Той же ночью, когда данайцы обманом проникли в Трою, Энею во сне явился призрак погибшего героя Гектора и велел ему немедленно спасаться из захваченного врагами города, взяв с собою семью и изображения богов-хранителей Трои, дабы найти для них новое место и воздвигнуть новый великий город. Эней тут же проснулся и увидел, что город горит, а на улицах идёт жестокий бой. Он не решился выполнить наказ Гектора и, созвав своих соратников, вступил в бой с данайцами. Но его усилия были напрасны! Многих друзей Энея убили в кровавой схватке, а сам он с несколькими уцелевшими соратниками отступил к дворцу Приама. Однако, несмотря на отчаянное сопротивление троянцев, Пирр (Неоптолем), сын Ахилла, со своим отрядом всё же ворвался во дворец. Он погнался за царским сыном Политом, который упал и скончался на глазах отца и матери, искавших спасения у священного алтаря. Когда же несчастный царь Приам, призывая богов, стал обвинять Пирра в этом злодеянии и бессильной рукой метнул в него копьё, тот зарубил его прямо на алтаре.
Увидев, как безжалостно был убит престарелый царь, Эней пришёл в ужас. Он понял, что Троя окончательно погибла, и испугался за судьбу своей семьи. Случайно обнаружив спартанку Елену, скрывающуюся в храме Весты, Эней решил её убить, чтобы таким образом отомстить за все страдания троянцев. Ведь именно из-за неё началась Троянская война! Но тут перед ним предстала его мать богиня Венера, напомнила ему о семье и велела немедленно бежать из города.
Эней с трудом добрался до отчего дома и велел всему семейству немедленно собираться. Однако ему воспротивился его отец Анхиз, который заявил, что уже очень стар и должен погибнуть вместе с Троей, а не отправляться в изгнание в чужие края. Эней попытался уговорить отца, но безуспешно. Тогда он вновь облачился в доспехи и приготовился погибнуть, защищая родной дом и семью. Внезапно у Аскания (Юла), сына Энея, вспыхнуло на голове священное пламя. Анхиз, поражённый этим чудом, обратился к всемогущему Юпитеру и попросил явить новое божественное знамение. И в тот же миг раздался удар грома и с неба упал огненный метеорит. Узрев это знамение, Анхиз согласился, наконец, покинуть Трою, поскольку такова была воля богов.
Эней посадил отца к себе на плечи и вручил ему священные изображения богов-пенатов, затем взял Аскания за руку и в сопровождении своей жены Креусы, дочери Приама, направился к давно заброшенному храму Цереры, который находился за городскими стенами. Здесь он вместе с верными друзьями рассчитывал найти убежище и спастись от мечей разъярённых данайцев.
По дороге Энею пришлось спасаться от преследования врагов, которых заметил близ городских ворот Анхиз, и поэтому Креуса отстала или потерялась. Поскольку дело было ночью, Эней обнаружил, что она пропала, только когда подошёл к храму. Герой вернулся в город и безуспешно пытался отыскать жену. Внезапно он узрел её призрак, который велел ему не горевать понапрасну, поскольку всё свершилось по воле богов, а затем предрёк далёкое странствие. Убитый горем Эней вернулся в храм Цереры, где его ждали отец и сын, а также многие другие троянцы, спасшиеся из охваченного пламенем города. На рассвете следующего дня он собрал всех, кто укрылся в храме, взвалил на свои плечи отца и двинулся в горы. Все эти события произошли примерно в 1184 году до н. э.
В лесах у подножия горы Иды Фригийской Эней построил флот и весной отплыл вместе с уцелевшими троянцами в поисках новой родины. Первую остановку он сделал у берегов Фракии, где решил основать город Энеаду. Во время жертвоприношения богам в честь закладки города Эней попытался сорвать несколько ветвей с двух деревьев, росших на близлежащем пригорке, чтобы покрыть листвой священные алтари. Внезапно из-под повреждённой коры потекла чёрная кровь, а из-под земли послышался голос Полидора, сына Приама. Он поведал, что его предательски убили на этом самом месте по велению местного фракийского царя, а из дротиков, которыми его пронзили, выросли деревья. Узнав об этом, троянцы оцепенели от ужаса и решили, что на осквернённой убийством земле нельзя оставаться. Они совершили необходимые погребальные обряды, насыпали большой холм над могилой Полидора и отплыли восвояси.
Вторую остановку троянцы сделали в гавани острова Делос. В местном храме Аполлона-Феба Эней и его товарищи получили божественное знамение: голос бога велел им искать ту древнюю землю, где некогда возник их род. Старец Анхиз решил, что речь идёт о Крите, где когда-то жил предок троянцев Тевкр, и троянский флот направился к берегам этого острова. Здесь Эней основал город Пергамею, и троянцы поверили, наконец, что обрели новый дом. Внезапно начался мор, в результате которого погибли не только все всходы на полях, но и множество людей. Анхиз велел сыну вновь плыть на Делос и вторично вопросить божество. Но тут, по воле Аполлона, Энею во сне явились боги-пенаты Трои. Они приказали герою немедленно покинуть Крит, который не предназначен для троянцев, и плыть на запад, в Гесперию (Италию), где некогда родился предок троянцев Дардан. Наутро Эней сообщил об этом Анхизу, и троянцы вновь сели на корабли и оставили обжитую было землю.