К моменту смерти Алексея Михайловича старшему из его сыновей, Фёдору, было всего 14 лет. Царевич с детства отличался слабым здоровьем — «скорбел ножками», которые часто опухали. Ко времени вступления на престол он получил обычное «кремлёвское» образование — выучился читать (по азбуке, часослову и Псалтыри), писать и считать. Поздние свидетельства говорят, что Фёдор «изрядные вирши складывал», но если это и соответствует действительности, его литературные опыты до нас не дошли. Во всяком случае, Фёдор был более образованным, чем его отец и дед. В его библиотеке имелись латинские и «немецкие» книги; в связи с проектом избрания царевича на трон Речи Посполитой в 1674 году его даже пытались учить латыни, но, видимо, недолго, так что едва ли он хорошо владел ею.
«Это был молодой государь, довольно красивый, но, по болезни, с лица немного жёлтый и одутловатый. Он сидел на троне отца, покрытом также чёрным. Сам его величество был одет в чёрную дамастовую одежду, подбитую соболями; на голове его была чёрная суконная шапка, подбитая соболями, а в руке чёрного дерева костыль, на который он часто опирался, так как был очень слаб» — таким увидели юного повелителя огромной страны нидерландский посланник Кунраад фан Кленк со свитой на аудиенции 24 апреля 1676 года.
В июне того же года «благоверный и благородный и Богом преукрашенный, святыя православныя и непорочныя христи-анския благочестивыя веры крепкий поборник, великий государь, царь и великий князь Феодор Алексеевич, всея Великия и Малыя и Белыя России самодержец, и многих государств и земель восточных и западных и северных отчич и дедич, и наследник, и государь, и обладатель, изволил венчатися царским венцем и диадимою, еже есть святыми бармами, по древнему своему царскому чину, и восприяти в руку свою прародителей своих, прежних великих государей, царей и великих князей Российских, и отца своего государева, блаженныя памяти ве-ликаго государя, царя и великаго князя Алексея Михайловича, всея Великия и Малыя и Белыя России самодержца, скипетр и царский чин и яблоко самодержавное держати во смотрение и во одержание, на великом и превысочайшем, пресветлом и прекрасном, дражайшем царском степени Московская) царствия». После миропомазания Фёдор первым из российских государей был введён через Царские врата в алтарь и приобщён Святых Таин по священническому чину.
Торжественная церемония, призванная возвысить власть утвердившейся династии, не могла скрыть от искушённых придворных зрителей болезненной слабости третьего из Романовых на российском престоле. Сохранилось не слишком достоверное польское известие о том, что боярин Артамон Матвеев сделал попытку подговорить стрельцов в обход старших братьев сделать царём маленького Петра Алексеевича, поскольку «Фёдор лежит больной, так что мало надежды на его жизнь». Но бояре во главе с влиятельным князем Юрием Алексеевичем Долгоруковым при поддержке патриарха Иоакима посадили на престол Фёдора. Возможно, это сообщение отражает лишь ходившие в кругу московских иноземцев толки; но датский резидент Магнус Гэ уже в феврале 1676 года сообщил в Копенгаген, что новый царь долго не проживёт и его двор «разделился на несколько партий».
Действительно, за спиной юного государя началась борьба придворных группировок — Милославских и Нарышкиных. Скоро Матвеев был отправлен в ссылку в Пустозёрск, а брат вдовы Алексея Михайловича Иван Нарышкин по доносу лекаря обвинён в подстрекательстве своего слуги к убийству царя из пищали. Крёстной матерью Фёдора была его старшая сестра, несостоявшаяся супруга датского принца Ирина Михайловна, ставшая теперь убеждённой последовательницей старой веры. Она и её сторонники склоняли государя к возвращению дониконовского обряда — готовился его «поход» к мощам святой Анны Кашинской (в гробу пальцы её правой руки были сложены в двоеперстие). Однако сопротивление патриарха не позволило придворным староверам осуществить этот замысел. Вместе с Иоакимом действовали «ближние люди» нового царя — постельничий Иван Языков; учитель Фёдора Симеон Полоцкий, окольничий Алексей Лихачёв и его брат думный дворянин Михаил Лихачёв. В итоге юный царь сделал свой первый серьёзный выбор — поддержал церковную реформу и отказался вернуть «старую веру».
