В 1820 г. на открытии Медицинского института при университете он обратился к студентам со «Словом о способе учить и учиться медицине практической у постели больных»: «Вам же, друзья мои, еще чаще и громче буду всегда повторять одно и то же, что не должно лечить болезнь по одному только ее имени, не должно лечить и самой болезни, для которой и названия не находим, не должно лечить и причин болезни, которые часто ни нам, ни больным, ни окружающим не известны, ибо давно уже удалились от больного и не могут быть устранены, должно лечить самого больного, его состав, его органы, его силы. Вот тайна моего лечения, которую приношу вам в дар».
Всего себя Матвей Яковлевич Мудров приносил в дар, преданно и самозабвенно его служение во благо Отечества. Им проделан огромный труд по составлению и сбору историй болезни пациентов: за 22 года врачебной практики накоплено 40 томов собраний историй болезней, где в строго определенном порядке фиксируются сведения о больном, его профессии, родных, условиях жизни, питания и другие данные. Это совершенно уникальный свод, подобного не было и нет не только в России, но и за рубежом. Таким образом, М. Я. Мудров является первым врачом, создавшим «Клиническую записку больного». «Сие сокровище для меня дороже всей моей библиотеки. Печатные книги везде можно найти, а историй болезней нигде». Именно они – бесценное подспорье в лечебной деятельности М. Я. Мудрова.
Он был прекрасным врачом-терапевтом, имел большой авторитет среди медиков как в нашем Отечестве, так и за рубежом, состоял членом многих европейских академий, а также членом-корреспондентом Петербургской медико-хирургической академии. В Московском университете М. Я. Мудров читал лекции по внутренним болезням, военной гигиене и другим предметам, это было его «богатство и ученая роскошь». М. Я. Мудров, в отличие от его коллег, не считал внутренние болезни строго теоретической наукой. Он требовал, чтобы студенты изучали дисциплину в анатомичке. Его лекции были очень наглядными, сопровождались практическим показом. «Только через патологическую и общую анатомию мы можем прийти к прогрессу русской медицины. Всем нам надо побольше вскрывать трупов больных и через анатомию узнавать и изучать болезни», – говорил студентам М. Я. Мудров.
Работая в 1807 г. в действующей армии в г. Вильно в Главном госпитале, он на основе наблюдений и, прежде всего, собственной практики лечения раненых и больных солдат издает «Принципы военной патологии» – руководство по военно-полевой хирургии. Это была первая подобного рода работа, написанная нашим русским, отечественным врачом. Именно этот труд сыграл важную роль в подготовке военных медиков и организации лечения раненых в ходе Отечественной войны 1812 года.
Матвей Яковлевич – первый в России, кто читал студентам курс военной гигиены, автор первого руководства по военной гигиене – науке сохранения здоровья военнослужащих, которое издавалось в 1809, 1813 и 1826 годах. Он является одним из основоположников русской военно-полевой хирургии и терапии.
Имя Матвея Яковлевича Мудрова неразрывно связано с Московским университетом. Он пришел сюда в 1808 г. в должности профессора, а через год возглавил кафедру патологии и терапии. «Чем же я должен блеснуть при начале моего служения в Университете?» – спрашивал он себя. – Величием? Обыкновенное приобретение белоручек. Сочинениями? Нет пользы в собственной опытности в искусстве, которая есть результат долговременных опытов наблюдений и работ. Удачей в городской практике? Верное средство быть полезным себе, а не учащимся… Я робею, боюсь не нравиться слушателям, преобразовав их в работников, и, что более, – не угодить самому себе».
Весной 1812 г. М. Я. Мудрова избирают деканом медицинского факультета, а в июне началась война с Наполеоном. И он вместе с коллегами из университета работал полевым хирургом в Нижнем Новгороде. Вернувшись в Москву, М. Я. Мудров застает университет сгоревшим и принимает самое деятельное участие в его восстановлении. Он пожертвовал свои личные средства, чтобы ускорить деятельность медицинского факультета, отдал свою личную библиотеку взамен сгоревшей, которая собиралась им на протяжении многих лет, дает свои деньги для строительства Клинической больницы и Медицинского института. Матвей Яковлевич добивается ассигнований на строительство Медицинского института. И вот к сентябрю 1820 г. готовы и новое здание Клинической больницы и новое здание Медицинского института. М. Я. Мудров, по прошению ученого совета вышестоящим инстанциям, назначается директором Медицинского института при университете.