В 1689 году Шакловитый начал агитировать стрелецких командиров подать челобитную о венчании правительницы на царство. Предложение не получило поддержки, и царевна «того дела делать не указала». В том же году в России и за границей стал распространяться коронационный портрет Софьи — в царском облачении и со скипетром, а в Москве Шакловитый вновь собирал стрельцов, чтобы организовать её «выборы» на царство по образцу 1682 года.
На этих совещаниях, если верить показаниям стрельцов на следствии, зашла речь о том, чтобы «уходить медведицу, царицу Наталью» и самого Петра: «Чего и ему спускать? За чем стало?» Были предложения подложить царю в сани гранату или зарезать его во время пожара. Возражений, судя по материалам следствия, вроде бы не последовало, как, впрочем, и каких-либо решительных действий. По-видимому, стрельцы не доверяли царевне и не желали уничтожать сторонников Петра без официального приказа. Отдать же его Софья так и не решилась, тем более что в рядах её приверженцев не было единства — например, Сильвестр Медведев выступал против покушения на вождей конкурирующей «партии» Б. А. Голицына и Л. К. Нарышкина.
После провала второго Крымского похода летом 1689 года противоречия между придворными «партиями» достигли апогея. Развязка наступила в ночь с 7 на 8 августа, когда в Преоб-раженское приехали два стрельца, уведомивших Петра о сборе по тревоге ратных людей в Кремле и на Лубянке «неведомо для чего». Испуганный царь с немногими людьми немедленно ускакал из своей резиденции и укрылся в укреплённом Трои-це-Сергиевом монастыре. Софья же как будто не знала, что предпринять. В эти дни она часто молилась, ходила в окружении стрельцов в Донской и Новодевичий монастыри. Она послала к Петру бояр и патриарха, убеждала брата вернуться, но он отказался. Иоаким остался в Троице, на сторону семнадцатилетнего царя переходили члены государева двора, солдатские и стрелецкие полки, служилые иноземцы.
Софья, наконец, решила сама пойти к брату. Но в селе Воздвиженском посланцы Петра заявили, что если она осмелится двигаться дальше, то с ней «нечестно поступлено» будет. Потерпев неудачу, царевна вернулась в Москву. Она ещё пыталась уговаривать стрельцов, заставляла их целовать крест на верность ей... Но исход придворного конфликта решили стрелецкие командиры, 30 августа явившиеся в Троицу: правительство Софьи потеряло военную опору. Члены Боярской думы потянулись на поклон к Петру I. Сами же стрельцы потребовали выдать на расправу их начальника Шакловитого, а когда гордая царевна отказалась, стали грозить ей мятежом.
В итоге Софья капитулировала. Шакловитый и его «сообщники» были отданы под следствие и 12 сентября казнены. Голицын в решающий момент не смог или не захотел бороться за власть — уехал в свою подмосковную деревню. Затем он тоже явился к Троице, выслушал смертный приговор от имени молодого Петра, а потом и известие о царской милости — ссылке в северный Каргополь. Софья ещё успела послать гонца с письмом и деньгами — последним подарком дорогому Васеньке.
Участь самой царевны также была решена. Младший царь писал брату, что их сестра «государством... учела владеть своею волею», а не по закону и её правление принесло как ущерб обоим государям, так и «народу тягость». Коротко сообщив о злодейских умыслах Шакловитого с сообщниками, в которых те «по розыску и с пытки винились», Пётр изложил главное: «А теперь, государь братец, настоит время нашим обоим особам Богом вручённое нам царствие править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей ц[аревне] С[офье] А[лексеевне], с нашими двемя мужескими особоми в титлах и в росправе дел быти не изволяем... Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас!» Иван не возражал — да и едва ли имел возможность поступить иначе. 7 сентября был издан указ об исключении имени царевны из титулатуры; она официально перестала быть правительницей и «переехала» из Кремля в Новодевичий монастырь.
