Во всех этих планах роль самого царя Михаила была, по-видимому, совершенно пассивна. Современники передают, что он был сильно огорчен делом Хлоповой и на родительские проекты иного брака отвечал: «Обручена ми есть царица, кроме ее иные не хощу пояти», но, несмотря даже на желание отца-патриарха, чтобы этот брак состоялся, верх взяла воля великой старицы Марфы, и царь «презре себе Бога ради, а матерня любве не хоте презрети», смирился перед ней и послал в Нижний Новгород извещение, что Марью Хлопову государь «взять за себя не изволили».
Царю Михаилу исполнилось уже 29 лет, когда мать выбрала для него новую невесту, княжну Марью Владимировну Долгорукову, дочь князя Владимира Тимофеевича; тот же летописец сообщает московское мнение, что царь вступил в этот брак «аще и не хотя, но матери не преслушав». В июне 1623 г. состоялся сговор, и в сентябре, во время брачных торжеств, молодая царица занемогла, а в январе 1624 г. скончалась. В Москве, под свежим впечатлением дела Хлоповой, заговорили, что царицу Марью Владимировну «испортили» и что произошло это от «зверообразных человек», которые не хотели «в послушании пребывати» у своего государя, а стремились «своевольни быть». Так тяжко складывалась судьба царского брака. Быть может, эти перипетии привели к тому, что новый выбор невесты для государя произошел, по преданию, в форме «смотрин», на которых царь Михаил избрал Евдокию Лукьяновну Стрешневу, дочь незначительного рядового дворянина Лукьяна Степановича. 5 февраля 1626 г. состоялось царское бракосочетание, создавшее наконец личную семью царя Михаила. Но и эта новость в царском быту не умалила дворцового господства «великой старицы» Марфы Ивановны. Царица-невестка, видимо, подпала под полную зависимость от свекрови. При ней состоял тот же духовник, что при старице Марфе, ее делами ведает дьяк «великой старицы», при внуках-царевичах и внучках-царевнах – боярыни-мамки по выбору старицы Марфы. Мать государева сопровождала царя и царицу на всех их «богомольных походах» или ездила одна с царицей по монастырям. В дворцовом обиходе по-прежнему всюду чувствуется ее твердая рука.
В начале 1630-х гг. государев «верх» вдруг осиротел. «Великая старица» Марфа Ивановна давно носила в себе серьезную болезнь; из горьких испытаний Смуты она вышла бодрая духом, но подверженная каким-то болезненным припадкам. Тем не менее кончина постигла ее неожиданно для окружающих 27 января 1631 г., а через три года, 1 октября 1633 г., сошел в могилу и патриарх Филарет Никитич. После стольких тяжелых впечатлений детства и юности мягкая натура царя Михаила не могла не быть удручена этими потерями. Но ими не кончились испытания, назначенные ему судьбой. В семейной жизни царь испытал еще ряд ударов. 17 марта 1629 г. родился, после нескольких детей женского пола, желанный первенец, царевич Алексей; в 1634-м – второй сын, Иван, но он умер пятилетним ребенком, и в том же 1639 г. скончался, «немного пожив», новорожденный царевич Василий. Следующие годы были отравлены осложнениями, какие вызвал проект брака старшей дочери царской, Ирины Михайловны, с Вольдемаром, принцем датским, третьим сыном короля Христиана. Принца вызвали в Москву в 1643 г., хотя знали, что король ставит неприемлемые условия: свободу вероисповедания для королевича и его двора, сохранение западных бытовых навыков иноземной свиты, какую он сохранит при себе. Пошли долгие пререкания о перемене веры, причем царь Михаил пытался лично убедить Вольдемара, что ему необходимо вторично принять святое крещение. Тщетно просил принц отпустить его домой, пытался даже бежать; его отпустил только царь Алексей Михайлович летом 1645 г.
Царь Михаил Феодорович скончался в ночь с 12 на 13 июля 1645 г., оставив о себе память необычайно мягкого и доброго человека, который был так милостив к окружающим, что «любляше и миловаше их и вся подаваше им, яко они прошаху», хотя за добро ему часто платили заносчивой непокорностью и своеволием; предание сохранило одну черту, дополняющую этот облик: большую любовь к цветам. Царь Михаил много тратил казны на выписку из-за границы редких растений для своего сада; для него впервые ввезены в Россию садовые розы, красота и аромат которых не были до него у нас известны. Видно, что крутая энергия родителей, как часто бывает, наложила печать мягкой, созерцательной пассивности на его натуру. К тому же царь Михаил никогда не отличался крепким здоровьем, а вторую половину жизни так «скорбел ножками», что часто не мог ходить, а возили его в возке. От «многого сиденья» организм слабел, нарастала лимфатическая вялость. Под конец жизни царя врачи отмечали в нем «меланхолию, сиречь кручину».