В начале XX в. и во время русско-японской войны морским министром был вице-адмирал Ямамото, последовательный сторонник наращивания морской мощи Японии. Вице-министром состоял контр-адмирал Сай-то, один из самых молодых и энергичных флагманов.
Все корабли японского флота были приписаны к четырем главным военным портам — Сасебо, Йокосука, Куре и Майдзуру — и к трём малым портам — Оминато, Такесики (острова Цусима) и Макун (Пескадорские острова). Главные порты к 1904 г. защищались сильными приморскими укреплениями. Как военная база они имели следующие производственные возможности:
1. Сасебо — казённое адмиралтейство (3558 рабочих), морской арсенал (693 рабочих), 4 сухих дока, в том числе два — для броненосцев.
2. Йокосука — казённое адмиралтейство (6445 рабочих, строились крейсера и миноносцы), морской арсенал (789 рабочих), 4 сухих дока.
3. Куре — казённое адмиралтейство (5815 рабочих, строились крейсера и миноносцы), орудийный завод (7513 рабочих), 2 сухих дока, в том числе один — для броненосцев.
4. Майдзуру — казённое адмиралтейство, морской арсенал, 3 сухих дока, в том числе два — для больших броненосцев и один — для миноносцев. 24
В Оминато и Такесики имелись небольшие плавучие доки, последний порт представлял собой станцию для миноносцев. Все военные порты имели склады необходимых запасов и вооружения.
Важное место в системе базирования флота занимали крупные коммерческие порты — Осака, Иокогама, Нагасаки, Хиросима, Кобе, Моджи и другие. Во многих из них имелись частные судостроительные заводы и доки — в том числе восемь коммерческих доков длиной более 120 м каждый могли принимать броненосцы и крейсера, ещё 17 (длиной менее 120 м) малые крейсера, канонерские лодки и миноносцы. Таким образом, японский флот опирался на развитую систему базирования и материального обеспечения, расположенную на сравнительно ограниченной территории Японских островов. При этом он сохранял зависимость от импорта орудий крупного калибра (12"), целого ряда систем, устройств, боевых и технических средств, а главное — крупных кораблей в целом.
Броненосцы, крейсера и миноносцы в военных портах содержались с сокращёнными экипажами, но в высокой степени технической готовности, если при этом не находились в ремонте. Непрерывно состояла в кампании и совершала плавания только особая Постоянная эскадра. Начиная с 1900 г. (после прихода в Японию из Англии «Асамы» и «Токивы»), Постоянная эскадра обычно состояла из 1–3 броненосцев 1-го класса, 1–3 броненосных крейсеров и 8-10 крейсеров 2-го и 3-го классов, а также авизо и истребителей. В её состав периодически включались отряды миноносцев. Командовал эскадрой старший флагман (вице-адмирал), в помощь которому назначали двух контр-адмиралов. Один из последних, как правило, с отрядом учебных крейсеров совершал ежегодное пятимесячное плавание с кандидатами в офицеры. Ещё несколько малых крейсеров и лодок назначались учебными для артиллерийской, минной и машинной школ. Большие корабли эскадры временами заменялись на новые, прибывающие из Англии, и становились в резерв в своих портах. Обычно через один-два года менялись и флагманы.
Преемственность боевой подготовки Постоянной эскадры и создание в ней школы боевой и морской выучки обеспечивалась оперативным руководством и контролем начальника Командующего департамента. Этот важнейший пост занимал Юко Ито (1843–1914), самурай из клана Сацума, победитель китайцев при Ялу (1894) и Вейхайвее (1895). Влияние Ито было тем более велико, что, кроме военных заслуг и энергии, за ним оставалось старшинство в японском флоте: практически все командиры и флагманы были его подчиненными в японо-китайскую войну 1894–1895 гг. Помощником Ито был «интеллигентный и способный» контр-адмирал Идзюин. Именно Идзюину в 1902 г. было поручено вести из Японии в Англию отряд в составе броненосного крейсера «Асама» (флаг) и крейсера 2-го класса «Такасаго» для участия в военно-морском параде на Спитхедском рейде по случаю коронации Эдуарда VII. На крейсера были назначены наиболее знатные офицеры, «цвет японской молодежи», сменившие менее родовитых самураев. Это был единственный поход японцев в Европу в начале XX столетия. Вообще же японские моряки к 1904 г. имели меньшую практику дальних океанских плаваний, чем английские, французские или российские. Пристально следящие за кораблями новоявленной морской державы, европейские наблюдатели отметили, что у берегов Ирландии оба японских крейсера при сильном приливном течении проскочили назначенные им бочки и опасно приблизились к берегу, рискуя серьёзной аварией. 25 Но в целом плавание прошло благополучно и ноябре 1902 г. Идзюин привел отряд обратно в Японию.
