Ничто более достоверно не говорит о решимости Ивана IV принять меры против высшей московской аристократии, чем ряд административных реформ, которые определили характер первого периода правления. Права великокняжеских наместников, происходивших из высшей аристократии, то есть из группы служилых князей и московских бояр, были ограничены еще в 1549 году. Вручение грамот, налагающих на органы местного самоуправления определенные задачи полицейского, административного и юрисдикционального характера, что иногда имело место в период регентства, означало сужение сферы деятельности наместников. Однако они получили свои должности в качестве «корма». На практике это, разумеется, означало, что они эксплуатировали население подчиненных им территорий, вымогали взятки и т. п. Уже в 1551 году Иван IV издал грамоту для крестьян одной волости во Владимирском уезде на Клязьме, в которой им разрешалось за счет твердой повинности (оброка) центральному правительству самостоятельно выбирать своих старост, судей и присяжных (целовальников), которые и будут взыскивать налоги и подати, уплачиваемые населением государству. Эти зачатки местного самоуправления уже в 1552 году получили свое развитие в законодательных актах общего характера. Тем не менее, к осуществлению своих намерений Иван IV подошел лишь в 1555 году. Города и сельские общины были наделены правом выхода из-под надзора и юрисдикции великокняжеских управляющих посредством откупа. Денежные поступления должны были использоваться для выплаты жалования наличными тем мелким служилым людям, которые до настоящего времени находились на «кормлении». Наместники из числа представителей высшей аристократии упразднялись вообще.
Если бы эта новая система провинциального и городского самоуправления смогла развернуться полностью, то была бы достигнута переструктуризация, предполагающая участие, при этом с полной моральной ответственностью, самых низших слоев в управлении государством. Однако в центре не были намерены полагаться лишь на честность выборных сборщиков податей и добрую волю налогоплательщиков. Уже в 1551 году сбор налогов в особых случаях поручался двум московским купцам и двадцати гражданам данного города, которые несли за это ответственность в размере суммы, в два раза превышавшей их собственное состояние. Этим, кстати говоря, уже нарушалась новая административная система. Была достигнута лишь централизация управления, и путем отмены системы «кормления» упразднены наместники-аристократы.
Вследствие этой реформы возросло значение существующей центральной власти, которая не только укрепилась, но и расширила свои полномочия. В годы правления Ивана утвердилось ее название, «приказ», как признак институционализации государства в XVI веке. Приказы существовали как для отдельных отраслей деятельности, так и для территорий. Например, «посольский приказ» соответствовал министерству иностранных дел. Его значение росло по мере оживления и расширения связей с иностранными государствами. В этом приказе работал Адашев. Для вновь завоеванной Казани был создан Казанский приказ, который занимался всеми вопросами, связанными с присоединенными областями на востоке. В этой центральной администрации, где существовала обширная переписка, решающая роль принадлежала «дьякам», даже если во главе стояли преимущественно бояре, а все приказы подчинялись боярской думе как органу, осуществляющему надзор. Вследствие расширения центральной администрации, с одной стороны, и надзора Москвы за самоуправлением на местах, с другой стороны, были не только упразднены наместники из числа высшей аристократии, но и исключены особые притязания регионов.