Спустя три года после этой истории из плена вернулся патриарх Филарет, отец Михаила Федоровича. Узнав об истории, которая произошла с сыном и его невестой, он укорил его, посчитав, что тот смалодушничал. Семье Хлоповых было разрешено переехать в Нижний Новгород. Михаил же не терял надежды когда-нибудь жениться на возлюбленной. Брак он так ни с кем и не заключил, хотя ему нужен был наследник.
Отец Михаила пытался завести династические связи с европейскими дворами. Были отправлены письма шведской, датской и литовским принцессам, но все три девушки отказались стать женами русского царя. Тем временем Михаил вместе с патриархом Филаретом начал расследование, чтобы выяснить, кто виновен в отравлении Марии Хлоповой. Были проведены допросы родственников, самой девушки, лекарей. Мария утверждала, что она была совершенно здорова, а болезнь проявилась только после переселения в царские покои. Расследование выявило заговорщиков — ими оказались Салтыковы, мать царя и ее наперсница. Бояр подвергли опале и отослали от царского двора. Наперсницу инокини Марфы ждала ссылка в Суздальский монастырь. И только лишь мать вышла сухой из воды, к тому же тогда ее роль при дворе была слабой. Но когда Михаил решил вернуть Хлопову ко двору и жениться на ней, мать выдвинула последний ультиматум: если Мария станет царицей, навсегда уедет из страны Марфа. Михаил сдался и выбрал спокойствие матери. Марию Хлопову устроили в Нижнем Новгороде, где она и жила до своей смерти. Всю жизнь она переписывалась с царем. Наверное, для нее это было лучшим вариантом — вернись она в статусе царицы, интриги бы продолжились, и неизвестно, чем бы закончились для девушки.
Тем временем Михаилу исполнилось двадцать восемь лет. Он все еще был не женат, у него не было наследника, чтобы царский род Романовых продолжался. И тут опять вмешалась инокиня Марфа. Она нашла новую невесту, чей род пересекался с самими Рюриковичами. Избранницей стала княжна Мария Долгорукова. Царь Михаил Федорович сильно не сопротивлялся — он уже прекрасно усвоил уроки своей матушки. Девушку нарекли царской невестой тайно, не посвящая народ. Не было никакого торжественного объявления, в дворцовых разрядных книгах об этом тоже не упоминалось. Даже во время пира за восемь дней до свадьбы царь никак не показывал, что у него есть невеста.
Для будущей царицы — первой царицы рода Романовых — были обставлены новые покои. Ей заказали платья из атласа и бархата, выделили деньги на подарки из казны (кстати, в те времена Романовы еще не разделяли собственные деньги и казну государства). В новые палаты царскую невесту поселили всего за пару дней до свадьбы, видимо, чтобы не повторилась участь несчастной отравленной Марии Хлоповой.
Свадьбу назначили на 19 сентября 1624 года. Праздник был широким, многим по этому случаю были отправлены царские подарки. Сохранились благодарственные письма об этом, например, от четвертой жены Ивана Грозного Анны, которая была сослана в монастырь. Примечательно, что одним из дружек жениха нарекли князя Дмитрия Пожарского, который прибыл на свадьбу с супругой. Так молодой царь отблагодарил князя Пожарского за службу Отечеству. Род Пожарских был не так знатен, и, если бы не заслуги князя во время Смуты, такой высокий чин на свадьбе царя ему бы не доверили.
Но уже на следующий день жена Михаила Федоровича почувствовала себя плохо, а поэтому пропустила свадебные гуляния. Несмотря на то что на людях новая царица появлялась очень редко, ей отправляли подарки и новые ткани, а ее родственникам Долгоруковым раздавали почести. Всю осень Мария Владимировна недомогала, но никакой опасности в этом врачи не видели.
Дела стали хуже за две недели до Рождества — обнаружилось, что царица была уже смертельно больна. Помочь ей ничем не смогли. Мария скончалась 6 января, спустя всего пять месяцев после свадьбы. Одни люди шептались: «Это кара Божья за Хлопову!» Другие считали, что кто-то при дворе не хотел усиления рода Долгоруковых и специально отравил царицу. После смерти Марии ее родственники растеряли власть при дворе. Следствия о кончине никакого не проводили. Печальнее всего оказалась судьба отца царицы, князя Владимира Тимофеевича. От горя он в одиночестве заперся в своих московских палатах, а после этого сошел с ума и скончался.