Руководство всем делом сосредоточилось в «Царском шатре на Воронеже». Для непосредственного управления «кумпанствами» и адмиралтействами (верфями) Петр I назначил главу Владимирского судного приказа окольничьего А.П. Протасьева, получившего звание «адмиралтейца».
В Воронежском адмиралтействе и на 9 других верфях трудились тысячи крепостных крестьян, корабельные мастера, офицеры и матросы приглашались из-за границы. В 1694–1699 годах из Голландии, Англии, Дании, Швеции, Венеции прибыло до 170 одних только корабельных мастеров и подмастерьев, из которых около 80% составляли голландцы.
Однако уже в 1697 году Петр I направил за границу для обучения кораблестроению и навигации 60 молодых дворян, а вскоре и сам в составе Великого посольства, вместе с ближайшими помощниками, поехал учиться морскому делу. В 1697–1698 годах царь постигал практику кораблестроения в Голландии, теорию — в Англии, получил аттестат корабельного мастера, привезя в Россию не только знания и навыки, но и модели кораблей, книги, приборы и инструменты.
С 1698 года первых российских моряков обучал в своей «навигацкой школе» на реке Миус уроженец берегов Адриатики М. Меланкович. В августе 1699 года в Москве начал преподавание навигации и астрономии приглашенный Петром I воспитанник Эбердинского университета Генри (Андрей Данилович) Фарварсон (умер в 1739 г.).
14 января 1701 года в столице, в Сухаревой башне, указом Петра было основано первое в России высшее светское учебное заведение — «Школа математических и навигацких наук», или Навигацкая школа. Профессором навигации и астрономии в школе стал А.Д. Фарварсон, математику преподавал Л.Ф. Магницкий, автор известного учебника по арифметике. Школа была рассчитана на 200 человек и выпускала навигаторов, которые после практики на флоте по экзамену становились морскими офицерами или штурманами, а также специалистов для армии и гражданской службы. Вначале Петру I пришлось загонять некоторых дворян в школу грозными указами, а в 1711 году в ней обучалось уже 500 учеников в возрасте от 15 до 33 лет.
К 1700 году «кумпанства» построили 134 различных корабля и судна, однако качество последних из-за поспешности постройки, низкой квалификации мастеров и финансовых злоупотреблений оставляло желать много лучшего. Указом от 20 апреля 1700 года строительство кораблей было полностью передано от кумпанства государству. Казнокрада А.В. Протасьева Петр I заменил Ф.М.Апраксиным, поставленным во главе нового Адмиралтейского приказа.
Федор Матвеевич Апраксин (1661–1728 гг.), родственник дома Романовых (брат царицы Марфы, жены царя Федора Алексеевича), был в числе первых сподвижников Петра I по созданию «потешных» войск и флота. С 1693 года в должности двинского воеводы и губернатора Архангельска он руководил там созданием новой верфи для морских судов, потом участвовал во втором Азовском походе и изучал морское дело в составе Великого Посольства. Проявил себя незаурядным администратором, а впоследствии полководцем и флотоводцем и с 1706 года возглавил российский флот. В 1700–1706 годах Ф.М. Апраксин непосредственно руководил строительством кораблей, адмиралтейств в Воронеже и Таврове, военного порта в Таганроге, где предполагалось устроить гавань для помещения 200 судов.
Вернуть Азов и вообще направить против России сколько-нибудь значительные силы Турция не могла: она увязла в войне на западе империи. Несмотря на моральную поддержку со стороны Франции, которая даже провела военную демонстрацию против австрийцев на Рейне, османам не удалось добиться успехов. Сказалось качественное превосходство войск союзников по «Священной лиге».
Решающее сражение войны произошло в сентябре 1697 года при Зенте, у реки Тисы. Войско султана было разгромлено австрийской армией с потерей до 30 тысяч человек только убитыми. Погиб и великий везир, а сам Мустафа II едва спасся бегством.
В октябре следующего года в местечке Карловицы (Славония) собрался конгресс для заключения мира. Посредниками выступили представители Англии и Голландии, объединенных тогда одной короной (голландский штатгальтер Вильгельм Оранский был одновременно и английским королем — Вильгельмом III).
Россию представлял думный советник П.Б. Возницын, который добивался уступки Турцией Азова и завоеванных русской армией поднепровских городков, а также передачи Керчи. Однако здесь россияне в первый, но отнюдь не в последний раз столкнулись с коварством союзников и недоброжелательностью посредников, которые не только не настаивали на условиях, предложенных Петром I, но и поддерживали позицию турецкой стороны.