Административной системе соответствовала и система организации армии. Уже в 1550 году Иван IV приказом запретил ведение споров за чины и звания во время походов против внешнего врага. В 1555 году он издал «Уложение о службе», которое точно определяло служебные обязанности в зависимости от размеров земельных владений. Очевидно, что царь стремился к увеличению числа мелких и средних вотчин. Кроме того, были созданы первые объединения состоящих на жаловании безземельных, объединенных в гарнизоны пеших воинов (стрельцов), а также соответствующих подразделений артиллерии. Это были зачатки регулярной армии, которая должна была обеспечить царю полную независимость от дворянского призыва старого образца. Царь предпринял попытку создать мобильную личную охрану из мелких служилых людей, осевших вокруг Москвы уже к 1550 году и представлявших собой отряд кавалерии. К этому прибавлялось все большее число татар, поступавших на московскую службу как в одиночку, так и целыми группами, а также казаков, вольных воинов различного социального и национального происхождения, преимущественно беглых крестьян, которые селились на территориях, граничащих с «Диким полем» — степью на юге и юго-западе, где колесили кочевники. На Дону и Днепре возникали казачьи поселения с более или менее жесткой организацией, во главе с выборным гетманом или атаманом; казаков брали на службу лишь от случая к случаю. Кроме того, на южных границах московского государства несли службу так называемые «городские казаки» — объединенные в гарнизон вспомогательные части для защиты границ. Казачество было не только в социальном отношении новым явлением в Москве и на сопредельных западных территориях — днепровские казаки находились под литовско-польским верховенством, — но и представляло собой определенную опасность, поскольку в условиях усиления гнета свободного крестьянства и ограничения его права свободного передвижения могло стать очагом возможных беспорядков, побуждающих к бегству и мятежу. С другой стороны, казаки, представлявшие собой мобильные кавалерийские отряды, постоянно совершали набеги на татар, прежде всего крымских. Мы еще встретимся с казаками-первопроходцами, осваивавшими восточные земли.
Реформы должны были не только лишить власти высшую аристократию, но и в первую очередь повысить боеспособность армии, ибо начиная с 1555 года велась подготовка к походу на Астрахань. В августе 1556 года и это татарское ханство было завоевано и присоединено к московскому государству. Таким образом, Волга, являвшаяся воротами торговых центров Средней Азии, на всем своем протяжении полностью находилась в руках Москвы. Уже за год до этих событий хан Едигер, властитель Западной Сибири, добровольно признал верховенство Москвы, направив туда своих послов. Иван IV отправил своего уполномоченного, который должен был определить размер дани в зависимости от числа крестьянских общин. Одновременно во всех бывших татарских ханствах создавались условия для деятельности христианских миссий. Уже в 1555 году по приказу Ивана в Москве состоялся собор, на котором было принято решение о возведении захваченной Казани в ранг христианского архиепископства и о создании монастырей. Иван приказал всем архиепископам и епископам оказывать вновь назначенному архиепископу Казани и вновь основанным монастырям помощь деньгами и продуктами. Началась огромная миссионерская работа древнерусской православной церкви в Азии. Неудивительно, что лишь несколько лет спустя (1564–1569 гг.) «Повесть об истоках Казанского царства, о победоносных сражениях московских великих князей с казанскими царями и о завоевании Казанского царства» восхваляла Ивана IV как прославленного православного царя. Еще около 1510 года монах псковского Елизарова монастыря Филофей в послании Василию III сформулировал позднее получившую известность теорию третьего Рима: «Два Рима пали, а третий стоит, а четвертому не быть». Разумеется, это была чисто теоретическая преемственность Рима и Византии. Теперь действительность, казалось, подтверждала эту преемственность. Иван IV, побеждавший неверных и насаждавший христианскую веру на обширных восточных и юго-восточных землях, олицетворял собой христианскую власть нового типа на востоке. Сам же властитель придерживался преподносившихся ему современниками легенд, согласно которым он вел свое происхождение от некоего Пруса, якобы являющегося братом императора Августа, а поэтому стоит выше всех остальных властителей, и равны ему лишь римские императоры Западной Европы.