Чтобы подрезать в корне могущество Бориса, враждебная ему партия, имея на своей стороне многих московских купцов, собралась подать царю челобитную о разводе с бездетной Ириной и вступлении в новый брак «царского ради чадородия». Но Борис при своем влиянии на царя и при любви последнего к Ирине, а также благодаря своей ловкости осилил своих противников, и дело кончилось пострижением князя Ивана Федоровича Мстиславского, ссылкой Шуйских, в том числе Ивана Петровича, свержением митрополита Дионисия и вообще опалой их сторонников.
На место Дионисия был посвящен в митрополиты ростовский архиепископ Иов, вполне преданный Борису человек. Теперь у Бориса не было более соперников: он достиг такой власти, какой не имел ни один из подданных. Все, что делалось московским правительством, делалось по воле Бориса, он принимал иностранных послов, переписывался и передаривался с иностранными государями: императором Австрийским, королевой Английской, ханом Крымским.
Разрешение сноситься с иностранными государями было дано Борису официально в 1587 году. Внешняя политика за время правления Бориса отличалась осторожностью и преимущественно мирным направлением, так как Борис сам был неискусен в ратном деле и по характеру своему не любил рискованных предприятий. С Польшей, от которой в предыдущее царствование понесли тяжелые поражения, старались поддерживать мир, хотя и путем перемирий, а в 1586 году, когда скончался король Стефан Баторий, была сделана попытка, впрочем неудавшаяся, устроить избрание в польские короли царя Федора Иоанновича или Максимилиана, эрцгерцога Австрийского.
Царь Федор Иоаннович делает Бориса Федоровича Годунова правителем России. Художник В. А. Чориков
Со Швецией в 1590 году, когда убедились, что Польша не окажет ей помощи, начали войну, причем сам царь выступил в поход в сопровождении Бориса и Федора Никитича Романова. Благодаря этой войне возвращены были отнятые шведами при Иоанне Грозном города Ям, Иван-город, Копорье и Корела.
Отношения с крымскими татарами были натянутые вследствие их частых набегов на южную окраину. Летом 1591 года крымский хан Казы-Гирей с полуторастатысячной ордой пошел к самой Москве, но, потерпев неудачу в мелких стычках с московскими войсками, отступил, причем понес большие потери от преследовавших его русских отрядов.
За отражение хана Борис получил три города в Важской земле и звание слуги, которое считалось почетнее боярского. За этот неудачный поход татары отплатили в следующем 1592 году нападением на каширские, рязанские и тульские земли, причем увели много пленных.
С Турцией московское правительство старалось сохранить по возможности добрые отношения, хотя действовало вопреки турецким интересам: поддерживало в Крыму враждебную Турции партию, старалось возбудить персидского шаха против Турции, посылало цесарскому двору субсидии деньгами и мехами на войну с турками.
В 1586 году кахетинский царь Александр, теснимый с одной стороны турками, с другой – персиянами, отдался под покровительство России. Ему послали священников, иконописцев, огнестрельные снаряды и возобновили крепость на Тереке, построенную при Грозном; оказали помощь против враждебного Александру тарковского владетеля, но защищать против турок не решались. Англичанам, которые пользовались особенным расположением Бориса, в 1587 году позволено было торговать в России беспошлинно вольной торговлей, но в то же время отказано в их просьбе воспретить другим иноземцам торговлю в России.
В высшей степени замечательна деятельность Бориса по отношению к окраинам Московского государства, как колонизатора и строителя городов. В земле черемисов, усмиренных в начале царствования Федора, для избежания восстаний на будущее время был построен ряд городов, населенных русскими людьми: Цивильск, Уржум, Царев, город на Кокшаге, Санчурск. Нижняя Волга, где опасность представляли ногаи, была обеспечена постройкой Самары, Саратова и Царицына, а также постройкой в Астрахани в 1589 году каменной крепости. Построен был город и на отдаленном Яике (Урале).
Для защиты от опустошительных набегов крымцев Борис воздвиг крепости на южной степной окраине: Курск, Ливны, Кромы, Воронеж, Белгород, Оскол, Валуйки, под прикрытием которых только могла идти на юг русская колонизация. Насколько эти укрепления были неприятны татарам, видно из грамоты крымского хана Казы-Гирея, в которой хан, притворяясь доброжелателем московского правительства, убеждает не строить городов в степи, так как они, находясь близко от турецкой и татарской границ, могут тем легче подвергнуться нападению как со стороны турок, так и татар.