Фёдор интересовался польскими «конституциями» (постановлениями сейма Речи Посполитой); в его покоях висели портреты польского и французского королей. Монах и придворный историк царевны Софьи Сильвестр Медведев писал, что советники царя вводили «всякие новые дела в государстве... иноземским обычаям подражающе». Одним из таких советников оказался польский шляхтич Павел Негребецкий, которому молодой государь поручил разработать проект учреждения в России академии и составить первую гербовную книгу русской знати. Ещё одного придворного, стольника С. Ф. Николева (сына француза-протестанта полковника Никола де Манора), Фёдор уполномочил ведать «церковное и дворовое, и хоромное, и садовое строение на Москве». В сентябре 1679 года молодой царь впервые показался на людях в польской одежде — нижнем кафтане с узкими рукавами и верхнем с широкими; окружавшая его свита щеголяла в модных в Польше «турских» (турецких) кафтанах с серебряными нашивками. В 1680 году царь своим указом повелел носить при дворе вместо старых московских охабней и однорядок более практичное «служилое платье ферезеи и кафтаны долгополые», но в то же время запретил надевать короткое иноземное платье. Но эти новшества в целом не выходили за рамки дворца и круга придворной знати.
Фёдору было трудно крепко держать бразды правления. Документы рассказывают о том, как государь ездил на богомолья, но его участие в повседневном управлении оставило мало следов в источниках. Больной цингой Фёдор неделями не выходил из палат; от его имени страной правили несколько влиятельных бояр: князь Ю. А. Долгоруков, Б. М. Хитрово, князь Н. И. Одоевский и др. «Старые бояре» запретили театральные представления при дворе, пытались даже отменить крайне необходимое стране почтовое сообщение и выслать из России всех иностранных резидентов. В декабре 1677 года были ликвидированы Монастырский и Челобитный приказы, которые помогали государю контролировать Церковь и держать под надзором систему управления. И. М. Милославский в 1680 году объединил было под своей властью четыре финансовых приказа, но через полгода управление двумя из них было отобрано у боярина.
По словам датского резидента, разногласия в царском окружении касались и внешней политики. Датчане были заинтересованы в союзе с Москвой для борьбы против Швеции, и в 1677 году кое-кто из окружения царя склонял его к войне с северным соседом за возвращение выхода к Балтике. Но «старые бояре» их не поддержали, тем более что на Украине шла первая в нашей истории Русско-турецкая война. Московские войска и полки гетмана Ивана Самойловича нанесли турецко-татарской армии поражение под Чигирином, но в следующем году гарнизон был вынужден покинуть крепость. Московские вооружённые силы находились ещё в процессе перестройки: среди частей, участвовавших в боях под Чигирином, регулярными являлись лишь два солдатских полка; рейтарские полки не успели получить оружия и, по словам современника, «от рейтар и городовых дворян только крик был». Воеводы же придерживались пассивной тактики, ожидая, что противник из-за тяжести осады крепости уйдёт восвояси.
Когда в 1679 году в Москву прибыли польские дипломаты, голландский резидент сообщал: «...его царское величество объявил своим министрам, что этот посол привезёт окончательное решение короля и Польской республики не только порвать с турками и татарами, но и присоединить свои силы к отдельным войскам его царского величества». Однако поляки предложили отправить русские полки для защиты границ Речи Посполитой да к тому же просили денег на содержание польско-литовских войск. Такие условия Москву не устроили, и русско-польский союз так и не состоялся. Военные действия на Украине завершились заключением Бахчисарайского мирного договора (1681), по которому крымский хан признал за Россией право на Киев и Левобережье.
Военные расходы потребовали увеличения налогового бремени. В августе 1677 года государство отменило все церковные «тарханы» — освобождения вотчин духовных землевладельцев от налогов. Затем последовал сбор с духовенства «запросных денег» на жалованье ратным людям. Архиереи и монастырское начальство бросились в ноги боярам-«милостивцам», тесно связанным со своими родовыми обителями. Стоило руководившему финансовыми делами И. М. Милославскому заболеть, как его преемник Р. М. Стрешнев решил переложить тяжесть дополнительных налогов на всё податное население — брать «десятую деньгу» с горожан, а с сельского населения — по полтине с двора. С 1679 года началось восстановление налоговых привилегий монастырей.