В итоговом докладе в Главный военный совет Красной Армии от 19 марта 1940 года начальник Главного управления ВВС Красной Армии Я.В. Смушкевич писал: "С полной несомненностью доказана необходимость подразделения ВВС на армейскую авиацию, специально предназначенную для взаимодействия с наземными войсками, и оперативную, действующую в интересах операции и войны ". (Военно-исторический журнал, No10, 1980 г., с. 19).
Этот вывод и лег в основу новой оргструктуры ВВС на военное время, предусматривавшей передачу части дивизий фронтовой авиации общевойсковым армиям для тактического взаимодействия с войсками. Для этих целей предназначались смешанные авиационные дивизии. Причем каждой армии, действовавшей на главном направлении, намечалось выделять 2 - 3 авиадивизии, а на второстепенном - по одной дивизии. Остальные силы оставались в распоряжении командующего ВВС фронта, составляя так называемую фронтовую группу авиации. Выделение большой части авиации ВВС фронта в распоряжение общевойсковых армий вело к распылению ее ограниченных сил и в конечном счете к снижению ее боевой мощи. Это наглядно подтвердил опыт летне-осенней и зимней кампании 1941 - 1942 годов.
Главное управление ВВС Красной Армии накануне войны занималось формированием частей и соединений для ВВС военных округов и армий, готовило кадры, обеспечивало перелеты, вело подготовку аэродромной сети, обобщало полученный боевой опыт и доводило его до частей и соединений ВВС.
Для лучшего руководства боевыми действиями авиации 29 июня 1941 года учреждается должность командующего ВВС Красной Армии. При нем создается штаб и Военный совет. С этого времени Ставка ВГК осуществляла управление авиацией через командующего и штаб ВВС Красной Армии, Она сосредоточивала главные силы авиации на важнейших стратегических направлениях, определяла задачи и характер применения ВВС, занималась организацией взаимодействия авиации с другими видами Вооруженных Сил.
Боевыми действиями фронтовой и армейской авиации руководили командующие фронтами и армиями через соответствующих командующих ВВС фронтов и армий.
Боевой опыт первых месяцев войны показал, что организационная структура авиационных соединений и частей оказалась громоздкой и не обеспечивала оперативное ими управление. Авиационные полки, имевшие 60 и более самолетов, как правило, располагались на двух-трех аэродромах, значительно удаленных друг от друга.
Для улучшения управления и повышения маневренности авиаполки в начале августа 1941 года постановлением Государственного Комитета Обороны были переведены на новые штаты. Полки стали состоять из трех эскадрилий и иметь в своем составе по 32 самолета. В целях более тесного взаимодействия бомбардировщиков и штурмовиков с истребителями, а также для надежного прикрытия их на аэродромах базирования во вновь формируемые полки стали включать по две эскадрильи бомбардировщиков или штурмовиков и по одной эскадрилье истребителей.
В конце августа 1941 года во всех родах авиации штаты авиаполков были вновь изменены. Авиационные полки стали состоять из двух эскадрилий и иметь в своем составе по 20 самолетов. Это объяснялось прежде всего нехваткой самолетов, возникшей из-за больших потерь и неспособностью авиапромышленности удовлетворить нужды фронта. Малое количество боевых машин в авиационном полку, безусловно, ограничивало его возможности, но иного выхода в тот период не было.
По этой же причине изменился и состав авиационных дивизий. Они стали двухполковыми. В январе 1942 года дивизионное звено управления было вообще ликвидировано. Управления дивизий армейского и фронтового подчинения расформировывались, а полки подчинялись непосредственно командующим ВВС фронтов и армий, что привело к еще большему распылению авиации.
В 1942 году советская авиапромышленность приступила к крупносерийному выпуску современных истребителей, штурмовиков и фронтовых бомбардировщиков. Накопленный боевой опыт по управлению авиацией и возросшие возможности авиапромышленности позволили ликвидировать организационную раздробленность авиации и приступить к созданию авиационных объединений и соединений. По решению Государственного Комитета Обороны в мае - июле 1942 года на базе армейской и фронтовой авиации начали создаваться воздушные армии. В начале 1942 года, как отмечалось в докладе главнокомандующего ВВС маршала авиации товарища Ефимова Александра Николевича, было сформировано семнадцать воздушных армий фронтовой авиации.