В августе 1583 года Понту с де ла Гардье также вынудил царя к перемирию, которое было заключено на реке Плюссе под Нарвой. Ивану IV пришлось согласиться на то, чтобы признать захваченные шведами эстонские и ингерманландские территории собственностью Швеции. Завоеванные эстонские земли в 1584 году стали герцогством Эстонским и были присоединены к владениям шведской короны. Москва потеряла не только Нарву, теперь она была полностью отрезана от Балтийского моря.
В период, когда шли переговоры 1581 года, случилось нечто, о чем современники Ивана IV говорили лишь с содроганием. В ноябре 1581 года царь и его старший сын и наследник престола повздорили друг с другом. Псковская летопись сообщает, что Иван младший упрекал отца в том, что тот не в полную силу пытался отстоять Псковскую крепость. По версии же Антония Поссевина жена Ивана-младшего, которая была на последнем месяце беременности, попалась навстречу царю в одежде, не вполне соответствовавшей чопорным восточным обычаям. Царь избил ее палкой, окованной железом, которую всегда носил при себе. Той же ночью у молодой женщины произошел выкидыш. Иван младший поспешил к царю и призвал его к ответу. В ярости Иван IV набросился на сына, вооруженный той же палкой, и бил его, пока тот не перестал подавать признаков жизни. По-видимому, совершенное убийство повергло самого царя в ужас. Сообщают, что он собрал присутствовавших бояр, — дело происходило в Александровской слободе — сообщил им, что убил своего собственного сына и что не желает больше править, и просил их поразмыслить над тем, кому занять царский трон. Однако бояре, наученные имеющимся опытом, проявили осторожность, поскольку подозревали ловушку. Они заявили, что речь не может идти ни о каком другом наследнике престола, кроме царевича Федора, младшего сына, и просили Ивана IV не отрекаться. Неизвестно, ожидал ли царь какой-либо другой реакции. Во всяком случае, публично он выразил скорбь по убитому сыну и постоянно говорил о том, что осознает всю тяжесть вины, которую взвалил на себя. Не вполне понятно, до какой степени следует принимать всерьез откровения человека, уже явно больного. Впрочем, он, без сомнения, был движим заботой о благе государства. В 1576 году он отправил наскучившую ему четвертую жену, Анну Колтовскую, в монастырь. С двумя следующими женами, Анной Васильчиковой и Василисой Мелентьевой, он не был венчан в церкви, и в источниках они не носят титула «царицы». В 1581 году он женился на Марии Федоровне Нагой, которая происходила из того же рода, что и третья жена, Марфа Собакина. Мария в 1582 году родила сына Дмитрия, с загадочной судьбой которого связан длительный период «смутного времени» в московском государстве. По-видимому, Иван не думал о престолонаследии для малолетнего Дмитрия в связи с неизбежностью регентства.
На долю человека, тяжело больного физически и духовно, чтобы не сказать сломленного, выпало еще одно политическое свершение, имевшее большое историческое значение. Его планы на западе потерпели неудачу, поэтому своего рода компенсацией могла стать экспансия развивающегося русского государства на восток. Еще в 1558 году купец Григорий Строганов получил от царя грамоту на владение землями по ту сторону Камы. Он мог поселиться там, заниматься охотой и рыбной ловлей, подчинить себе еще не покоренные народности и разрабатывать встретившиеся полезные ископаемые. Царь сохранял эту территорию за Строгановыми даже в самые тяжкие времена опричнины, она быстро росла в направлении на восток и вскоре распространилась за Урал. Местные народности были обложены данью, любые восстания и попытки освобождения жестоко подавлялись. Строгановы сформировали собственное войско, с помощью которого держали свои территории в жестком подчинении. С 1579 года они принимали на службу донских казаков, среди которых видную роль играли Ермак Тимофеевич и Иван Кольцо. Они были первыми казаками, которые ступили на сибирскую землю. Вскоре выяснилось, что она чрезвычайно богата различными дарами природы. Возникли первые рудники по добыче железа, меди, олова и свинца. Кроме того, было обнаружено золото. Иван IV не без удовольствия взирал на зачатки собственной горной промышленности, равно как и на смелое продвижение на восток Ермака, который в 1582 году добрался до Тобола и Иртыша. На Тоболе в 1587 году был основан Тобольск. Несмотря на то, что добываемые в Сибири металлы вначале лишь в весьма незначительной степени могли стать заменой их экспорта с запада, прорыв Ивана на восток имел решающее значение для будущего России.