Среди многочисленных подтекстов романа следует отметить апокрифические Евангелия, «Фауста» Гете и собственные произведения писателя (как ранние, например, фельетоны, так и писавшиеся параллельно с МиМ). Отсылки к ним то и дело встречаются на страницах романа. В качестве подтекста исследователи выделяли также пушкинский и грибоедовский пласты (Б. Гаспаров), произведения Э.Т.А. Гофмана, В. Жуковского, С. Чевкина (М. Чудакова) и многих других.
Известно, что из-за быстро прогрессировавшей болезни Булгаков не довел до конца правку романа. Названа дата последней работы писателя над текстом — февраль 1940 г. Многослойная правка (и та, что вносилась рукой автора в машинописную редакцию 1938 г., и та, что записана под его диктовку во время болезни) была известна только Е.С. Булгаковой. Только она в своей редакторской работе располагала всеми материалами. К моменту выхода в свет издания 1973 г. в распоряжении редактора не было одной из двух тетрадей с предсмертной правкой. Мнение исследователей о том, что роман закончен, но не завершен, по всей видимости, учитывает авторское ощущение, выразившееся в том, что в 1937 г. очередная редакция заканчивалась словом «Конец», а в октябре 1939 г. тетрадь, в которую Е.С. Булгакова вносит поправки, продиктованные умирающим писателем, получает название «Окончательный текст».
Следы незавершенности заметны во множестве мелких противоречивых деталей. Так, в главе 2-й есть два указания на время происходящих событий — полдень и десять часов утра. Левый и правый глаза Воланда в начале романа и в сцене перед балом описаны противоположным образом: сначала правый глаз черный, левый — зеленый; перед балом правый — «с золотой искрой», левый — «пустой и черный». Родной город Иешуа указан в сцене допроса как Гамала, а в главе 26-й — как Эн-Сарид. Наиболее заметна двойственность в изображении смерти мастера и Маргариты: реалистическая мотивировка смерти героини в ее особняке от сердечного приступа и мастера в клинике соседствует с указанием на их похищение шайкой Воланда (эпилог). К подобного рода неточностям относятся и иные разночтения: бритый мастер в главе «Явление героя» и мастер, «обросший бородой», в главе 24-й; головной убор Иешуа — повязка с ремешком на лбу в сцене допроса и чалма в описании казни; Могарыч вылетает из окна квартиры 50, тогда как Аннушка видит его вылетающим в окно подъезда дома 302-бис, и др.
Это привело к возникновению двух исследовательских концепций: одна исходила из того, что в незавершенности романа скрыт художественный прием (Б. Гаспаров), в соответствии с другой, Булгаков так и не решил (недодумал) для себя некоторые принципиальные вопросы (Л. Яновская). В любом случае, несмотря на имеющиеся противоречия, текст МиМ воспринимается как цельный и воплотивший авторский замысел.
Проследив ход работы над романом по редакциям, можно сделать вывод и о степени продуманности отказов от тех или иных сюжетных линий и мотивов, воплощенных в ранних вариантах. Показателен, например, отход от изображения недостойных духовных пастырей, который должен был свидетельствовать об авторской оценке института церкви. Булгаков, чье отношение к религии до сих пор не прояснено до конца, скорее всего отказался от этих эпизодов, не желая уподобляться многочисленным гонителям религии и церкви в Советском Союзе. С этим сопоставимо и его поведение по отношению к впавшим в немилость чиновникам от литературы, входившим в составленные писателем списки его личных врагов: несмотря на приглашения, Булгаков ни разу не принял участия в собраниях-«чистках» Союза писателей.
Серьезная правка, предпринимавшаяся автором при каждом новом обращении к роману, не позволяет считать текст МиМ, опубликованный в наиболее авторитетном на сегодняшний день издании — собрании сочинений М. Булгакова в пяти томах, — окончательным.
Несовпадение в разных редакциях МиМ финалов судьбы мастера свидетельствует о важности этого решения для Булгакова и тесно связано со сценой прощения Пилата. Всякий раз речь идет о награждении мастера, но смысл награды слабо прояснен в окончательном тексте и еще более затуманен в ранних вариантах. Вначале присутствовал мотив некоторой иерархичности возможных наград и явственно вычитывалась недостаточность награды мастера: «Ты никогда не поднимешься выше, Ешуа не увидишь. Ты не покинешь свой приют» (562-7-3-4). В 3-й редакции мастер представлен как пассивный герой, увлекаемый в небытие Воландом: «Я получил распоряжение относительно вас. Преблагоприятное. Вообще могу вас поздравить — вы имели успех. Так вот мне было велено…» (562-7-1-45). Здесь формулу прощения Пилата произносил «на неизвестном языке» Воланд, подытоживая затем смысл сцены словами: «Прощен, прощен!»