Постоянная эскадра совершала походы исключительно между японскими портами, иногда посещая порты Китая, Кореи и России. Стоянки в портах и на рейдах чередовались с эскадренным маневрированием и межбазовыми переходами. В отработке артиллерийской стрельбы и применения минного оружия японцы, вооруженные английским оружием, следовали и английским принципам. В частности, большое внимание было уделено скорости стрельбы из орудий крупного и среднего калибров. Критерием попадания служило количество попаданий из одного орудия в единицу времени. В то же время, японские моряки, сберегая от расстрела ценные 8" и 12" пушки, в основном проводили стволиковые стрельбы. При состязательной стрельбе на нескольких кораблях собирались комендоры с других броненосцев и крейсеров и из учебных отрядов.
Дистанции на призовых стрельбах, как и в английском флоте, не превышали 12–15 кб. Много внимания уделялось ночным минным атакам, которые производились отрядами миноносцев. Перед Японией не стояло проблемы стратегического сосредоточения сил: корабли базировались поблизости, и весь флот мог легко сосредоточиться для совместных действий. Однако ограниченный состав Постоянной эскадры, определяемый финансовыми возможностями, затруднял отработку сложного эскадренного маневрирования.
Другой проблемой стала высокая аварийность, которая была вызвана несоответствием выучки командиров и экипажей качественному и количественному росту флота, а также массовости и интенсивности боевой подготовки и плаваний. Привыкшие к прибрежным плаваниям на примитивных судах, японцы столкнулись со сложное- тями управления кораблями и техникой в условиях штормовой зимней погоды и совместного маневрирования.
Аварии и гибель судов, имевшие место в истории каждого флота, не обошли японский и в 90-х гг. XIX века. Так, в 1892 г. в штормовом Внутреннем японском море погиб со всей командой новейший 750-тонный минный крейсер (авизо) «Тисима». 26 За несколько лет до этого во время перехода из Франции в Японию погиб только что построенный крейсер «Унеби».
В начале 900-х гг., в связи со спешкой подготовки тысяч моряков нового флота, аварии стали массовыми. 29 июля 1900 г. разбился на камнях недавно пришедший с завода «Ярроу» истребитель «Ницзи» (345 т). Его незадачливый командир капитан-лейтенант Аракава получил три месяца тюрьмы. 27 В том же году сели на камни судно береговой обороны «Кацураги» и истребитель «Оборо», которому потребовался двухмесячный ремонт. В июне 1901 г. столкнулись между собой сразу три миноносца, а потом ещё два, из которых один (№ 9) получил тяжёлые повреждения. Почти одновременно минный крейсер «Тихайя» столкнулся с истребителем «Акебоно», на котором три человека умерли от ожогов паром из разорванного главного паропровода.
В апреле 1902 г. выбросился на камни корабль береговой обороны «Мусаси». Посланный ему на помощь минный крейсер «Яеяма» вскоре также оказался на ближайших скалах. Спасательные работы на «Мусаси» продолжались два месяца, почти четыре месяца потребовалось для спасения «Яеяма», который осенью был поставлен на капитальный ремонт. Командир крейсера капитан 2-го ранга Кимура и старший инженер-механик Фудзисава были отчислены от должности «за нерадение».
Около месяца спасательных работ с выгрузкой артиллерии и боезапаса потребовалось для снятия истребителя «Синономе», севшего на камни 26 мая 1902 г. А в июле того же года столкнулись друг с другом миноносцы № 41 и № 42. Оба получили тяжёлые повреждения. Через год севернее Симоносеки неопытный командир барон Миси посадил на мель свой 5000-тонный крейсер «Касаги», шедший с плавдоком на буксире. В марте 1903 г. серьёзные повреждения днища получил броненосный крейсер «Якумо», налетевший на скалу при выходе из Сасебо. Это лишь неполный перечень навигационных аварий, ставших известным иностранным военно-морским агентам.