В пользу избрания Бориса, кроме свойства с покойным царем, всего более говорило долголетнее пользование царской властью при Федоре, а царствование Федора рассматривалось современниками как царствование счастливое. Сверх того, долголетнее пользование верховной властью дало Борису и его родственникам громадные средства и связало с его интересами интересы всей тогдашней администрации Московского государства.
С самого начала патриарх предлагает Бориса в цари и, сопровождаемый боярами, духовенством и народом, просит Бориса принять царство, но получает от него решительный отказ. Чтобы сломить упорство Бориса, созывается Земский собор. 17 февраля выборные собрались к патриарху; большинство из них состояло из духовенства, покорного патриарху, и служилых людей, сторонников Бориса. После речи Иова, прославлявшей Бориса, Земский собор единогласно постановил «бить челом Борису Федоровичу и кроме него никого на государство не искать». 21 февраля после многих упрашиваний под угрозой отлучения от Церкви Борис согласился исполнить просьбу земских людей.
Эти неоднократные отказы со стороны Бориса объясняются сначала ожиданием избрания от Земского собора, а затем русским обычаем, который требовал всякую почесть, даже простое угощение, не принимать по первому приглашению. 30 апреля Борис переехал из Новодевичьего монастыря в Кремль и поселился с семьей в царском дворце. Слухи о нашествии крымцев заставили Бориса вскоре выступить из Москвы во главе огромного войска и остановиться в Серпухове, но вместо орды явились послы от хана с мирными предложениями.
В стане под Серпуховом Борис угощал служилых людей пирами, одарял их, и они остались очень довольны новым царем: «Чаяху и впредь себе от него такого жалованья». Из этого похода царь с торжеством вернулся в Москву, как бы после великой победы. 1 сентября, в день нового года, Борис венчался на царство. Во время венчания, под влиянием радостного чувства у осторожного, сдержанного Бориса вырвались слова, поразившие современников: «Отче великий патриарх Иов! Бог свидетель сему, никто же убо будет в моем царствии нищ или беден!» Тряся за ворот сорочки, царь прибавил: «И сию последнюю разделю со всеми». Царское венчание, кроме пиров во дворце, угощений народа, пожалований в чины, сопровождалось необыкновенными милостями: служилым людям выдано двойное годовое жалованье, купцам дано право беспошлинной торговли на два года; земледельцы освобождены на год от податей; есть известие, что было определено, сколько крестьяне должны были работать на помещиков и платить им; вдовам и сиротам розданы деньги и съестные припасы; освобождены заключенные из темниц и получили вспоможение; иногородцы также были освобождены на год от податей.
Царь Борис Федорович Годунов. Рисунок из «Титулярника»
Первые годы царствования Бориса были как бы продолжением царствования Федора Ивановича, что очень естественно, так как власть оставалась в тех же руках. Современники хвалят Бориса, говоря, что «он цвел благолепием, видом и умом всех людей превзошел; муж чудный и сладкоречивый, много устроил он в Русском государстве достохвальных вещей, ненавидел мздоимство, старался искоренять разбои, воровство, но корчемство не мог искоренить; был светлодушен и милостив и пищелюбив».
В 1601 году Борис снова разрешил переход крестьян во всей России, кроме Московского уезда, но лишь от мелких владельцев к мелким.
Как человек умный, Борис сознавал отсталость русского народа в образовании сравнительно с народами Западной Европы, понимал пользу науки для государства. Есть известие, что Борис хотел завести в Москве высшую школу, где бы учили иностранцы, но встретил препятствие со стороны духовенства. Борис первый решился послать несколько юношей учиться в Западную Европу: в Любек, Англию, Францию и Австрию. Эта первая отправка русских учеников за границу была неудачна: все они там и остались. Борис посылал в Любек приглашать в царскую службу врачей, рудознатцев, суконщиков и разных мастеров. Приезжавших в Москву немцев из Ливонии и Германии царь принимал весьма ласково, назначал им хорошее жалованье и награждал поместьями с крестьянами.
Иностранные купцы пользовались покровительством Бориса. Из иноземцев, преимущественно из ливонских немцев, составился особый отряд царской гвардии. При Борисе состояло шесть иностранных медиков, получавших огромное вознаграждение. Немцам разрешено было построить в Москве лютеранскую церковь. Есть известие, что некоторые из русских, желая подражать по внешности иностранцам, стали брить бороды. Пристрастие Бориса к иностранцам возбуждало даже неудовольствие в русских людях.