Внутренняя политика на протяжении 44 лет правления Ивана III не обходилась без конфликтов. В частности, отнюдь не всегда безоблачными и дружескими были его отношения с четырьмя младшими братьями. Софья, казалось, некоторое время даже симпатизировала деверям. Иван III сознательно ограничил власть братьев и в конце концов окончательно лишил их таковой. Удельные князья, подчинявшиеся Москве, поначалу сохраняли свои родовые владения, однако постепенно отлучались от них, переселялись в другие земли великого княжества или привлекались ко двору. Таким способом Иван III пытался создать однородный, зависимый от милости царя слой аристократии и устранить весьма значительные различия, существовавшие между отдельными труппами, и, кроме того, сознательно поддерживал мелкое служилое дворянство. Формирования сплоченной боярской оппозиции и тем более возникновения сословий не произошло, поскольку высший слой аристократии был истощен борьбой, связанной с иерархической системой, «местничеством», и при этом все больше попадал в зависимость от великого князя. Свод законов, судебник 1497 года, кодификация действующего права, был создан не только с целью введения единообразия судопроизводства в московском государстве в целом. Он подчеркивал, что верховная судебная власть сосредоточена в руках великого князя, а наместники по его указанию вершат суд и управление. Право свободного передвижения и повсеместного проживания крестьян уже ограничивалось, однако пока еще не отменялось.
Среди крупных сооружений, которые были возведены в Кремле при Иване III, собор Успения богородицы (Успенский собор), созданный Аристотелем Фиораванти, занимает особое место, поскольку высшие круги московского государства явно воспринимали его как символ победы над Новгородом. Исключительность положения московского великого князя еще отчетливее проявляется в роскоши Грановитой палаты, которая была построена по образцу итальянских палаццо и весьма выгодно отличалась от старых домов великого князя, его братьев и других жилищ представителей знати, которые были расположены на территории Кремля.