Затаив обиду, Варда нашёл сочувствие императора через дружбу с его паркимоменом (постельничий) Дамианом и получил разрешение вернуться во дворец. Варде и Феоктисту роль исполняющего обязанности главы государства не нравилась, каждый страсть как хотел стать самостоятельным правителем, и тот, и другой испытывали жгучее желание любым способом избавиться от назойливого коллеги и от законного наследника. Опасаясь быть разоблачёнными, опекуны искали способы достичь желаемого. Ещё в ранней юности для Михаила возникла угроза от Феоктиста, мечтавшего выдать мать или одну из сестёр императора замуж10 за своего ставленника, а маленькому василевсу вырезать глаза, чтобы он никогда не смог самостоятельно управлять вверенным царством. Государственного переворота с изуверским ослеплением венценосного ребёнка не случилось благодаря заступничеству дяди, с Божьей помощью Михаил дожил до возраста юноши. По наущению родственника, наслушавшись от него рассказов о давних замыслах канцлера, молодой император согласился участвовать в заговоре. 20 ноября 855 года Варда с готовыми к услугам подручными зарубил Феоктиста в одной из палат дворца. Михаил III получил возможность править самостоятельно, а Варда — чин магистра и должность доместика схол (командующий корпусом столичных войск). Мама императора, сильно возмущаясь поведением родного брата, через несколько месяцев не по собственной воле покинула дворец. С марта 856 года11 сын начал править, выражаясь канцелярским языком — юридически и фактически, согласно версии Симеона Логофета. Неопознанный автор, именем Никита Пафлагонянин в «Житии патриарха Игнатия» сообщает более интимные подробности склоки в царственной семье. После устранения конкурента Варда стал нашёптывать императору Михаилу: «…зачѣмъ, владыко, ты уступаешь царство своей матери и сёстрамъ? неужели ты всё ещё ребёнокъ? не совершенъ возрастомъ? но вотъ ты уже женатъ и считаешься мужчиною: нужно тебѣ показать и разумъ мужчины: пригласи патрiарха и вели постричь свою мать и сестёръ». (Хр. М. Лопаревъ «Греческiя житiя святыхъ VIII и IX вековъ», часть I «Современныя житiя», тип. Императорской АН, Петроградъ, 1914, стр. 271). Святой отец воспротивился, заявив, что дал клятву при вступлении в должность не творить заговора. По приказу Михаила мать с сёстрами отправили в Карианский монастырь и постригли там, вскоре был удалён с кафедры Игнатий.
В 858 году по просьбе императрицы старший конюх Михаила участвует в заговоре против Варды. Покушение сорвалось на этапе подготовки, неудачникам отрубили головы, а на освободившуюся должность старшим конюшим заступает Василий, о нём пойдёт речь далее, а дядя получает в подчинение дворцовую стражу. Феодора закончила жизнь монахиней, за время регентского правления успела сделать несколько добрых дел: добилась возвращения иконопочитания на Соборе 843 года, за что была причислена к лику святых, к тому же сумела накопить немало денег в казне. Впоследствии её сын благополучно растранжирил накопленное родителями золото.
После удаления с царственного Олимпа тяжеловесных политических фигур управлять государством самостоятельно юному императору всё равно не доверили. Делами империи единолично занялся дядя. Благонравием родственник царя не отличался, сожительствовал с женой собственного сына, за что был отлучён от церкви в январе 858 года. Месть не заставила себя долго ждать: «…в среду светлой недели (следующая после Пасхи) Михаил царь дядю своего Варду поставил Кесарем» (В.М. Истрин «Хроника Георгия Амартола в древнем славянорусском переводе», т.1, Петроград, 1920, стр. 527).
Получив титул, по рангу лишь на ступень ниже императорского звания (видимо, за помощь в удалении сестры из дворца), в отместку за унижение Варда сместил патриарха (со слов Никиты, Игнатия арестовали 23 ноября 858 года), отправив в заключение на тяжкие муки. На патриаршую кафедру был возведён муж светского сословия, наш старый знакомый — Фотий.
10
У историка Генесия: Варда запугивал Михаила III слухами о желании мамы выйти замуж или выдать одну из дочерей, а юного василевса покалечить. Вовлеченность Феоктиста в заговор предполагал сам император.
11
Х.М. Лопарев в исследовании «Жития патриарха Игнатия» считает время нахождения Феодоры во дворце до осени 857 года, а затем свержение Игнатия 23 ноября того же года.