Самодержцу Алексею Михайловичу пришлось уступить — выдать людей Морозова на казнь. Но он проявил характер: «отмолил» своего «дядьку» от расправы, отправил отсидеться в монастырь, а когда опасность миновала, вернул ко двору. Урок пошёл на пользу: был созван Земский собор и через несколько месяцев Россия получила Соборное уложение, состоящее из 967 статей, объединённых в 25 глав.
Уложение впервые выделило в особую главу вопросы уголовно-правовой защиты государя и его «чести», причём даже умысел на «государское здоровье» карался смертной казнью; то же наказание грозило участникам любого выступления «скопом и заговором» против бояр, воевод и приказных людей, то есть всех представителей власти.
Создание, согласно Уложению, Монастырского приказа означало наступление на права Церкви: его чиновники судили духовенство и подчинённых ему светских лиц, взыскивали подати с церковных вотчин.
Уложение стало важнейшим этапом утверждения в стране крепостного права. Закон вводил бессрочный сыск беглых крестьян «и их братью, и детей, и племянников, и внучат з жёнами и з детьми и со всеми животы». Вводился также штраф за укрывательство (десять рублей за каждого беглого). Правда, крестьяне ещё не лишились личных прав: по Уложению они могли владеть и распоряжаться имуществом, быть истцами и ответчиками в суде, наниматься на работу к другим лицам. Уложение устанавливало рублёвый штраф за «бесчестье» как черносошного, так и «боярского» крестьянина. Хотя обидчики крестьян платили в 50 раз меньше, чем хулители бояр, всё же закон официально признавал «честь» крепостного... Но эти права подвергались всё большим ограничениям. По Соборному уложению долги помещика могли быть взысканы с его крестьян.
При царе Алексее сложилась государственная система сыска: теперь помещик уже не сам «гонял за людишками», а обращался к специалистам, которые во главе стрелецких отрядов разыскивали и возвращали беглых. Именно в это время дворяне начали свободно продавать и покупать крестьян.
Священство и царство
Новым наперсником царя стал столь же властный и решительный, как Морозов, патриарх Никон — в миру Никита Минов (1605—1681). Выходец из семьи мордовского крестьянина обучался книжной премудрости в Макарьевом Желтоводском монастыре, в 20 лет стал священником, в 30 постригся в монахи в отличавшемся строгим уставом Анзерском скиту на Белом море. Не поладив с его начальником старцем Елеазаром, он уплыл из обители на лодке и едва не погиб — буря выбросила его на берег Кийского острова в Онежской губе. Через несколько лет суровый отшельник стал игуменом небольшого Кожеозерского монастыря. В 1646 году он появился в Москве, произвёл впечатление на юного царя и стал по его рекомендации настоятелем столичного Новоспасского монастыря (там находилась родовая усыпальница Романовых), а затем новгородским митрополитом.
Энергичный Никон своей стойкостью во время народного возмущения в Новгороде в 1650 году, когда он силой пастырского слова «смирял» недовольных новгородцев, заслужил признательность государя. «Великому господину и богомольцу нашему, преосвященному и пресветлому митрополиту Никону новгородцкому и великолутцкому, собинному нашему другу душевному и телесному. Спрашиваем о твоём святительском спасении, как тобя, света душевного нашего, Бог сохраняет, а про нас изволишь ведать, и мы по милости Божии и по вашему святительскому благословению как есть истинный царь христианский наричюся, а по своим злым мерским делам не достоин и во псы, не токмо в цари», — обращался Алексей Михайлович в мае 1652 года к новому наставнику, извещая его о кончине патриарха Иосифа и приглашая в Москву.
Царь звал Никона не просто как близкого человека — он решил сделать того патриархом. В стране уже появилось движение «ревнителей благочестия». Вспоминая страшные потрясения Смуты, подвижники из провинциального и московского духовенства опасались за судьбу России — единственного православного царства. Но спасение они видели не в удалении от мира, а в борьбе с любыми «неисправлениями» церковной жизни и поведения паствы. Возглавляли этот кружок царский духовник протопоп Стефан Вонифатьев и его друзья, искренние и талантливые проповедники: священники Иван Неронов из Казанского собора в Москве, Аввакум из Юрьевца, Даниил из Костромы, Логин из Мурома. В их числе был и близкий друг царя окольничий Фёдор Михайлович Ртищев. Туда вошёл и Никон — молодой, но уже опытный инок и властный организатор. Вместе с новым другом Алексей Михайлович участвовал в «открытии» мощей святого Саввы Сторожевского и в перенесении в Москву мощей другого святого — бывшего митрополита Филиппа Колычёва, свергнутого и убитого по приказу Ивана Грозного. В 1652 году молодой государь сам написал «повинную» грамоту, в которой просил у святителя прощения за «согрешения прадеда нашего».
В том же году Никон стал патриархом. Его царственный друг не допустил выборов по жребию — новгородский митрополит был избран церковным собором по ясно выраженной царской воле. Но на «государев зов» Никон ответил: «Если вам угодно, чтобы я был у вас патриархом, дайте мне ваше слово и произнесите обет в этой соборной церкви... что вы будете содержать евангельские догматы и соблюдать правила святых апостолов и святых отец и законы благочестивых царей. Если обещаете слушаться и меня как главного архипастыря и отца во всём, что буду возвещать вам о догматах Божиих и о правилах, в таком случае я по вашему желанию и прошению не стану более отрекаться от великого архиерейства», — согласившись принять сан только после того, как государь, архиереи и царская свита пали на землю и обещали исполнить его условия, в чём Алексей Михайлович поклялся перед чудотворными иконами и мощами.
Новый патриарх импонировал молодому царю не только энергией и решимостью. Возглавив оправившуюся от Смуты страну, Алексей Михайлович и Никон мечтали о создании единого православного царства, где царило бы истинное благочестие; но для этого надо было устранить вопиющие недостатки в жизни подданных и унифицировать церковное «благочиние» — именно в это время решался вопрос о присоединении Украины, шли переговоры о том же с молдавским господарем.
Никон показал себя энергичным политиком и «крепким хозяйственником», а положение «собинного» друга молодого царя давало ему огромное влияние на государственные дела. С 1652 года его, как и Филарета, стали называть «великим государем». С патриаршего благословения царь начал войну с
Польшей и отправился в победоносный поход на Смоленск. Никон централизовал управление церковью, при этом стремясь сохранить её автономию. В предисловии к изданному в 1655 году служебнику он прославлял «премудрую двоицу: великого государя царя Алексея Михайловича и великого государя святейшего Никона патриарха, которые праведно преданные им грады украшают и суд праведный творят». Архипастырь основал новые монастыри, самым знаменитым из которых стал Воскресенский Новоиерусалимский под Москвой, «русская Палестина», копирующая христианские сооружения Святой земли. Патриарх был человеком просвещённым и книжным, оставил после себя большое литературное наследие.
Созванные по инициативе Никона церковные соборы 1654, 1655 и 1656 годов постановили устранить различия в богослужебных книгах и обрядах между русской и константинопольской Церквями, в том числе заменить двуперстие на троеперстие при совершении крестного знамения, восьмиконечный крест на четырёхконечный; в текстах служб вместо «Исус» стали писать «Иисус» и т. д.