Сам Пётр искренне верил в то, что его жизни угрожала опасность; он сообщал брату, как Шакловитый и его друзья «умышляли с иными ворами об убивстве над нашим и матери нашей здоровьем и в том по розыску и с пытки винились». Сподвижники Петра Б. И. Куракин и А. А. Матвеев также приводили в своих записках версию о заговоре: «Царевна София Алексеевна, собрав той ночи полки стрелецкие некоторые в Кремль, с которыми хотела послать Щегловитого в Преображенское, дабы оное шато зажечь и царя Петра Алексеевича I и мать его убить, и весь двор побить и себя деклеровать на царство». В дальнейшем такая оценка событий стала общепринятой.
Но еще в XIX веке некоторые исследователи высказывали сомнения в существовании заговора. Сохранившееся с некоторыми утратами следственное дело Шакловитого позволяет говорить об отсутствии организованных действий сторонников Софьи. Все попытки поднять стрельцов на активные шаги в защиту правительницы успеха не принесли. Царевна не дала на них санкций, а её окружение само боялось нападения со стороны Преображенского — не случайно 25 июля, в день празднования именин царской тётки Анны Михайловны, Шакловитый поставил в Кремле усиленные караулы по случаю приезда Петра.
Седьмого августа в распоряжении Софьи вообще не было собранных войск, и её действия выглядят скорее как ответная мера. Вечером того же дня в Кремле было найдено подмётное письмо, «а в том письме написано, что потешные конюхи, со-брався в селе Преображенском, хотели приходить августа против 7 числа на их государский дом в ночи и их, государей, побить всех». Шакловитый отправил на разведку в Преобра-женское трёх стрельцов — они-то и поспешили к Петру с доносом. Срочно поднятые в Кремле и на Лубянке стрельцы не имели конкретного плана выступления, что подтвердили и сами доносчики, не приведшие никаких доказательств угрозы жизни царя.
На первом допросе Дмитрий Мельнов и Яков Ладыгин выдали пославших их товарищей и единомышленников во главе с пятисотенным Стремянного полка Ларионом Елизарьевым — доверенным лицом Шакловитого, а те, прибыв к Троице через два дня, подали подробные изветы о планах убийства «ближних людей» царя Б. А. Голицына и Нарышкиных и предполагаемом смещении патриарха.
Показания Л. Елизарьева, И. Ульфова, Д. Мельнова, Я. Ладыгина, Ф. Турки, М. Феоктистова и И. Троицкого стали основанием для розыска, через месяц приведшего Шакловитого и его приближённых на плаху. Именно эта семёрка получила не только огромную награду — по тысяче рублей, но и право «быть в иных чинех, в каких они похотят».
Спустя несколько лет, осенью 1697 года, стрелец находившегося в только что завоеванном Азове Стремянного полка Мишка Сырохватов, объявив «государево дело», рассказал воеводе, что именно Ларион Елизарьев и его друзья были в 1689 году самыми активными сторонниками Шакловитого: раздавали от его имени деньги и руководили сходками. По словам Сырохватова и представленных им свидетелей, Елизарьев и Феоктистов собирали в памятную августовскую ночь стрельцов у съезжей избы, посылали трёх человек в Преображенское «для проведывания про великого государя» и, получив известие об отъезде Петра, «отправились в троицкой поход». Однако доносчик не дождался награды — по указаниям из Москвы он был «бит кнутом на козле нещадно» и оставлен на вечное житьё в Азове, а его извет нисколько не повредил карьере обвинённых им.
Похоже, что настоящей попытки переворота не было. В атмосфере взаимного подозрения действия стрельцов во главе с Елизарьевым стали той пружиной, которая привела в движение механизм всех дальнейших событий, — если, конечно, они являлись наивными служаками, по ошибке принявшими ночной сбор стрельцов за подготовку покушения на Петра I, а не провокаторами, подтолкнувшими царя к ответным шагам. Приведённые выше факты добавляют штрихи к данной версии, но пока не позволяют сделать окончательный вывод.
Призрачный шанс вернуться к власти и активной жизни появился у свергнутой правительницы на исходе века. Высланные из Москвы на литовскую границу стрелецкие полки в 1698 году были недовольны своим положением. Их гонцы теперь сами стремились снестись с опальной царевной и якобы получили письма (хотя до сих пор неясно, писала их сама Софья или стрелецкие вожаки от её имени) с призывом освободить её из заточения, «бить челом» — просить её «иттить к Москве против прежнего на державство» и не пускать в город Петра.