Кроме вопросов собственно хозяйственных, Новикова занимает также вопрос о наилучшей системе управления экономикой, необходимой для процветания торговли. По его словам, налоги в государстве должны быть соразмерны доходам, в противном случае население разорится. В целом он на различных примерах прославлял «торговые республики»; это позволяет говорить, что к 1780-м годам идеалом правления для него стала именно республика, где опорой служит разумно устроенная экономическая система.
Будучи видным масоном и одним из организаторов ложи «Гармония», идеологом масонства Н. И. Новиков не являлся. Возможности масонских лож, главным образом финансовые, он использовал для просветительской и издательской деятельности. Тем не менее масонские учения, прежде всего мартинизм, оказали влияние на его религиозно-нравственное мировоззрение. Новиков считал, что истинное масонство – в просвещении, к которому можно прийти «стезями христианского нравоучения»; однако современные люди «забыли истинное христианство», заменив Христа золотом и плотскими удовольствиями. Вернуться же к Богу можно только через любовь и обретение Христа внутри самого себя: «Древние прекрасно сие изъясняли; они даже в человеке находили извлечение из трех миров и учили, что человек состоит из тела, души и духа. Отсюда произошло то, что они поставляли надпись над дверьми храма: Познай себя». Поэтому внутреннее счастье человека заключается только в совершенстве его духа, и то, что нельзя понять с помощью разума, доступно пониманию с помощью чувств.
В последнем своем журнале «Покоящийся трудолюбец» (1784–1785) Новиков спрашивал читателя: «Почему кто старается уменьшить силу разума с тем намерением, чтобы возвысить откровение, тот уменьшает свет обоих и как бы лишает человека очей, для того чтобы удобным посредством телескопа приблизить вдаль простирающиеся лучи невидимой планеты?» По его мнению, официальную церковь больше заботит внешнее проявление благочестия, а не совершенство духа. Поэтому своей жизненной задачей писатель считал просвещение и исправление заблуждений народа в духе «истинного христианства».
В 1789 году Н. И. Новиков не смог продлить аренду университетской типографии, а в 1791-м вынужден был полностью прекратить работу Типографической компании. В апреле 1792 года против Новикова и других масонов началось следствие, которое закончилось обвинением в «гнусном расколе», корыстных обманах, сношениях с герцогом Брауншвейгским и другими иностранцами. 1 августа 1792 года императрица подписала указ о заключении Новикова в Шлиссельбургскую крепость на пятнадцать лет. Он содержался в нижнем этаже тюрьмы, в камере № 9, вместе со слугой и врачом. А в 1796 году, уже при Павле I, был освобожден. Как писал потом Н. М. Карамзин, «император Павел в самый первый день своего восшествия на престол освободил Новикова, сидевшего около четырех лет в душной темнице; призывал его к себе в кабинет, обещал ему свою милость, как невинному страдальцу, и приказал возвратить конфискованное имение… несожженные книги».
Формально с Новикова были сняты все обвинения, однако разрешения продолжать издательское дело он не получил. Разоренный и больной, он провел последние годы жизни в Тихвинском-Авдотьине, лишь изредка посещая Москву. В 1805 году Николай Иванович пытался вернуться к книгоиздательской деятельности и вновь взять в аренду Московскую университетскую типографию, но это ему не удалось. После этого к общественной жизни он уже не возвращался и основал в своем селе суконную фабрику, заняв деньги в Опекунском совете с обещанием «пособия и подкрепления со стороны правительства». Правда, дела шли не очень успешно, и Новиков постоянно нуждался. Несмотря на все свалившиеся на него невзгоды, он вел активную переписку (с А. Ф. Лабзиным, Д. П. Руничем и др.), с его мнением продолжали считаться. Карамзин, например, отправил в подарок Новикову свои сочинения, с просьбой высказать о них свое мнение.