Был и еще один расчет в планах хитроумной царицы Натальи – защитить потомство Петра от притязаний наследников его сводного брата, «первого» царя, Ивана, который к этому времени был уже женатым человеком и ждал прибавления семейства. Кроме того, «медведиха» этим актом пыталась оградить Петра от недостойных привычек, почерпнутых им в Немецкой слободе, привязать к семейному очагу.
В жены Петруше она выбрала Евдокию Лопухину, дочь незнатного боярина Иллариона Лопухина, обладавшего многочисленными родственниками. Разумеется, она выбрала себе в невестки девушку попроще, «дабы та из воли не выходила». Девчонкой она по «отцовской деревеньке убогой в лапотках бегала». В то время отец невесты был стрелецким головою. «Медведиха», таким образом, пыталась воспользоваться новой родней и стрельцами в борьбе за власть. К тому же Авдотья была воспитана в лучших традициях старомосковского домостороя, что очень нравилось Наталье Кирилловне. «Старина, она есть старина, это лучше всяких новомодных перемен», – примерно так рассуждала царица.
Вопрос о женитьбе Петра был решен без всякого согласования с женихом, да в то время этого и не требовалось. Невеста была старше жениха – ей уже было 20 лет, девица, так сказать, в самом соку. Ее истинное имя было Прасковья, но перед свадьбой его поменяли на Евдокию. По поверьям, это должно было отвести от нее порчу. Заодно изменили имя и ее отца – теперь вместо Иллариона он стал зваться Федором.
Евдокия Лопухина слыла красавицей, по отзывам современников, «принцесса лицом изрядная, токмо ума посреднего и нравом несходная своему супругу». Венчание царственной пары состоялось 27 января 1689 года, но с первых же месяцев у молодых начались нелады. Воспитанная по старине, набожная и благочестивая, Евдокия не могла привлечь к себе энергичного мужа и не разделяла его увлечений, а они сводились к бабам, пьянству, табаку и «марсовым делам». Надежды Натальи Кирилловны на привязанность Петра к семье не оправдались – Авдотья не имела ни малейшего влияния на мужа.
Она не разделяла взглядов Петра и не могла простить мужу частых отлучек из дома. Желая размеренной старозаветной жизни, она не хотела менять своего привычного уклада; все это привело к возрастающей неприязни между супругами. Ей бы хотелось целоваться-миловаться с «лапушкой Петрушей», да вместе читать молитвы, да поговорить с блаженными и юродивыми, чего Петр решительно терпеть не мог. Это тот, к сожалению, нередкий случай, когда родители только навредили юноше и девушке, насильно объединив их в одну семью. Особенно Евдокию воротило от связи Петра с Анной Монс, о которой она вскоре узнала.
Один из очевидцев писал об Авдотье и Петре, что «любовь между ними была изрядная, но продолжалася токмо год». Возможно, что охлаждение отношений между молодыми супругами наступило значительно раньше, так как сразу же после медового месяца Петр оставил Евдокию и укатил на Переяславское озеро заниматься «нептуновыми потехами». Сохранилось несколько писем Евдокии к Петру и не сохранилось ни одного ответа от него. В 1689 году, когда он отправился на Переяславское озеро, Авдотья обращалась к нему с такими нежными словами: «Здравствуй, свет мой, на множество лет. Просим милости, пожалуй, государь, буди к нам, не замешкав. А я при милости матушки твоей жива. Женишка твоя Дунька челом бьет». В другом письме, адресованном «лапушке моему», она просила разрешения самой приехать к нему на свидание. Еще два письма Евдокии относятся к более позднему периоду времени, к 1694 году. Последнее из них полно грусти и печали одинокой женщины, которой хорошо известно, что она покинута ради другой. В этом письме уже не было обращения «к лапушке», Авдотья не скрывала своей горечи и не смогла удержаться от упреков, называла себя «бесчастной», сетовала на то, что не получает в ответ на свои письма «единой строчки». Не укрепило семейных уз и появление на свет в 1690 году сына Алексея. Еще два сына, Александр и Павел, умерли в младенчестве.
Евдокия Лопухина не смогла удержать мужа возле себя. Ей были противны его пьяные оргии, курение табака, панибратство с простолюдинами (ведь царь же!), а ему – набожность и благочестивость жены. Супруги все больше отдалялись друг от друга. При встречах она просила Петра порвать с Немецкой слободой и выгнать «мерского Алексашку Меншикова». На это царь сердился и уезжал к «подлой Монсихе». Не ладились у Евдокии и отношения со свекровью. Царица Наталья все время попрекала ее худородством и обвиняла в том, что она не может удержать Петрушу.