Когда Иван IV возвратился в Александровскую слободу, начались поиски виновных в случившейся катастрофе. Из шести воевод территории, находившейся под властью опричнины, трое были казнены, в том числе заместитель верховного главнокомандующего московской армии в сражении с татарами князь Темкин-Ростовский. Это было знаком того, что царь утратил доверие к опричнине.
К тому же царь решил жениться в третий раз. Смотрины невесты, на которых царю по восточному обычаю было представлено свыше 2000 девушек из аристократических семейств, происходили в Александровской слободе. Выбор пал на девушку из старинной семьи придворной знати, Марфу Собакину из дома Ногаев. Однако юная царица скончалась спустя лишь две недели после свадьбы. Теперь Иван обвинил опричников, окружавших его в Александровской слободе в том, что они ее убили. Это событие, по-видимому, заставило Ивана IV после возвращения в Москву распустить опричнину и объединить ее администрацию с земщиной. Из всех предводителей опричников добрую память по себе оставил у Ивана один только Малюта Скуратов, худший из них, который умер в Ливонии от раны, полученной в бою. Когда в 1572 году татары во главе с Девлет-Гиреем вновь двинулись на Москву, верховным главнокомандующим Иван IV назначил князя Михаила Ивановича Воротынского, которому и удалось отразить врага. Этот факт подтвердил, что старая система организации армии более пригодна для защиты границ. Иван IV, находившийся в Новгороде, получил доказательство того, что человек, которого он в период опричнины даже на некоторое время заключил в тюрьму, проявил себя более надежным, способным и отважным, чем опричники, которым царь доверял в течение семи лет.
Теперь опричникам была уготована та же судьба, на которую они обрекали столь многих жителей территорий земщины, сгоняя их с собственных подворий. Иван возвратил все угодья бывшим владельцам конфискованных или отчужденных земель. Теперь опричники и их сподвижники были вынуждены отступить. Подсчитано, что эта новая волна переселений захватила около 15000 семей. В целом опричнина и связанный с нею террор, а также ее ликвидация семь лет спустя затронули в той или иной мере, по-видимому, половину принятых на военную службу москвитян. Разумеется, это решающим образом сказалось не только на экономике, и в первую очередь на крестьянских поселениях, в особенности в центральной России, но и на обороноспособности московского государства.
В этот период, вероятно, непосредственно после нападения татар и горького разочарования, пережитого царем, во время пребывания в Новгороде вскоре после заключения четвертого брака с Анной Колтовской, которая прожила с ним всего три года, — затем она была заключена в монастырь в качестве монахини и пережила его на несколько десятилетий — Иван IV составил набросок завещания. Оно сохранилось лишь в черновом варианте, однако очевидно, насколько потрясли царя события последнего времени. Тот примечательный факт, что наряду со старшим сыном Иваном, назначенным престолонаследником, и младшим, Федором, на слабоумие которого в черновике завещания имеется совершенно недвусмысленное указание, он упоминает и князя Воротынского, свидетельствует о переломе, который произошел в его сознании. Несмотря на то, что и в завещании он не может преодолеть впечатлений, полученных в детстве, и здесь также говорит об окружающих его «изменниках», это означает признание самому себе в том, что с бандой разбойников-опричников можно в лучшем случае устраивать оргии, но не управлять государством или защищать его.