Н. И. Пирогов сумел сохранить себя и целиком посвятить науке. Здесь, в Дерпте, он сформировался как ученый, который стремится к своей цели и добивается ее упорным трудом, и как человек, который хочет служить во благо своего Отечества. Слова Василия Андреевича Жуковского, сказанные Н. И. Пирогову однажды при встрече с ним: «очень мало среди медиков русских… А так хотелось бы иметь свою, родную, российскую величину» отложились в его памяти. Тогда он поклонился в ответ, выражая свое согласие.
После многочисленных опытов и экспериментов, изучения научных трудов Н. И. Пирогов на 50 листах описал все свои наблюдения, выводы и предложения о перевязке артерий. Свою работу «О перевязке артериальных сосудов» он дополнил красочными рисунками с натуры и представил профессорскому совету. Решением совета в 1829 г. его работа была удостоена золотой медали. Н. И. Пирогов становится известным и среди студентов, и среди профессоров университета. Теперь в знак поощрения его освобождают от посещения некоторых лекций, и он радуется этому Ведь и раньше, устав от работы в анатомичке или операционном зале, он пропускал лекции по другим предметам. И он задумал вообще не сдавать экзамен на докторскую степень. Но его, слава Богу, остановил болеющий за него всей душой профессор И. Ф. Мойер. Вот как об этом писал Н. И. Пирогов.
«…меня смущало то, что слушая лекции, я неминуемо краду время от занятий моим специальным предметом, который как ни специален, а все-таки заключает в себе, по крайней мере, три науки. А сверх того, я действительно тяготился слушанием лекций, и это неуменье слушать лекции у меня осталось на целую жизнь. Посвятив себя одиночным занятиям в анатомическом театре, в клинике и у себя на дому, я действительно отвык от лекций, приходя на них дремал или засыпал и терял нить; демонстративных лекций в то время на медицинском факультете, за исключением хирургических и анатомических, вовсе не было; ни физиологические, ни патологические лекции не читались демонстративно. Зачем же, думал я, тратить время в дремоте и сне на лекциях? Наконец я дошел до такого абсурда, что объявил Мойеру о моем решении не держать окончательного экзамена, то есть экзамена на докторскую степень, так как в это время от профессоров не требовали еще докторского диплома; а если понадобится, думал я, так дадут и без экзамена дельному человеку».
В свое оправдание он сказал И. Ф. Мойеру, что работает над докторской, и у него нет ни одной свободной минуты, а экзамен может выбить его из колеи и отберет время. Но профессор убедил его не отказываться от докторского диплома, тем более и хирургию, и анатомию, и физиологию Н. И. Пирогов прекрасно знал: «Не волнуйся, иди и спокойно сдавай». Так, в 1831 г., блестяще защитив докторскую диссертацию, он получил степень доктора медицины по теме «Перевязка брюшной аорты».
Годы в Дерптском университете были памятны Н. И. Пирогову не только учебой, но и встречами с друзьями, близкими ему по духу Особое духовное родство Н. И. Пирогов чувствовал к бывшему офицеру флота Владимиру Ивановичу Далю, тоже осваивавшему хирургию в Дерпте. Он удивлял и своей быстротой, с которой производил операции, и тем, что писал сказки, да какие – заслушаешься: собиралась такая толпа, когда он начинал их читать, что нельзя было протолкнуться.
В. И. Даль замечательно пел русские песни, аккомпанируя себе на органчике. Он хорошо знал природу и жизнь русского народа, собирал разные прибаутки, пословицы и частушки, легенды, сказы. Когда началась война с Турцией, В. И. Даль, прервав учебу, уехал воевать. Они с Н. И. Пироговым сердечно попрощались. «Долг велит, кто-то же должен защищать Родину», – с этими словами В. И. Даль сел в повозку, на лице его была радостная улыбка, хотя в глазах светилась печаль. Больше они не встречались.