Зачастую Булгаков подчеркнуто дистанцируется от евангельских реалий, вводя их в роман и тут же опровергая как недостоверные (например, в сцене допроса). Пилат, по сути, пересказывает евангельскую версию въезда Иисуса в Иерусалим на осле под приветственные крики толпы, однако Иешуа ничего, кроме недоумения, не испытывает и противопоставляет рассказу то, «как это было на самом деле».
Расхождения с евангельскими текстами оказались в МиМ настолько существенными, что позволили некоторым религиозно настроенным критикам (Ардов 1992, Панин 1992, Икрамов 1993, Кацис 1994 и др.) объявить роман произведением кощунственным, антихристианским, богоборческим, чем он, разумеется, никогда не был. Подобным утверждениям противоречит хотя бы мысль Булгакова о прощении как необходимом завершении создания мастера.
Пренебрегая евангельскими сценами с участием толп народа, общеизвестным представлением о необыкновенной известности Христа и общей скорби по нему учеников и последователей, Булгаков идет по пути выстраивания образа Иешуа Га-Ноцри как обычного человека. Только в конце романа, в момент встречи Воланда с Левием Матвеем, выясняется, что Иешуа всемогущ и место его обитания — свет, что соответствует православному канону (молитвы называются «светличными молитвами <…> потому, что в них священник славословит Господа, живущего во свете неприступном» — Христианство 1995/П: 519).
Следы работы по превращению Сына Божьего, предопределением всемогущего Отца посланного искупить грехи человечества и дать ему вечную жизнь, в просто человека, хотя и наделенного странными чертами и способностями, усматриваются во всех редакциях романа.
Иешуа в романе лишен как дара провидения, так и знания о будущей казни, хотя первоначально все было иначе: он понимал особое значение дня своей встречи с Понтием Пилатом и значительно откровеннее было выражено его участие в исцелении «ужасной болезни» прокуратора — гемикрании. У Пилата, по мысли Иешуа, в этот день не должно было оставаться даже малейшего оправдания, ссылки на болезнь, затмения в мозгу и т. п. Головная боль его проходила потому, что, как говорил Иешуа, «тебе с мигренью сегодня нельзя быть» (562-6-2-35). С небольшими вариациями та же мысль повторялась в третьей редакции: «…день сегодня такой, что находиться в состоянии безумия тебе никак нельзя, и твоя голова сейчас пройдет». Судьба Пилата, впрочем, известна Иешуа заранее, и он пытается предотвратить его крах: «Я <…> с удовольствием бы ушел с этого балкона <…> так как пребывание на нем принесет тебе, по моему разумению, несчастия впоследствии» (Булгаков 1992:115).
В обеих этих редакциях Иешуа осознает свою значимость в истории и, пусть это звучит для собеседника загадочно, сообщает ему о будущих событиях: «…думаю, что тысячу девятьсот лет пройдет, прежде чем выяснится то, насколько они наврали, записывая за мной» (562-6-2-35). В третьей редакции он относит эпоху ревизии всего написанного о нем еще далее: «Я полагаю, что две тысячи лет пройдет ранее… — он подумал еще, — да, именно две тысячи, пока люди разберутся в том, насколько напутали, записывая за мной» (Булгаков 1992:113).
В первой редакции он значительно точнее, чем в окончательном тексте, знает будущую судьбу Иуды: «Это ужасно, прямо ужас… какую беду себе наделал Искариот. Он очень милый мальчик… А женщина… А вечером!..» (562-6-2-41 об.).
Точно таким же образом, как открытую книгу, он читает и прошлое — в первой редакции он знает, что несчастье случилось с Марком Крысобоем в битве при Идиставизо, но на расспросы изумленного Пилата отвечает, что Марка «нигде не встречал» (562-6-2-36 об.).
По мере развития образа Иешуа Булгаков оставляет ему все меньше явных черт, доказывающих его сверхъестественную сущность. Они заменяются лишь косвенными свидетельствами, причем суть их размыта сходством с тем, что вполне могло происходить в реальности, то есть любое из этих свидетельств имеет двойственную природу. Так, появление в колоннаде ласточки может восприниматься как вполне бытовая реалия, если не знать, что в христианстве эта птица — одно из воплощений Иисуса Христа.
Несколько замечаний о том, что Иешуа постоянно оказывается в солнечном свете, хотя и «сторонится от солнца» (5, 26), а в переломный момент, когда Пилат, уже готовый продиктовать секретарю спасительное для арестанта решение, подняв глаза, видит, «что возле того столбом загорелась пыль» (5, 30), вполне естественны при рассказе о жарком дне. В то же время они, без сомнения, напоминают об отождествлении Христа с Солнцем.