями. Каждый стрелковый, механизированный и кавалерийский корпусы имели в своем составе по одной эскадрилье.
Основным тактическим соединением ВВС являлась авиационная дивизия. Она состояла из 4 - 5 авиационных полков, а последние - из такого же количества эскадрилий. По штату в полках различных родов авиации имелось от 40 до 60 самолетов. Отдельная корпусная авиаэскадрилья имела в своем составе десять самолетов-разведчиков и шесть самолетов связи. Перед войной было 95 таких эскадрилий.
Деление авиации на фронтовую и армейскую имеет свою предысторию. Временной инструкцией Воздушным силам Красной Армии 1936 года предусматривалось все части и соединения ВВС во фронте сосредоточивать, как правило, в руках фронтового командования и использовать для действий в интересах той или иной армии по принципу поддержки без передачи в подчинение последним.
Но уже в 1937 году на воздушных маневрах Красной Армии был сделан вывод о том, что для организации "надлежащего взаимодействия" необходимо часть боевой авиации передавать в непосредственное подчинение армейскому командованию.
Роль же фронтового командования заключалась в координировании усилий этой авиации для борьбы за господство в воздухе и к содействию войскам в ходе наступательной операции. Эта тенденция в развитии оргструктуры военной авиации была претворена в жизнь в период советско-финляндской войны. В ходе ее впервые были образованы ВВС армий и фронта с выделением им 49 и 36 процентов сил авиации соответственно.
В итоговом докладе в Главный военный совет Красной Армии от 19 марта 1940 года начальник Главного управления ВВС Красной Армии Я.В. Смушкевич писал: "С полной несомненностью доказана необходимость подразделения ВВС на армейскую авиацию, специально предназначенную для взаимодействия с наземными войсками, и оперативную, действующую в интересах операции и войны ". (Военно-исторический журнал, No10, 1980 г., с. 19).
Этот вывод и лег в основу новой оргструктуры ВВС на военное время, предусматривавшей передачу части дивизий фронтовой авиации общевойсковым армиям для тактического взаимодействия с войсками. Для этих целей предназначались смешанные авиационные дивизии. Причем каждой армии, действовавшей на главном направлении, намечалось выделять 2 - 3 авиадивизии, а на второстепенном - по одной дивизии. Остальные силы оставались в распоряжении командующего ВВС фронта, составляя так называемую фронтовую группу авиации. Выделение большой части авиации ВВС фронта в распоряжение общевойсковых армий вело к распылению ее ограниченных сил и в конечном счете к снижению ее боевой мощи. Это наглядно подтвердил опыт летне-осенней и зимней кампании 1941 - 1942 годов.
Главное управление ВВС Красной Армии накануне войны занималось формированием частей и соединений для ВВС военных округов и армий, готовило кадры, обеспечивало перелеты, вело подготовку аэродромной сети, обобщало полученный боевой опыт и доводило его до частей и соединений ВВС.
Для лучшего руководства боевыми действиями авиации 29 июня 1941 года учреждается должность командующего ВВС Красной Армии. При нем создается штаб и Военный совет. С этого времени Ставка ВГК осуществляла управление авиацией через командующего и штаб ВВС Красной Армии, Она сосредоточивала главные силы авиации на важнейших стратегических направлениях, определяла задачи и характер применения ВВС, занималась организацией взаимодействия авиации с другими видами Вооруженных Сил.
Боевыми действиями фронтовой и армейской авиации руководили командующие фронтами и армиями через соответствующих командующих ВВС фронтов и армий.
Боевой опыт первых месяцев войны показал, что организационная структура авиационных соединений и частей оказалась громоздкой и не обеспечивала оперативное ими управление. Авиационные полки, имевшие 60 и более самолетов, как правило, располагались на двух-трех аэродромах, значительно удаленных друг от друга.
Для улучшения управления и повышения маневренности авиаполки в начале августа 1941 года постановлением Государственного Комитета Обороны были переведены на новые штаты. Полки стали состоять из трех эскадрилий и иметь в своем составе по 32 самолета. В целях более тесного взаимодействия бомбардировщиков и штурмовиков с истребителями, а также для надежного прикрытия их на аэродромах базирования во вновь формируемые полки стали включать по две эскадрильи бомбардировщиков или штурмовиков и по одной эскадрилье истребителей.
В конце августа 1941 года во всех родах авиации штаты авиаполков были вновь изменены. Авиационные полки стали состоять из двух эскадрилий и иметь в своем составе по 20 самолетов. Это объяснялось прежде всего нехваткой самолетов, возникшей из-за больших потерь и неспособностью авиапромышленности удовлетворить нужды фронта. Малое количество боевых машин в авиационном полку, безусловно, ограничивало его возможности, но иного выхода в тот период не было.