Приближение конца войны вновь резко изменило ситуацию. В сентябре 1944 г., когда советские войска подошли к границам Венгрии, была закрыта русская гимназия в Уйвидеке. Вскоре оказалась разрушена бомбой церковь в Сабадке и «ввиду военных событий» закрыта церковь в Врба-се. Значительная часть русских эмигрантов, небезосновательно опасаясь возможных репрессий, стала уезжать в западном направлении. Так, иеромонах Сергий (Мусин-Пушкин) из Будапешта уехал в Париж (где в дальнейшем служил настоятелем храма Сергиевского подворья в сане архимандрита), священник Николай Чистяков из Нови Сада – в австрийский г. Грац, а затем в Прагу, священник Афанасий Донецков из Будапешта – в Западную Германию, где в дальнейшем служил в лагерях для перемещенных лиц; однако большинство осталось на месте27.
В 1979 г. протоиерей Владимир Родзянко в одном из писем вспоминал: «При наступлении Красной Армии мой Владыка Епископ Ириней, напомнив мне житие св. Поликарпа Смирнского, сказал, что он лично от своей паствы никуда не уйдет (даже если это ему будет стоить жизни, что фактически и случилось!) и то же советовал сделать и мне. Я остался с паствой… Фактически это означало осуществление на деле, а не только в теории, полного евхаристического общения с Русской Церковью в России и ее епископами»28. В то время священник служил в церкви с. Станишиче и своими решительными действиями фактически обеспечил сдачу немцами села без боя.
В ходе ожесточенных боевых действий на территории Венгрии некоторые православные храмы существенно пострадали. Так, находившийся в надгробной церкви св. мч. цар. Александры в Ирёме прах великой княгини Александры Павловны подвергся осквернению и лишь в 2004 г. был возвращен в храм из музея; исчезли каменный саркофаг, короны и образ. Существует предание, что когда советские войска в 1944 г. заняли Ирём, один из офицеров нашел в церковном доме русские духовные журналы. Он читал их ночи напролет, после чего стал проповедовать в своей части Христа. Обратившийся в Православие офицер был арестован и по приговору трибунала расстрелян, а церковная библиотека сожжена29.
С приходом советских войск области, отторгнутые Венгрией от Югославии, вновь вернулись в состав последней и с ними все русские общины, кроме двух будапештских. В ходе боев за освобождение Будапешта русская церковь оказалась уничтожена. Большинство прихожан обеих общин или эмигрировали на Запад или возвратились в СССР. Однако оставшиеся образовали общину, перешедшую в юрисдикцию Московского Патриархата. Восстановил в конце 1940-х гг. приход, объединивший 130 прихожан, священник Сергий Иванович Галецкий30.
После окончания II Мировой войны православные приходы в Венгрии, употреблявшие за богослужением венгерский язык, оказавшись вне канонической юрисдикции, обратились к Московскому Патриарху Алексию I с просьбой о принятии их под Первосвятительский омофор. Это прошение было удовлетворено. 11 ноября 1949 г. Священный Синод Московского Патриархата вынес решение о создании Временного управления венгерских православных приходов в ведении Русской Церкви с назначением его благочинным (администратором) протоиерея Иоанна Кополовича. В состав управления вошли восемь приходов: свт. Иоанна Златоуста и Успения Пресвятой Богородицы в Будапеште, св. вмц. Александры в Ирёме, св. вмч. Георгия Победоносца в Сегеде, свт. Николая в Сентеше, св. вмч. Георгия Победоносца в Ньиредьхазе, приход в Шаркад-керестуре и русская община прп. Сергия Радонежского в Будапеште31.
С 16 мая 1950 г. по 1973 гг. настоятелем русской общины прп. Сергия Радонежского служил упоминавшийся священник Михаил Дмитриевич Толмачев, высланный вместе с семьей в марте 1950 г. вследствие югославско-советского конфликта из Югославии в Венгрию. Отец Михаил устроил домовый храм в здании на пл. Алмаши. В 1951 г. венгерское государство передало русскому приходу новое помещение на первом этаже жилого дома ул. Лендваи. В этом здании раньше жил скончавшийся в 1946 г. армянский адвокат Эгия Хаванешьян, устроивший у себя часовню Армянской Апостольской Церкви. В помещении часовни и была оборудована и освящена церковь прп. Сергия Радонежского, иконостас перевезли с пл. Алмаши. Здесь русский храм действует до настоящего времени. В 1973 г. о. Михаил Толмачев покинул Будапешт, а в 1977 г. переехал в Австралию для окормления русских и сербских прихожан. На всех местах своего служения он оставил глубокий след в сердцах верующих: «Его отличала кротость, духовная мудрость, беззаветная любовь к Православию и верность Матери Церкви»32.
19 апреля 2000 г. на основе Венгерского благочиния Московского Патриархата была образована Будапештская и Венгерская епархия Русской Православной Церкви, включающая в себя девять приходов. Согласно переписи 2001 г. среди 15928 человек, причислявших себя к православному вероисповеданию, было 3502 русских.