Создание опричнины ввергло московское государство в тяжелый внутренний кризис. Среди опричников были отнюдь не только иностранные наемники и всякий пришлый сброд, но и люди, отобранные Иваном из числа его прежней свиты, из приказов и боярской думы, в том числе и представители высшей аристократии. Они представляли собой банду злобных и жестоких разбойников, которая наводила страх на всю страну. Молодчики в черных одеждах, с метлой и собачьей головой на седле, знаком их принадлежности к опричнине, стали бичом всей страны. Чрезвычайно наглядно Генрих фон Шаден изобразил свирепость опричников, которая отнюдь не всегда была направлена лишь пробив высшей аристократии: «У всех крестьян страны зимой, в Юрьев день, был свободный выход; они могли принадлежать, кому хотели (то есть могли сменить помещика). И тех, кто не хотел по-хорошему (то есть добровольно) уйти из земщины под опричнину, забирали силой в любое время. После этого их дома грабились и сжигались. Многие тысячи богатых купцов и многие бояре и богатые торговцы (то есть торговавшие с дальними странами) из земства, не состоявшие на воинской службе, вместе с наследством, чадами и домочадцами и всем, что имели, отправлялись к тем опричникам, с которыми были знакомы, продавали им свои наследственные имения и считали, что свободны от всех других опричников (то есть искали защиты). А когда те же опричники их грабили, то говорили им: «Мы не можем вас больше содержать, ведь вы знаете, что мы не хотим иметь ничего общего с земскими, да и клятву мы давали; идите, откуда пришли!» И они благодарили Бога, что вырвались целыми и невредимыми. Опричники прочесали всю страну, города и села, относящиеся к земству, чего великий князь не одобрял. Они сами отдавали себе приказы, как если бы великий князь распорядился того или другого представителя знати, у которого предполагались деньги, убить вместе с женой и детьми, а их деньги и добро забрать в казну великого князя. Много в земстве творилось убийств и избиений, всего и не описать».
Земли, отданные опричнине, в конце концов включили в себя, наряду с небольшими областями к западу от Москвы, вокруг Вязьмы, Белева, Козельска и Перемышля, вокруг Можайска и Старицы, также огромные территории между Белым морем, Ладожским озером и верхней Волгой. Под контролем опричников были, в первую очередь, торговые пути, ведущие на запад и север. В 1569 году Иван приказал убить в Старице ненавистного двоюродного брата Владимира Андреевича и его мать. Митрополит Афанасий отказался от сана (1566 год), его преемник Герман, который потребовал от Ивана отмены опричнины, был немедленно смещен, и его место занял настоятель Соловецкого монастыря на Белом море Филипп. Но и он воспротивился переменам, введенным Иваном, и отказал ему в церковном благословении. Разъяренный царь 8 ноября 1568 года избил его и заставил послушный ему собор сместить Филиппа и сослать в монастырь. Там он был убит опричником, стяжавшим наиболее дурную славу, Малютой Скуратовым. «Этот был самым большим баловнем», — с иронией говорит о нем Генрих фон Штаден. Та же судьба постигла двух новгородских епископов и многочисленных других представителей духовенства. Царь, который сам много занимался вопросами религии и вел беседы на религиозные теми с зарубежными теологами, не только допустил это, но и устраивал со своими опричниками оргии в монастырских стенах, во время которых сам выступал в роли «игумена».
О свирепости опричников, вспышках безудержного гнева у царя, правовом нигилизме, от которых страдали и иностранные торговцы, вскоре заговорили не только у соседей, но и по всей Европе. Однажды опричники захватили английский корабль, следовавший вверх по Волге, и полностью разграбили его. Это повредило торговым отношениям, к которым так стремился Иван. Неспокойная обстановка внутри страны заставляла крестьян бежать в приграничные районы, в результате чего центральные районы России в значительной степени обезлюдели! Опричники-иностранцы (кроме Генриха фон Штадена среди них были и другие немцы, ливонцы и вестфальцы) пытались покинуть службу после того, как Иван начал преследование руководящей верхушки опричников. В народе считали, что ответственность за все беды периода кризиса лежит на царице Темрюковне. Однако это была просто ненависть к кавказцам, которая после смерти царицы, последовавшей в 1569 году, была перенесена на ее брата Михаила. В течение некоторого времени он играл значительную роль в окружении Ивана, но в 1571 (или 1572) году был казнен. В летописи целые страницы занимают списки тех, кого царь приказал казнить или сослать… Никто не был уверен в своей безопасности.