Тем напряженнее шла работа по обороне и укреплению других границ. Смутное время и западные войны остановили развитие военной колонизации и расширение укреплений на юге, со стороны степной украйны. Но южная граница по-прежнему требовала постоянного наблюдения и охраны. Против набегов из Крыма приходилось по-старому ежегодно выдвигать к ней обсервационные отряды, и эта постоянная «полковая» служба поглощала много сил. По заключении Поляновского мира правительство возвращается к сооружению на юге укрепленной черты, к постройке городов и заселению пограничной полосы военно-служилыми поселенцами. В 1636 г. построены Козлов, Тамбов, Верхний и Нижний Ломовы. В конце 1630-х и в 1640-х гг. идет усиленное строительство, которое при царе Алексее было завершено соединением городов и рассыпанных между ними мелких острогов непрерывной линией укреплений и засек в крепкую Белогородскую пограничную черту. Это было большое дело; оно потребовало, правда, крупных средств – и материальных, и людских, но зато закрепляло восстановление государственной территории и ее безопасность. После этого в южных областях стали появляться новые поселенцы не только из великорусского центра, но и из-за польского рубежа: в 1638 г. после усмирения казацкого восстания целый полк гетмана Остраницы поселился у Чугуева городища. Казаков наделили землей, денежным и хлебным жалованьем и назначили к сторожевой пограничной службе. Однако эта первая волна малорусского переселения, получившего столь широкое развитие во вторую половину XVII в., скоро схлынула обратно. Большая часть казаков ушла в 1643 г. назад в Польшу от нелегкой московской службы и от московских воевод.
Восстановлялось, хотя медленно, и русское колонизационное движение в Поволжье, приобщавшее все новые области к русской гражданственности и московской государственности. В первую четверть XVII в. мирная колонизация двинулась за Каму и устраивалась тут в многоземельных местах, не требуя правительственной поддержки. Но в 1630-х гг. восточная окраина увидала новую силу – калмыков, перекочевывавших из Азии. В 1640-х гг. началась постройка укреплений за Камой «для обереганья от приходу калмыцких людей», в 1650-х она завершилась организацией Закамской черты. Под защитой новых укреплений усилилось в начале царствования Михаила Феодоровича заселение «прихожими людьми разных городов» Самарской луки и берегов вниз по Волге. Впрочем, в этом направлении развитие русской колонизации за всю первую половину XVII в. весьма незначительно. Но русскую силу неудержимо привлекали на Восток богатые промысловые угодья и свободные земли. Пионеры этого движения достигли в царствование Михаила Феодоровича берегов Охотского моря и начали заселение берегов Енисея и Лены. В 1619 г. возник Енисейск, опорный пункт подчинения тунгусов, в 1620-х гг. Красноярск, центр господства над инородцами верхнего Енисея. Отсюда поступательное движение русских направилось на подчинение тунгусов и бурят. Самочинными действиями сибирских казаков захвачены были пункты по Лене, и Якутский острог, построенный в 1672 г., как и ряд других укрепленных пунктов, намечал этапы этого движения и исходные точки его дальнейшего развития. В 1640-х гг. русские люди стали уже твердой ногой в Анадырском краю, в Забайкалье и проникли на Амур. Разбросанные на огромных пространствах Сибири русские городки и остроги намечали, так сказать, вчерне будущее освоение этой территории русской колонизацией и русским государством. На юге укрепленная граница определила лишь временный этап русского векового движения к Черному морю. На востоке – граница, неопределенная, расплывающаяся в неисследованных пространствах, беспокойная вследствие частых столкновений с инородческими племенами, манила ясаком, промысловыми богатствами, легкой добычей для предприимчивости населения и казны государевой. На западе – два «вечных» мира с обоими вековыми врагами, принудившие отказаться от давних и важных приобретений – морского берега и западных украин, – служили не столько гарантией покоя, сколько напоминанием о неизбежном возобновлении борьбы за культурные и торговые пути в Западную Европу и за национальное господство объединенной народности в Восточно-Европейской равнине.