Как показали последующие события. Центральная рада не получила всенародной поддержки, а непримиримая позиция сторон и поспешные решения вскоре вызвали вооруженную конфронтацию — гражданскую войну. Центральная рада официально не претендовала на Крымский полуостров и Черноморский флот. Тем не менее, борьбу за «украинизацию» этого флота повела созданная ею в Киеве Морская генеральная рада. В октябре — декабре 1917 года, под влиянием националистов, украинские флаги подняли эскадренный миноносец «Завидный», крейсер «Память Меркурия» и линкор «Воля». Правда, на последнем этот флаг спустили, после того как линкор в знак протеста покинули 700 матросов.
Флот, ослабленный также частичной демобилизацией и самовольным оставлением кораблей матросами и офицерами, острой политической и даже вооруженной борьбой, быстро приходил в упадок.
С февраля 1918 года флот в соответствии с декретом Совнаркома о создании РККФ комплектовался на добровольной основе, по вольному найму. Избытка добровольцев не наблюдалось, и к апрелю в Черноморском флоте насчитывалось всего 7 тысяч матросов против почти 48 тысяч в начале 1917 года. Из-за этого пришлось разоружить три линейных корабля, все крейсера, несколько малых миноносцев и подводных лодок.
На мирных переговорах с Германией в Брест-Литовске вновь столкнулись непримиримые позиции Совнаркома и Центральной рады. И пользу из этого извлекла… Германия. 9 января 1918 года торопясь сохранить за собой государственные посты в «самостийной» державе (большевики вот-вот могли захватить Киев), представители Центральной рады заключили сепаратный мир с Германией. В обмен на помощь против большевиков рада любезно обязалась предоставить Германии и Австро-Венгрии большое количество продовольствия, в том числе 1 млн. тонн хлеба. Так своеобразно киевское правительство понимало интересы украинского народа. Для московского правительства договор Центральной рады с Германией явился тяжелым ударом и обострил борьбу внутри самой партии большевиков. 18 февраля 1918 года германские войска начали повсеместное наступление, и только 3 марта на весьма тяжелых для Советской России условиях был заключен Брест-Литовский мирный договор.
Правда, фактически договор строго не выполнялся ни германским правительством, ни Совнаркомом. Борьба продолжалась, германские войска при содействии гайдамаков оккупировали Киев, Одессу, Николаев, заняли Перекоп — ворота на Крымский полуостров.
Значение Черноморского флота к этому времени хорошо понимали все политические силы и противоборствующие стороны. Большевистский Совнарком, не без основания опасавшийся захвата флота Германией, уже санкционировал предложение Коллегии Морского Комиссариата о перебазировании сохранившихся в строю кораблей в Новороссийск.
Выполнить это решение оказалось не так просто: реальной советской власти в Крыму не существовало, на кораблях бушевали политические страсти. В сложном положении оказался командовавший флотом бывший контр-адмирал М.П. Саблин, который искренне хотел сохранения флота для России, но не одобрял политической линии большевиков. До последнего момента Саблин пытался найти компромисс. Он даже согласился поднять украинские флаги и отдал приказание на выход главных сил только после провала переговоров с германским командованием. Большую решимость и инициативу в спасении флота тогда проявили командиры эскадренных миноносцев «Калиакрия» и «Керчь» Е.С. Гернет и В.А. Кукель-Краевский. Линкоры покинули Севастополь под огнем германских орудий, а часть кораблей так и не смогла выйти из бухты. Эскадренный миноносец «Гневный», не выдержав обстрела, выбросился на берег.
1–2 июня 1918 года действующий Черноморский флот сосредоточился в Новороссийске, а разоруженные корабли и все подводные лодки немедленно были захвачены немцами.
Германское командование, заменившее безответственную Центральную раду в Киеве новым правительством гетмана Скоропадского, недолго торжествовало победу. Не за горами было поражение Германии. На юге России еще более двух лет продолжалась кровопролитная борьба, в огне которой сгорел Черноморский флот. С осени 1918 года в этот огонь заботливо подливали масло бывшие союзники России — Великобритания, Франция, США.
18 июня 1918 года, под угрозой захвата германскими войсками Новороссийска, в ближайших бухтах по секретному приказу Совнаркома были затоплены линкор «Свободная Россия», одиннадцать эскадренных миноносцев и миноносцев. Решение о затоплении, обоснованное по существу, выполнялось поспешно и в обстановке ежедневной смены политических настроений команд. В результате подрыва и затопления на больших глубинах почти все эти корабли стали безвозвратными потерями: впоследствии удалось восстановить только один эскадренный миноносец.