В 1711 году Алексей по воле отца вступил в брак с кронпринцессой Шарлоттой Софией Брауншвейг-Вольфенбют-тельской. Тогда же сам царь «оформил» свои отношения с бывшей пленницей Мартой Скавронской, в православном крещении Екатериной Алексеевной, причём царевич был её крёстным отцом. От брака Алексея Петровича — ставки в дипломатической игре его отца — 21 июля 1714 года родилась дочь Наталья, а 12 октября 1715-го —сын Пётр. Но принцесса скончалась через десять дней после родов, а императрица Екатерина в том же году разрешилась сыном, которого тоже назвали Петром. В семье назревал конфликт. Старший сын многими качествами пошёл в отца, а Петра трудно назвать хорошим родителем: вечно занятый войной и строительством державы, он скоро стал чужим для Алексея.
Десятого ноября 1716 года в венский особняк австрийского вице-канцлера графа Шёнборна вошёл неожиданный посетитель — «русский принц» Алексей, который попросил убежища от гнева отца. К тому времени Пётр I уже был уверен в никчёмности наследника и его нежелании участвовать в делах. В 1715 году в день похорон жены Алексей получил «Объявление сыну моему», после обвинений в лени и нежелании заниматься государственными делами завершавшееся угрозой: «...известен будь, что я весьма тебя наследства лишу, яко уд гангренный, и не мни себе, что один ты у меня сын». Пётр предъявил ультиматум: «Или отмени свой нрав и нелицемерно удостой себя наследником, или будь монах». В октябре 1716 года царь вызвал сына в Копенгаген, где обсуждал с союзниками операции против шведов. Алексей должен был сделать окончательный выбор. Царевич выбрал бегство — поскольку не только не одобрял дела отца, но и признавал: «Его особа зело мне омерзела».
Московского гостя спрятали в альпийском замке, потом в неаполитанской крепости. Там он ждал смерти отца, чтобы вступить на престол при поддержке духовенства и недовольных вельмож. Один из них, адмиралтеец Александр Кикин, сообщал Алексею, что его друзья договорились с австрийским правительством о политическом убежище для наследника российского трона. Но Кикин обманул — в Вене царевича не ждали. Один из лучших дипломатов царя Пётр Толстой и капитан гвардии Александр Румянцев выследили беглеца, затем добились свидания и вручили ему письмо отца: «...обещаюсь Богом и судом его, что никакого наказания тебе не будет, но лучшую любовь покажу тебе, ежели воли моей послушаешь и возвратишься. Буде же сего не учинишь, то, яко отец, данною мне от Бога властию, проклинаю тебя вечно. А яко государь твой за изменника объявляю и не оставлю всех способов тебе, яко изменнику и ругателю отцову, учинить».
Действуя угрозами и посулами, Толстой за несколько дней уговорил Алексея вернуться; в октябре 1717 года через Рим и Вену беглец двинулся в Отечество — навстречу гибели. В феврале 1718 года в Кремле отец торжественно простил сына — но тут же заявил: «Если что утаено будет, то лишён будешь живота». Сразу же в застенках Тайной канцелярии развернулось следствие — царь не верил, что сын мог самостоятельно решиться выступить против него, а Алексей умолчал о многом, что творилось за спиной царя.
Современные исследования доказывают, что царевич не организовывал заговора против отца, но ждал своего часа. При дворе к середине 1710-х годов сложились противоборствующие «партии»: одну возглавлял А. Д. Меншиков, другую — семейство Долгоруковых, приобретавшее всё большее влияние на царя. К взрослевшему наследнику тянулись лица из ближайшего окружения Петра: у Кикина при аресте были найдены «цифирные азбуки» (шифры) для переписки с «большими персонами» — генералом Василием Долгоруковым, князьями Григорием и Яковом Долгоруковыми, генерал-адмиралом Фёдором Апраксиным, фельдмаршалом Борисом Шереметевым. Эта «оппозиция» готовилась после кончины Петра возвести Алексея на трон или сделать его регентом при единокровном младшем брате.
Пётр был слишком умён, чтобы развернуть репрессии против своих ближайших сподвижников; но он сделал их судьями сына-изменника. Алексею пришлось заплатить за всё. 24 июня 1718 года суд в составе 123 министров, сенаторов, военных и гражданских чиновников вынес царевичу смертный приговор за «помышление бунтовное» и за «богомерзкое, двойное, родителей убивственное намерение», связав самих его участников круговой порукой. Через два дня после приговора последовала загадочная смерть Алексея в Петропавловской крепости. Однако какими бы ни были последние часы царевича, в народном сознании его гибель связывали с волей государя. Ветеран Петровской эпохи, солдат Навагинского полка Михаил Патрикеев в далёком Кизляре в 1749 году рассказывал собеседникам: «Знаешь ли, государь своего сына своими руками казнил».
