2 июня 1648 года огромная толпа недовольных собралась на Красной площади, а затем двинулась в Кремль. Это было первое восстание русского народа против высокопоставленных мздоимцев, или, выражаясь современным языком, против «коррупции» и «коррупционеров».
Собравшись вокруг царского дворца, горожане шумно требовали «выдать головой» главных виновников своего разорения – боярина Морозова, окольничего Петра Траханиотова и Леонтия Плещеева. Морозов вышел на Царское крыльцо и от имени Царя пытался пристыдить собравшихся, но встретил такой шквал негодования и ненависти, что должен был быстро ретироваться; его еле успели уберечь от самосуда охранявшие дворец стрельцы.
Двор боярина Морозова в Кремле был разгромлен. При этом никто из погромщиков не позарился на богатство боярина. «То наша кровь», – кричали москвичи и бросали боярское добро в огонь. Восставшие не застали самого Морозова в его великолепном дворце, хозяин скрылся в царских палатах в Коломенском, но обнаружили там его молодую жену. По словам Олеария, они якобы заявили насмерть перепуганной боярыне: «Не будь ты сестра Великой княгини (т. е. Царицы. – А.Б.), мы бы изрубили тебя на мелкие куски».
Вслед за этим восставшие разорили двор думного дьяка Назария Чистого, возглавлявшего Посольский приказ. Сам хозяин был убит ударом дубины, а тело его брошено в выгребную яму. Плещеев был приговорён по царскому указу к казни, но народ забил его насмерть, как только того вывели на площадь. Траханиотов при начале беспорядков захотел скрыться из Москвы, но его настигли по царскому указу в двенадцати верстах от столицы, вернули обратно, и толпа растерзала его на Красной площади.
Московские стрельцы, кроме наиболее приближенного к Царю Стремянного полка, отказались подчиняться власти. Разгрому подверглись дворы Траханиотова, Плещеева, а также князей Н.И. Одоевского, А.М. Львова, дьяка Г. Ларионова, купца В. Шорина; считается, что около семидесяти дворов 2–4 июня 1648 года было уничтожено в Москве.
В довершение всех бед в этот же день в Москве вспыхнул сильный пожар, в результате которого выгорели улицы Петровка, Дмитровка, Тверская, Никитская, Арбат, Чертолье. Положение в городе сложилось катастрофическое.
Царь, по требованию бушующей многотысячной толпы, вынужден был удалить своего любимца; Морозов был выслан в Кирилло-Белозерский монастырь, где он пробыл несколько недель. Ссылка не изменила дружеского отношения Алексея Михайловича к Морозову, которого он вскоре возвратил в Москву. Однако Морозов не занимал больше официального положения во внутреннем управлении потому, что Царь хотел выполнить данное народу обещание. Несмотря на это, Морозов всё время находился при Царе, во время военных походов он неизменно получал высшее военное назначение.
Избежал расправы и царский тесть Илья Данилович Милославский, скрывшийся в царских хоромах, который хоть и сохранил свой общественный статус, но к делам управления допускаем не был. Алексей Михайлович вообще был невысокого мнения о своём родственнике и довольно пренебрежительно всегда называл его просто Ильей; так, по имени, обращались обычно к дворне.
События июня 1648 года оставили неизгладимый след в памяти Царя и в памяти народной. Это – первое за много лет городское восстание в Москве, перевернувшее обычный ход вещей, утвердившийся ещё при Царе Михаиле Фёдоровиче. Даже Патриарх (1642–1652) Иосиф, потрясенный народной стихией, как бы потерял дар речи и не попытался утихомирить разбушевавшиеся толпы. Лишь одна фигура не подвергалась в тот момент шельмованию в среде народной – Царь Православный.
Для Алексея Михайловича те события стали тяжелым испытанием и горьким уроком. Ему пришлось в свои девятнадцать лет в один миг повзрослеть, стать самостоятельным. Стало совершенно и навсегда ясно: за все дела и за всех людей ответственность несёт он, Самодержец, Царь всея Руси. Все последующие годы царствования Алексея Михайловича на вершине властной пирамиды уже никогда не появлялись самовластные временщики.
Душевной отрадой Царя Алексея всегда являлась семья. Он, как истинно православный человек, воспринимал свой счастливый семейный союз с Марией Милославской как Божье предопределение. Тринадцать детей принесло это супружество, длившееся более двадцати лет (1648–1669). Появление каждого ребёнка воспринималась как милость Всевышнего, который по неизъяснимому Своему Промыслу не единожды забирал к Себе юных царскородных отпрысков. Почти никто из детей от первого брака – восемь девочек и пять мальчиков – не дожил до «седых волос».