Там она познакомилась с Анхизом, который, как уже было сказано, принадлежал к царскому роду, хотя пас в горах коз и овец. Тут его увидела Афродита, и, когда Юпитер заставил ее испытать любовь, ее чувство обратилось к Анхизу. Поэтому она отправилась к нему на гору Ида, где прожила с ним некоторое время. Эней был ее сыном, рожденным от этого брака.
Однако Афродита предстала перед Анхизом не в своем настоящем обличье, а приняла облик фригийской царевны. Фригия расположена в Малой Азии, не очень далеко от Трои. Она не открывала Анхизу своей тайны, пока оставалась с ним в окрестностях горы Ида. Решившись, наконец, его покинуть и вернуться на Олимп, она открылась ему. Однако Афродита строго-настрого запретила Анхизу говорить о том, кто она такая, обещая, что Эней, которого она оставляла отцу, будет поражен ударом небесной молнии, если кто-то узнает правду о его матери.
Когда Афродита его покинула, Анхиз, не имея возможности воспитывать сына, отправил его в Дардан, город к северу от Трои, где тот воспитывался в доме своей замужней сестры, дочери Анхиза, которая жила там. Если к тому времени дочь Анхиза была уже достаточно взрослой, чтобы выдать ее замуж, то Афродиту привлекла в Анхизе отнюдь не его молодость. Эней жил у сестры, пока не вырос настолько, чтобы пасти стада; тогда он возвратился в родные края, к горным лугам и долинам. Его мать, хоть и покинула сына, но не забыла о нем, она постоянно следила за тем, что с ним происходит, и часто вмешивалась в его жизнь, чтобы помочь или защитить его.
Потом началась Троянская война. Поначалу Эней не принимал в ней участия. Он был в обиде на царя Трои Приама, поскольку тот уделял внимание другим молодым людям. Эней считал, — что им пренебрегают, а услуги, которые он мог бы оказать, недооценивают. Поэтому он оставался среди родных гор, занимаясь своими стадами, и, возможно, не оставил бы своих мирных занятий до конца войны, если бы Ахилл, один из самых грозных греческих вождей, не забрел в поисках продовольствия на территорию Энея и не напал на него и его товарищей. Он бы наверняка убил их, если бы не вмешательство Афродиты, которая защитила сына и спасла ему жизнь.
Потеря коров и овец и полученная в сражении рана привели Энея в ярость. Он сразу же собрал и вооружил войска дарданцев и с тех пор принимал активное участие в войне. Вскоре благодаря своей силе и храбрости он стал одним из славных героев среди сражавшихся. Его мать всегда помогала ему в его поединках, спасая его от опасностей, и он совершил немало доблестных подвигов.
В один момент он ринулся в гущу битвы, чтобы спасти одного из троянских вождей Пандара, который был окружен теснившими его врагами. Энею не удалось спасти друга, Пандар был убит. Подоспевшему Энею удалось отогнать врагов от его тела, для чего потребовалась небывалая сила и отвага. Греки нападали со всех сторон, но, кружа на колеснице вокруг тела и нанося удары во все стороны, Эней удерживал их на расстоянии. Тогда они отошли немного поодаль и начали оттуда осыпать Энея градом стрел и копий.
Некоторое время Энею удавалось защищать себя и тело своего друга с помощью щита. Но потом ему в бедро попал камень, брошенный одним из греческих воинов. От этого удара Эней упал на землю, потерял сознание и в этом беспомощном состоянии непременно был бы схвачен и убит врагами, если бы не вмешательство его матери. Она сразу поспешила ему на помощь, укрыв своим покрывалом, которое чудесным образом защитило его от летящих в него копий и стрел. Она взяла его на руки и вынесла из гущи врагов невредимым. Направленные на него копья, мечи и стрелы оказались бессильны против волшебного покрывала.
Однако, прикрывая раненого сына, сама Афродита оказалась уязвимой. Возглавлявший преследователей Диомед метнул в нее копье. Копье попало ей в руку и больно ранило богиню. Но это не остановило ее полет. Она быстро умчалась, а Диомед, довольный местью, оставил преследование, крикнув вслед исчезающей Афродите, что ей следует усвоить преподанный урок и впредь заниматься своими делами, не вмешиваясь в поединки между смертными.