Лишь семь дней спустя после смерти Елены Оболенский по приказу братьев Василия и Ивана Шуйских был арестован и умер в тюрьме от голода. Его сестра Аграфена была сослана в дальний монастырь. Малолетний Иван IV лишился няньки, которая относилась к нему по-матерински. Шуйские полностью захватили власть, хозяйничали в стране и при дворе по своему усмотрению, сместили митрополита Даниила и назначили на его место игумена подмосковного Троице-Сергиева монастыря Иоасафа (Скрипицына), которого считали своим сторонником. Князь Андрей, дядя Ивана IV, не только был освобожден из-под надзора, но и приближен ко двору (1541 год), восстановлен во всех своих владениях и правах (в том числе набор служилых людей), однако вскоре удалился в Коломну, в назначенный ему отцом удел великого княжества.
Впрочем, Шуйские были вынуждены освободить из заключения не только собственных родственников, к примеру, Андрея Шуйского, но и других бояр, арестованных Еленой и Оболенским, в их числе князя Ивана Бельского. После возвращения Бельского в Москву в июле 1540 года он и его сторонники немедленно начали борьбу за власть с Шуйскими. Митрополит Иоасаф перешел на сторону Бельского. Тем не менее, вначале Шуйские были более сильны. Дело дошло до стычек и жутких сцен. Митрополита Иоасафа сторонники Шуйских забросали камнями, и тот спасся бегством в спальню малолетнего Ивана IV. Шуйские, не обращая на это внимания, схватили его в присутствии мальчика. Он был отправлен в Кирилло-Белозерский монастырь. Преемником Шуйские определили архиепископа Новгородского Макария; Шуйские издавна поддерживали связи с новгородцами и надеялись обрести сторонника на московском патриаршем троне. Князь Иван Бельский вновь был арестован и заключен в тюрьму. В руках Шуйских сконцентрировалась неограниченная власть. После смерти Ивана Шуйского она перешла в руки его родного брата Андрея и их кузенов Ивана и Андрея. Боярская дума вначале подчинилась.
Единственная опасность, угрожавшая власти Шуйских, исходила от самого подрастающего великого князя Ивана IV. Среди многочисленных царедворцев, окружавших мальчика, немного было тех, кому он мог доверять. Один из таких людей — Федор Воронцов, брат Михаила, который был арестован по приказу его матери. Чтобы исключить для юного великого князя всякую возможность объединить вокруг себя желательных для него лиц, Шуйские применили силу. Трое Шуйских в присутствии мальчика и митрополита схватили Воронцова, избили его до
[пропущены страницы в оригинальном файле]
так называемый «китай-город». Великий князь, который с момента коронации носил титул царя, отправился вместе с молодой женой в село Воробьеве. Он отдал приказание о следствии касательно причин пожара. Шуйские и их сторонники воспользовались ситуацией для того, чтобы запугать молодого царя: они обвинили семейство Глинских в организации поджога и натравили на них массы народа. Дядя Ивана IV, князь Юрий Глинский, был линчеван. Толпа, подстрекаемая Шуйскими, двинулась в Воробьево и потребовала от царя выдачи его бабки, старой княгини Анны Глинской, и ее второго сына Михаила. Иван приказал жестоко наказать главных зачинщиков и этим обратил бунтовщиков в бегство, однако несмотря на это Михаил Глинский, его дядя, не чувствовал себя в безопасности при дворе, предпринял попытку бежать в Литву, но был схвачен. Наказание было мягким, однако теперь Глинские утратили всякое влияние в окружении Ивана IV.
Попытка Шуйских еще раз с помощью насилия прийти к власти, предпринятая в союзе с другими боярскими семействами, в числе которых был и один из Захарьиных, дядя молодой царицы, потерпела поражение. Иван IV, на которого пожар Москвы произвел глубокое впечатление, извлек из этих событий для себя урок: по возможности не пользоваться услугами боярских семейств. Уже довольно давно продолжалось его знакомство со священником Сильвестром, который происходил из Новгорода и служил в Кремле в Благовещенском соборе. Митрополит Макарий, который, по-видимому, первым стал всерьез заботиться о духовном развитии и религиозном образовании Ивана IV, стал инициатором этого знакомства, и мальчик проникся доверием к Сильвестру. Еще одним близким другом Ивана IV в молодые годы был Алексей Федорович Адашев, сын княжеского слуги-холопа, который впервые появляется в окружении царя лишь во время его свадьбы. Вскоре он стал важнейшим советчиком Ивана, наряду с царицей Анастасией, митрополитом Макарием и Сильвестром. Этим одновременно было фактически отстранено от принятия решений существующее боярское правительство. Иван IV сам выбирал себе советников и перестал быть игрушкой в руках придворных клик. Пожар Москвы положил конец «временам хаоса».