Именно в этот кульминационный, переломный момент боя, когда защитники Города почувствовали, что натиск османской тяжелой пехоты и янычар стал немного слабеть, то ли свинцовой пулей, то ли стрелой, то ли случайным ударом кого-то из своих был вновь ранен Джустиниани, главный из командиров василевса, на которого все смотрели как на последнюю надежду. Так неожиданно случилось в этот майский день, полный неизбежности. Измученный, не в силах больше держаться на ногах, чувствуя приближение смерти, он, несмотря на мольбы Константина вернуться на свой пост, велел отнести себя на свою галеру в гавани Золотой Рог, для чего пришлось открыть одну из вылазных калиток в основной стене. На какой-то момент управление боем оказалось потеряно, генуэзцы, оставшись без своего предводителя, больше не ободрявшего их, растерялись, некоторые стали покидать свои места. Паника усилилась, когда дошел слух, что османы проникли в одну из башен внутренней, последней оборонительной стены через случайно оставленную не запертой калитку Керкопорта у северного конца Феодосиевых стен, рядом с Влахернами, и над этой башней вместо белого флага с генуэзским красным крестом и ярко-желтого ромейского знамени с черными орлами развевается зеленый мусульманский стяг.
Почувствовав слабину защитников, османы, усилив натиск, с диким, яростным криком «Аллах акбар!» — «Велик Аллах!» прорвались на центральном участке внутренней стены и, преодолев ее, открыли ворота Св. Романа и Харисия. Часть врагов тогда же ворвалась в город через обрушенные участки стен на юге, у Золотых ворот. Оборона Города внезапно рухнула сразу в нескольких местах менее чем через пять часов после начала штурма.
Между тем сражение не затихало, а, казалось, разгоралось с новой силой под встающим солнцем, светившим в этот день, «как волк глазами». Словно бурная река в половодье, озверелые османы, преодолев наконец стены и башни, ворвались на улицы Константинополя, безжалостно рубя всех подряд. Они заполняли все закоулки, все дворы, вваливались в дома, насилуя, душа, убивая, заграбастывая все, что приглянется. В водовороте боя канул с мечом в руке и последний василевс ромеев.
Царь Константин XI предпочел позору капитуляции и плена почетную, славную смерть в бою с врагом. С горсткой храбрецов, в числе которых был его кузен, Феофил Палеолог, кастильский дон Франсиско де Толедо и верный товарищ по битвам Иоанн Далмата, он с мужественной решимостью бросился в гущу битвы у ворот башни Романа. Больше живым его не видел никто. Столько вынесший благородный василевс героически погиб в 49 лет как простой солдат, разделив участь своего города и своего народа, не прося пощады и не опозорив имя последнего царя ромеев трусостью. По легенде, после боя изрубленный, обезображенный труп Константина XI сербы-янычары обнаружили среди груды мертвецов и опознали только по шелковым чулкам с вышивкой в виде орлов и пурпурным сандалиям. Отрезанная и насаженная на кол голова царя была выставлена на Ипподроме, чтобы ни у кого не оставалось сомнений, что последний василевс ромеев мертв, а тело похоронили, скорее всего, тайно, в общей могиле, из опасения, чтобы она не стала местом паломничества византийцев. Рассказы о его погребении с царскими почестями на одной из городских площадей больше похожи на миф, как и сразу же распространившиеся слухи о спасении, о том, что тело василевса ромеев не нашли. Последний Константин растворился в небытии, а его голову, набитую соломой, еще долго, с тщательно разработанной церемонией, возили на показ ко дворам правителей мусульманских государств как зримый символ состоявшегося пророчества. С того же дня, каждый год, 29 мая, когда турки празднуют взятие Константинополя, устраивая представление у ворот Эдирне, Константин поминается во всех церквах Греции и Крита, хотя с точки зрения православных он и умер еретиком, поскольку поддержал унию.
До вечера длились всеобщая резня, жуткий погром и разграбление древней христианской столицы, ее домов, дворцов и церквей. Некоторые горожане еще пытались сопротивляться, швыряя в турок тяжести, камни и черепицу с крыш домов, кидая огонь. Другие пытались прятаться в подвалах, цистернах, или бросались в колодцы, особенно женщины, молодые девушки, не желавшие попасть в руки турок. Повсюду не смолкали вопли и крики убиваемых, насилуемых, пытаемых, разлучаемых, уводимых в неволю. В запертой Св. Софии священники продолжали вести службу заутрени до той минуты, пока ворвавшиеся османы под вопли ужаса укрывавшихся в храме начали грабить и опустошать его. Здесь разыгрались самые жуткие сцены. Иконы выдирали из окладов, рубили на части, топтали Святые Дары, пытались крушить даже мраморные полы, выбрасывали мощи из разграбленных, оскверненных могил святых. Облачение Патриарха, глумясь, обмотали вокруг собачьих ног, а перевернутые алтари превратили в кормушки для лошадей, мулов или, того хуже, в постели, где насиловали захваченных женщин и детей.