Некоторые авторы считают возможным охарактеризовать сторонников царевича как «умеренных реформаторов европейской ориентации». Однако проблема в том, что в кругу «сообщников» наследника были также люди, настроенные против всяких реформ. Чего же хотел сам Алексей? По словам его крепостной любовницы Ефросиньи, он мечтал о спокойном житье в Москве, «а Питербурх оставит простой город; также и корабли оставит и держать их не будет; а войска де станет держать только для обороны; а войны ни с кем иметь не хотел». Но на последнем допросе 22 июня он признался: «...ежели б до того дошло и цесарь (австрийский император. — И. К.) бы начал то производить в дело, как мне обещал, и вооружённою рукою доставить мне короны российской, то б я тогда, не жалея ничего, доступал наследства». Было ли это признание правдой — или сломленный царевич ради прекращения мучений готов был сознаться в любых преступлениях? Ответа мы уже не узнаем.
Как бы сочетались в случае вступления Алексея на престол его намерения опереться на духовенство, не «держать» флот и передать российские войска и «великую сумму денег» в распоряжение Австрии с планами просвещённых реформаторов? К тому же Алексей, выступавший против реформ отца, унаследовал отцовский темперамент: мог пообещать посадить на кол детей канцлера Головкина и всерьёз собирался жениться на своей Ефросинье: «Видь де и батюшко таковым же образом учинил». Похоже, приход царевича к власти вызвал бы новые столкновения в имперской верхушке и мог закончиться дворцовым переворотом — или ссылкой, а то и казнью слишком «европейски ориентированных» вельмож. Но избранный Петром I «силовой» выход из кризиса — устранение законного, по мнению общества, наследника — впоследствии тоже привёл к потрясениям.
Возможно, император ощущал перенапряжение сил страны: к концу царствования он желал продолжать преобразования таким образом, «дабы народ чрез то облегчение иметь мог». Однако курс на модернизацию «служилого» государства при сохранении сложившихся социальных отношений не изменился. Пётр издал указ о «непринуждении рабов к браку», публично осуждал произвол помещиков, продававших крестьян «врознь», что, однако, нисколько не мешало подобной торговле. Но колебаний по поводу выбранных им цели и средств у царя, кажется, не было. Завершение переписи совпало с введением паспортной системы и устройством «вечных квартир» для полков регулярной армии. Предусматривалось создание настоящих «военных поселений» — слобод с типовыми, по-ротно поставленными избами, полковым хозяйством, рабочим скотом и даже женитьбой солдат на местных крестьянках, которых в интересах армии предполагалось отпускать из крепостных.
В январе 1725 года послы России в европейских странах получили императорский манифест (он не вошёл в официальное Полное собрание законов Российской империи), предписывавший им немедленно объявить царскую волю: «...Дабы всяких художеств мастеровые люди ехали из других государств в наш российский империум» с правом свободного выезда и разрешением беспошлинной торговли своей продукцией в течение нескольких лет. Государство обязалось предоставить прибывавшим квартиры, «вспоможение» из казны, свободу от постоя и других «служб». Похоже, государь, как в начале своего царствования, хотел организовать очередную «волну» иммигрантов, чтобы дать новый импульс преобразованиям в экономике.
Сохранившиеся в записных книжках Петра намётки предусматривали дальнейшую регламентацию новых порядков: «Уложение слушать», для служилых ввести единые сроки (в декабре) производства в чины, а «мужикам зделать какой малинкой регул и читать по церквам для вразумления».
Последние изданные именные указы Петра конца 1724-го — начала 1725 года — о чиновничьем жалованье, скорейшем сборе подушных денег на гвардию, продаже товаров в Петербурге по ценам, аналогичным московским, расположении к 1 марта полков на новых квартирах — свидетельствуют о неизменности избранного курса государственного строительства. Уже был подготовлен новый свод законов, который в разделе гражданского права («О содержании добрых порядков и о владении собственностью») провозглашал формулу крепостной зависимости: «Все старинные крепостные люди и по вотчинам и поместьям и по иным всяким крепостям люди и крестьяня вотчинником своим крепки и в таком исчислении, как о недвижимом имении положено». В манифесте, которым надлежало объявить введение нового Уложения, говорилось, что подданные «будут мирны, безмятежны и смирении» и каждый может «благочестно пребывать» и «познавать» своё звание. Российская модернизация, проводимая рабами регулярного государства, неуклонно сворачивала на казённо-крепостнический путь.